В течение нескольких лет он работает над росписями Владимирского собора в Киеве — главного церковно-художественного деяния России конца восьмидесятых — начала девяностых годов. Сразу же по окончании его Нестеров получает заказ на эскизы для мозаик церкви Воскресения в Петербурге (в просторечии Спаса на Крови), а через несколько лет ему поручается осуществить роспись церкви Александра Невского в Абастумане, где жил в ту пору больной туберкулезом наследник — цесаревич Георгий Александрович. Параллельно он работает и над образами для церкви Герцогов Лейхтенбергских в Гагре. Эти и другие частные заказы на церковные росписи не приносят Нестерову творческого удовлетворения, и уже в 1901 году он в письме к своему другу А. А. Турыгину замечает: «Как знать, может, Бенуа и прав, может, мои образа и впрямь меня съели, может, мое „призвание“ не образа, а картины — живые люди, живая природа, пропущенная через мое чувство, словом — „опоэтизированный реализм“»
[3]. Нестеров при малейшей возможности, при любом перерыве в церковных работах обращается к «натуре», на которой он «как с компасом» [4], к «живой жизни», хотя и переданной им в романтико-поэтическом преломлении. Собирая материал для будущих картин, он едет в Соловецкий монастырь, на Волгу, на родину — в Уфу (счастливым результатом первой поездки стали картины «Молчание» и «Мечтатели», второй — «За Волгой»).К 1905–1906 годам относится важный для всего творческого пути Нестерова портретный цикл, «вылившийся» у художника неожиданно, до этого он писал только портретные этюды главным образом с целью подготовки к картинам.
В этот цикл, вполне отвечающий нестеровскому принципу «опоэтизированного реализма», входят пять работ — два портрета дочери О. М. Нестеровой, портрет жены Е. П. Нестеровой и его друзей: княгини Н. Г. Яшвиль и польского художника Яна Станиславского. Не касаясь портрета трагически обреченного Станиславского («Хороший это портрет для моей посмертной выставки», как отозвался о нем последний
[5]), подчеркну, что лейтмотив всех четырех женских портретов — душевные поиски не знающей покоя женской души. Лучшая работа этого цикла — ставшая классической «Амазонка», шедевр Русского музея. Несмотря на уверенную грацию изящной светской девушки, кажется, что она так же одинока, как другие девушки нестеровских картин, и ее элегантный строгий туалет не мешает видеть, что черты прекрасного лица напоминают любимый художником женский образ — его умершей жены. Живописная «загадка» портрета, его стильность и острота вытекают из характерного противопоставления четкого, даже жестковатого силуэта фигуры и очень «нестеровского» пейзажного фона с как бы замершими водами широкой реки, бледным небом, розоватым отблеском заходящего солнца на низком луговом берегу — фона, характерного для декоративного пленэра начала века. Нестеров сумел передать в ее лице выражение неопределенности стремлений, характерной для части интеллигентной молодежи России тех лет. Может быть, именно эти черты делают «Амазонку», такую «европейскую» по изобразительному языку, удивительно русской по сути ее образа.К работам такого рода примыкает и прекрасный большой портрет-этюд Е. П. Нестеровой (в китайском халате), где, по справедливым словам С. Н. Дурылина, художника «влекла непосредственная радость цвета и света». Нелишне вспомнить и полный поэзии и подлинной живописности более поздний портрет Е. П. Нестеровой (за вышиванием) 1909 года.