Необходимость ответственного выбора военачальников диктовалась сложностью задач, которые им теперь приходилось решать. В сражениях участвовало намного большее (чем во времена Солона) число воинов — различно вооруженных, пеших и конных. Исход боя теперь в немалой степени зависел от опыта и искусства стратега. Полагаться при его избрании на слепой жребий было бы опасно. Неразумно было и ежегодно менять командующих. Со временем, когда Афины станут во главе союза греческих городов, практика ежегодной замены по жребию гражданской администрации тоже выявит свою несостоятельность. В обход ее будут расширяться полномочия стратегов, а у Народного собрания появятся неформальные лидеры. Но до этого еще далеко.
Важным нововведением Клисфена была процедура «остракизма», направленная против угрозы возобновления тирании. Народное собрание решало вопрос о том, имеются ли основания опасаться попытки узурпации государственной власти. Если такая опасность признавалась, народ в назначенный день сходился на рыночную площадь для остракизма. Каждый гражданин на глиняном черепке ("остраконе") писал имя того, кто по его мнению намеревался посягнуть на демократию. Потом черепки сортировали и подсчитывали. Названный большинством голосов должен был удалиться из Афин на 10 лет. Имущество его при этом не конфисковывали, а по возвращении в Афины он полностью восстанавливался в гражданских правах. Остракизм был задуман не как мера наказания, а для предупреждения возможности ущемления демократии. Хотя, как и следовало ожидать, в последующей истории Афин он не раз использовался совсем в других целях.
Реформы Клисфена поставили Афины на путь последовательного развития демократии, так что некоторые исследователи именно Клисфена считают ее родоначальником. Кстати говоря, отметим, что рабов в Афинах все еще было очень мало.
13 сентября 490 года произошло событие, которое по праву может быть названо триумфом Афинской демократии. Близ маленького городка Марафон, расположенного на берегу Эгейского моря в 42 километрах к северо-востоку от Афин, разыгралось сражение между афинянами и войском персидского царя Дария. Сражение окончилось победой афинян. Название городка, вероятно, затерялось бы среди бесчисленных наименований других мест, где разыгрывались баталии, составляющие канву истории. Но ему повезло — не только миллионы любителей спорта, но и масса равнодушных к нему людей знают о марафонском беге. Многие могут и рассказать, в честь какого события было установлено это состязание. Юноша-вестник бегом преодолел все расстояние от Марафона до Афин. Он вбежал на площадь, заполненную встревоженным народом, успел крикнуть: "Мы победили!" — и упал замертво.
Битвой при Марафоне начинался длительный период греко-персидских войн. Вот их краткая предистория.
С 553 по 530 г. Кир, воинственный царь небольшой провинции Персия, находившейся в юго-восточном углу нынешнего Ирана, сумел завоевать огромную территорию от малоазиатского побережья Средиземного моря до границ Индии, от Персидского залива до Кавказа и Аральского моря. В 525 г. его сын Камбиз присоединил к великой Персидской державе Египет. Этому колоссу противостояла теперь крошечная Греция, более того — поначалу практически одни Афины.
Их столкновение было обусловлено, в первую очередь, борьбой за господство в Эгейском море. Великая Персия была сухопутной державой, но в числе ее вассалов была Финикия, а финикийцы издревле занимались морской торговлей и располагали большим флотом. Персидский царь покровительствовал финикийским мореходам. Расширив свою экспансию на северо-запад, Персия в конце VI века захватила контроль над черноморскими проливами (Геллеспонт). Северное причерноморье в ту пору было уже основным поставщиком хлеба в Грецию, особенно в не обеспеченные собственными хлебными ресурсами Афины. Положение складывалось критическое.
Второй причиной конфликта была борьба за независимость греческих городов малоазиатского побережья. Туда, на западные берега нынешней Турции и расположенные вблизи от них острова: Лесбос, Хиос, Самос, Родос и Кипр, еще в глубокой древности переселились греки с Балканского полуострова. Некоторые малоазиатские города с греческим населением, такие, как Милет, Эфес, Митилены или Галикарнасс по численности населения, богатству и размаху торговли немногим уступали Афинам и Коринфу. Они стремились освободиться от персидского владычества, в чем находили себе поддержку у соплеменников — европейцев. В особенности у афинян — более других заинтересованных в оттеснении персов от берегов Эгейского моря и зоны проливов.
В 499 г. по инициативе правителя Милета началось восстание подвластных Персии греческих городов. Афиняне послали на помощь восставшим 20 кораблей. Однако после первоначальных успехов восстание потерпело поражение, Милет был разрушен. И вот теперь персидский царь намеревался наказать Афины. Это был сменивший Камбиза царь Дарий I.