Комиссия под председательством генерал-лейтенанта Катанаева и в составе пяти членов военных и гражданских юристов, в числе коих был и военный юрист генерал-майор Нотабеков, прибыла в Читу и немедленно приступила к работе. Ей была предоставлена полная возможность знакомиться со всеми делами всех без исключения учреждений и частей. После тщательного расследования комиссия установила, что военные грузы не только никогда не задерживались мною, но экстренными мерами, вне всякой очереди, проталкивались по Забайкальской жел. дороге до станции Мысовой. Некоторая задержка происходила вследствие того, что на КВЖД не хватало вагонов и агенты заготовительных органов Омска допускали злоупотребления, уступая предоставленные им вагоны за соответствующее вознаграждение частным предпринимателям, которые везли в Сибирь самые разнообразные товары с чисто спекулятивными целями. В Омске ряд высших чинов Управления военных сообщений был предан суду за спекуляцию вагонами, и суд вынес обвиняемым очень суровый приговор, смягченный адмиралом. Комиссия генерал-лейтенанта Катанаева открыла также, что распоряжением иркутского губернатора Дунина-Яковлева, который, как я указал выше, будучи социалистом-революционером, находился в непримиримой оппозиции правительству и втихомолку сотрудничал с красными партизанами, часть вооружения и снаряжения снималась на станции Иннокентьевская, якобы для нужд местного иркутского гарнизона. Для меня, однако, не было секретом, что все задержанное имущество направлялось не в Иркутск, а в партизанские отряды Щетинкина, Калашникова и др. Почти все вооружение и обмундирование, шедшее из Америки, не без ведома генерала Грэвса, ярого противника Омского правительства, передавалось из Иркутска красным партизанам. Дело являлось настолько безобразным с точки зрения морали и элементарной порядочности американских представителей в Сибири, что министр иностранных дел Омского правительства Сукин, являясь большим американофилом, с трудом смог замять начавшийся было разгораться скандал.
Комиссия в результате тщательного исследования всего следственного материала пришла к заключению, что все обвинения, предъявленные мне, не имели под собой никаких оснований и приказ № 61 в лучшем случае являлся печальной ошибкой введенного в заблуждение Верховного правителя.
В это время левыми социалистами-революционерами было произведено покушение на меня, и я был довольно тяжело ранен. Верховный правитель, осведомившись о моем ранении и о результатах следствия, не только отменил приказ № 61 и восстановил меня во всех правах, но вскоре же произвел меня в чин генерал-майора и назначил командующим войсками Читинского военного округа. В октябре месяце 1919 года последовало назначение меня военным губернатором Забайкальской области и помощником Главнокомандующего вооруженными силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа, каковым являлся генерал Розанов, имевший свою главную квартиру во Владивостоке.
О том, что конфликт мой с Омском был вызван недоразумением и главным образом интригами ген. Лебедева, говорит и сам адмирал в показаниях своих, данных им чрезвычайной следственной комиссии в Иркутске. Привожу выдержки из этих показаний в той их части, которые касаются меня. (Центроархив. Допрос Колчака. Стенографическая запись. Государственное издательство. Ленинград. 1925 г. Допрос 6 февраля 1920 г., стр. 194, 195,196.)
«…Вслед за тем вечером, в то время когда мы потребовали прямой провод во Владивосток для переговоров с Ноксом, мне доложили, что прямого провода нет, что Чита прервала сообщение. Я предложил начальнику Штаба выяснить этот вопрос. На это мне ответили СОВЕРШЕННО НЕОПРЕДЕЛЕННО, ГОВОРИЛИ, ЧТО НИКАКОГО ПЕРЕРЫВА НЕТ, А ВСЕ-ТАКИ МЫ НЕ МОЖЕМ ПОЛУЧИТЬ ВЛАДИВОСТОК; было ясно (?), что перерыв находится в Чите».
«…Затем я получил известие, которое ПОТОМ ОКАЗАЛОСЬ НЕДОРАЗУМЕНИЕМ, но тогда на меня произвело впечатление чрезвычайно серьезное: это была первая угроза транспорту с оружием, обувью и т. д., задержанному где-то на Заб. ж. д. Впоследствии оказалось, что это было не предумышленной задержкой, а задержкой благодаря непорядкам на линии; мне же доложили это так, что я поставил это в связь с перерывом сообщения, и решил, что дело становится очень серьезным, что Семенов уже задерживает не только связь, но задерживает доставку запасов».
На вопрос одного из членов чрезвычайной следственной комиссии Алексеевскою «А вашего приказа о лишении Семенова должности вы не отменяли?» — адмирал Колчак ответил: «Нет, не отменял; я отменил его после следственной комиссии, когда Катанаев вернулся и, проведя расследование, сказал, что ФАКТА И НАМЕРЕНИЯ со стороны Семенова прервать связь и ничего не доставлять на фронт НЕ БЫЛО, и что все это было помимо него».