Франц Фердинанд решительно отказался от лечения и от врачей. Отказался от курортов в Давосе (Швейцария) и Меране (Тироль), которые настоятельно рекомендовались ему. Зато он предпринял кругосветное путешествие, во время которого охотился в Индии на слонов и тигров, но которое отнюдь не принесло ему телесного облегчения. Зато пребывание в Соединенных Штатах Америки показалось ему рецептом на решение давно занимавшего его вопроса: как спасти распадающуюся Австро-Венгрию? Ответ казался напрашивающимся сам собой: федерализация по образцу Соединенных Штатов. С этой идеей он вернулся домой, ею он делился со своими ближайшими на этот период друзьями -- в частности, министром иностранных дел Агенаром Голу-ховским, с которым он вскоре, как обычно бывало у д'Эсте, враждебно разошелся.
В 1894 году, будучи командиром бригады в Ческе Будеевице, Франц Фердинанд побывал на балу у наместника в Праге, где с первого взгляда влюбился в графиню Жофию Хотек, происходившую из древнего чешского (в последних двух поколениях онемеченного) рода. Впрочем, род был к этому времени обедневшим, с многими дочерьми и небольшим имуществом. Последним истинным чехом в нем был граф Хотек, высший бургграф и дед Жофии. До сих пор в Праге о нем напоминает мощеная дорога и белая акация, доставленная графом Хотеком из Италии и прививавшаяся им по всей Чехии. Внучка графа, хотя и понимала язык своих предков, все же не вполне владела чешским. В период знакомства с д'Эсте ей было 26 лет -- возраст, в котором незамужним дворянкам оставался выбор между монастырем и институтом благородных девиц на Градчанах. Она не отличалась красотой и обнаруживала склонность к полноте, зато у нее были прекрасные, излучающие сияние глаза, которые и покорили Франца Фердинанда.
Последующих шести лет хватило бы на толстый любовный роман.
Из-за строгих правил габсбургского рода престолонаследник не мог взять в жены обычную дворянку, пусть даже и древнего рода. Начались годы тайных мимолетных встреч, причем д'Эсте стремился видеть Жофию как можно чаще, а сама Жофия лелеяла мечту о замужестве. В то же время она заставила возлюбленного серьезно заняться своим лечением, даже за цену длительной разлуки. Франц Фердинанд подчинился ее желанию и отдал себя в руки строгого врача -- доктора Айзенменгера. Через три года он был здоров.
Когда связь Франца с Жофией всплыла наружу, в габсбургском доме разразился скандал. Император требовал, чтобы д'Эсте немедленно разошелся с ней. В ответ тот заявил, что собирается жениться на графине, что вызвало всеобщее возмущение. Практически вся семья и свет были против этого брака, и только мачеха Мария Терезия стояла на стороне молодых.
Между тем скончался отец Франца Фердинанда, эрцгерцог Карл Людовик (по пути в Палестину, куда он совершил паломничество, чтобы помолиться за исцеление сына, Карл Людовик напился воды из реки Иордан, заболел тифом и умер). Д'Эсте был объявлен наконец наследником престола, и Габсбурги еще нетерпимее стали смотреть на возможный неравный союз. В конце концов, Францу Фердинанду удалось отстоять Жофию, и папа римский Лев XIII дал ему разрешение на морганатический брак с графиней Хотек. 28 июля 1900 года, в венской придворной церкви, д'Эсте торжественно отказался от притязаний на престол со стороны своих будущих детей, оставшись сам наследником трона. Вскоре после этого в замке Закупы состоялась свадьба.
Брак д'Эсте и Жофии был счастливым, и от него родилось трое детей. Жофия получила титул княгини из Гогенберга, так как не могла стать эрцгерцогиней. При дворе она страдала от постоянных унижений, которые то и дело устраивал ей императорский церемонимейстер, князь Монтенуово. При каждой церемонии, которой он руководил, Жофии приходилось идти в светском кортеже последней, а на некоторые торжества она вообще не получала приглашений.
В ожидании престола. Между тем наследник развивал бурную деятельность. Поскольку ему не полагалось вмешиваться в политику, он учредил для себя "Военную канцелярию наследника престола", в которой его люди собирали информацию об армии и морском флоте, а д'Эсте пытался проводить в них реформы. В этом отношении ему помогал новый начальник австрийского генерального штаба, барон Конрад дон Гетцендорф, обязанный Францу Фердинанду своим высоким положением (д'Эсте нашел барона в Опаве, где тот командовал полком, и приблизил ко двору). Но и эта дружба оказалась недолговечной -вскоре наследник рассорился с Гетцендорфом и разошелся с ним. Недолгое сближение, как всегда, кончилось крахом -- вздорный характер эрцгерцога исключал длительные привязанности. Наследник шел по жизни в полном одиночестве, сопровождаемый враждебным недоверием и глухой ненавистью.