Реабилитировали и небольшую часть ученых и конструкторов. Перед войной были освобождены физики А. Берг и Л. Ландау. В начале войны получили свободу А. Туполев, В. Петляков, В. Мясищев, Н. Поликарпов и другие конструкторы и инженеры. Напуганный опасностью эпидемий, Сталин разрешил освободить микробиологов Л. А. Зильбера и П. Ф. Здродовского — одного из лучших в стране специалистов по борьбе с эпидемиями.
При реабилитации, по свидетельству А. В. Горбатова, каждый должен был подписать обязательство не предавать огласке увиденное в тюрьмах и лагерях. Все же некоторые из реабилитированных, рискуя снова оказаться в тюрьме, обращались с пространными письмами к Сталину и в ЦК ВКП(б). Мне рассказывали, что в Киеве реабилитированный командир Красной Армии, встретив на улице следователя, который подвергал пыткам подследственных, тут же застрелил его. Бывший ответственный работник Наркомлеса Альбрехт, немец по национальности, был арестован в 1937 и освобожден в 1939 году. Когда в августе 1939 года в Советский Союз приехал Риббентроп, Альбрехт, вбежав в немецкое посольство, попросил политического убежища. Сталин разрешил Риббентропу увезти Альбрехта в Германию. Там он написал две книги — «Бутырская тюрьма. Камера 99» и «Революция, которую предали». По свидетельству Л. 3. Копелева, во время войны служившего в подразделениях контрпропаганды, эти книги были в каждой роте вермахта.
Частичные реабилитации, начавшиеся в 1939 году, были лишь отвлекающим маневром. Сталин рассчитывал, что это несколько успокоит общественное мнение, а также объяснит исчезновение Ежова. Кроме того, небольшое количество реабилитаций должно было подчеркнуть правильность и обоснованность массовых репрессий.
3
В 1939–1941 годах репрессии в среде партийных и советских работников, военных и деятелей культуры продолжались, но уже не принимали таких масштабов, как в 1937–1938 годах. Встав на путь беззаконий и террора, Сталин не мог ни остановиться, ни сойти с этого пути до конца своей жизни.
После смещения Ежова исполнение вынесенных ранее смертных приговоров временно прекратилось. В переполненных камерах смертников забрезжила надежда. Однако вскоре расстрелы в подвалах тюрем НКВД возобновились. Не стали пересматривать даже дела обвиненных в подготовке «террористических актов» против самого Ежова, а также против Блюхера, Постышева, Эйхе, Косиора, то есть тех, кто был, в свою очередь, объявлен «врагом народа».
Именно в 1939–1940 годах арестовали А. В. Косарева, Н. И. Вавилова, Г. К. Карпеченко, И. Э, Бабеля, В. Э. Мейерхольда, В. Чопича. В 1941 году был арестован поэт и драматург Даниил Хармс (Ювачев), вскоре умерший от голода в ленинградской тюрьме.
Погиб в это время старый большевик, активный участник гражданской войны и видный в прошлом работник ОГПУ М. С. Кедров, который в 1939 году был уже на пенсии. Один из его сыновей, Игорь, следователь в центральном аппарате НКВД, отличался особой жестокостью. Он участвовал в подготовке «открытых» процессов как при Ягоде, так и при Ежове. Однако, когда после смещения Ежова начался разгром центрального аппарата НКВД, отец и сын Кедровы направили Сталину несколько писем, разоблачающих Берию. Ответом на эти письма был арест и расстрел Игоря Кедрова. В апреле 1939 года арестовали и М. С. Кедрова, но Военная коллегия Верховного Суда полностью его оправдала. Берия, однако, не разрешил освободить Кедрова, и в октябре 1941 года его расстреляли. Новый приговор был оформлен задним числом — после расстрела.
В 1939 году был арестован и погиб старейший партийный деятель Ф. И. Голощекин, на Пражской конференции в 1912 году избранный в ЦК РСДРП. В конце 30-х годов он занимал пост Главного арбитра Совнаркома СССР.
После отстранения М. М. Литвинова провели новые аресты среди дипломатов и начали готовить процесс по делу «врагов народа в НКИД» — по каким-то причинам он не состоялся.
Неудачи в первый период советско-финляндской войны вызвали немало новых арестов среди военных. Бесследно исчез, например, начальник штаба ЛВО Н. Е. Варфоломеев.