Как и вильянсико, ауто XVII в., после обращения к этому жанру Лопе де Веги, Хосефа де Вальдивьесо, Тирсо де Молины, Антонио Мира де Амескуа и особенно Кальдерона, существенно изменилось и приобрело форму своеобразного драматически-философского жанра. Кальдерон коренным образом изменил традиционно предшествовавшую не только ауто, но и светским комедиям «похвалу», посвящение меценату, превратив эту интродукцию в самостоятельную миниатюрную пьеску, где в аллегорической форме толковались сюжет и проблематика основной пьесы. Благодаря такому взаимоосвящению двух пьес тема усложнялась и укрупнялась. Именно в таком духе и написаны ауто Хуаны Инес.
Ауто «Божественный Нарцисс» (1689) было создано по просьбе маркизы де ла Лагуна, намеревавшейся поставить его при королевском дворе в Мадриде. Это следует из «похвалы», предваряющей ауто, где один из аллегорических персонажей сомневается, поймут ли пьесу за океаном, а другой заявляет, что персонажи ауто – это «интеллектуальные субстанции», понятные везде. Дистанция двух миров ощущалась Хуаной Инес, писавшей о проблемах своего мира и продолжавшей уже в новых условиях и с новых позиций давний спор о человечности индейцев и их культуре.
«Божественный Нарцисс» сюжетом, образами, темой связан с известной комедией Кальдерона «Нарцисс и Эхо» – Хуана Инес прямо цитировала ее. Но, как писал Р. Менендес-и-Пелайо, усвоив ренессансную традицию Сан-Хуана де ла Круса, Луиса де Леона и опыт Кальдерона, мексиканская поэтесса стала победительницей в соревновании с великим драматургом. Более глубокую трактовку темы определило то, что, в отличие от Кальдерона, основывавшегося на античном мифе и главное внимание уделившего психологии персонажей, она создала философскую драму со сложной системой аллегорических образов.
Действие происходит во времена борьбы христианства и язычества, Синагога и Язычество наблюдают драму Человеческой природы, которую спасает Божественный Нарцисс – Христос, т. е. слово Бога, ставшее плотью, влюбившееся в свой образ – человека и умершее из любви к нему, превратившись в белоснежный цветок причастия. Но содержание ауто не ограничивалось рамками аллегории, полный смысл его раскрывается лишь в сопряжении с предшествующей похвалой, связывавшей отвлеченную теологически-философскую тему с историей Америки. Темой похвалы Хуана Инес избрала конкисту и христианизацию Америки, ее участники – аллегорические фигуры: Запад в виде кавалера в короне, Америка в виде благородной индеанки, Христианская религия в виде испанской дамы и т. д. Христианская религия, подкрепляемая угрозами Рвения в виде генерал-капитана, окруженного солдатами, на все лады стремится заставить Америку отказаться от своей веры, символ которой – ритуал Теокуало («Бог съеден»), его суть – в поедании статуи верховного бога Уицилопочтли, сделанного из семян маиса, пропитанных кровью принесенного в жертву человека. Сведения об обряде, который символизировал приобщение человека к высшим силам природы и гарантировал изобилие и очищение от грехов, Хуана Инес почерпнула в «Индейской монархии» Хуана де Торкемады, но имя самого опасного для христианства бога она заменила на бога семян.
Америка начала прислушиваться к доводам Религии лишь тогда, когда та пообещала ей вместо громоздкого обряда такой же верный способ приобщения к благодати, но не требующий жертв – причастие, в котором семена пшеницы символизировали плоть Христа, а вино – его кровь. Ауто «Божественный Нарцисс» разыгрывалось для Америки, которой Христианская религия рассказывала историю «настоящего бога семян».
Вслед за Лас Касасом, Саагуном, Акостой, но уже в художественной форме и с новых позиций Хуана Инес доказывала единство культуры человечества, выявляя единый смысл религиозного обряда у разных народов. Этот облаченный в религиозные одежды опыт Нового времени был выражен в эпоху Контрреформации и инквизиции со смелостью, достойной удивления.
Аналогичная тема развивалась в сходном по строю ауто конца 1680-х годов «Посох Иосифа». В похвале, предшествовавшей ауто, идолопоклонничество уступает настояниям Веры, требовавшей отказа от обряда антропофагии и жертвоприношений (что дороже человеческой плоти и крови можно принести богам? – спрашивало в духе Лас Касаса Идолопоклонничество), но только тогда, когда Вера обещала ему тот же обряд в «улучшенном виде» причастия. Изначальный смысл христианского обряда оказался идентичным языческому.
В 1680-е годы Хуана Инес писала светские комедии для постановки при вице-королевском дворе. Комедия «Хлопоты одного дома» (1683) была поставлена в частном доме маркиза де ла Лагуны, другую – «Лабиринт любви» (1689) – Хуана Инес создала в соавторстве с двоюродным братом Хуаном де Геварой для нового вице-короля графа де Гальве.