Жертвой террора стал Ю. М. Стеклов, видный историк и революционер, один из первых редакторов газеты «Известия». Погиб известный историк В. Г. Сорин, автор биографии Ленина, редактор первых Собраний сочинений Ленина, заместитель директора Института Маркса — Энгельса — Ленина. Был расстрелян член ЦК ВКП(б), деятель международного рабочего движения, директор Института красной профессуры В. Г. Кнорин. Еще в 1936 году был арестован и погиб директор Института истории АН СССР академик Н. М. Лукин. Погибли академик М. А. Савельев, активный участник революционного движения, редактор журнала «Пролетарская революция», председатель президиума Коммунистической академии, историки Н. Н. Попов (секретарь ЦК КП(б) Украины), Н. Н. Ванаг, С. А. Пионтковский, С. Бантке, Г. С. Фридлянд, Э. Вейс, В. М. Далин, Ю. Т. Тевосян, С. П. Коршунов. Умер в заключении историк М. Келдыш, брат будущего президенте АН СССР. Были арестованы, но дожили до реабилитации историки С. Лотте, С. М, Дубровский, П. Ф. Преображенский.
Крайне уродливые формы приняла борьба на философском фронте. Основные дискуссии между различными группами и течениями в философии закончились еще в 1931–1932 годах. Тогда победу одержала группа сравнительно молодых, весьма активных философов-сталинистов, которые оттеснили на второй план другие течения, демагогически обозначенные как группы «меньшевиствующих идеалистов» и «механицистов», или «вульгарных механистов». В 1936–1937 годах «победители», занявшие ведущие места в философской печати и в научных учреждениях, решили использовать обстановку в стране для физического уничтожения своих недавних оппонентов. Обвинения в тех или иных философских ошибках сменились на страницах журнала «Под знаменем марксизма» обвинениями во вредительстве и даже террористической деятельности. Погромная кампания, активными организаторами которой были М. Б. Мятин, П. Ф. Юдин, Ф. В. Константинов, Б. А. Чагин, привела к тому, что в тюремном заключений оказались А. И. Варьяш, И. К. Луппол, В. Милютин, И. Разумовский, Н. Карев, В. Рудаш, С. Пичугнн, Г. Тымялский, М. Фурщик, Г. Дмитриев и многие другие философы. Большинство их погибло, в том числе и мой отец А. Р. Медведев.
Не миновала горькая участь философа и партийного работника Яна Стэна. В своих воспоминаниях его друг Е. Н. Фролов писал: «Вряд ли кто знал Сталина лучше, чем Стэн. Известно, что Сталин не получил никакого систематического образования. Очень плохо разбирался Сталин и в философских вопросах. И вот он призвал в 1925 году Яна Стэна, крупнейшего марксистского философа того времени, руководить его занятиями по гегелевской диалектике. Стэн составил программу занятий и добросовестнейшим образом два раза в неделю втолковывал своему сиятельному ученику гегелевские премудрости… Встречи со Сталиным, беседы с ним во время занятий на философские темы, в которых Ян всегда касался и политических проблем современности, все больше раскрывали ему глаза на истинное лицо Сталина, на его стремление к единовластию, на его коварные замыслы… Еще в 1928 году в узком кругу своих личных друзей Стэн сказал: «Коба будет устраивать такие вещи, что процессы Дрейфуса и Бейлиса поблекнут». Это был его ответ на просьбу товарищей дать прогноз развитию сталинского руководства на 10 лет. Таким образом, Стэн не ошибся ни в характеристике правления Сталина, ни в сроках осуществления им кровавых замыслов». В 1937 году Стэн был арестован по прямому указанию Сталина и расстрелян в Лефортовской тюрьме.
Драматическая обстановка сложилась в педагогической науке и в области народного образования. После ареста Бубнова погибли многие его заместители и члены коллегии, в том числе М. С. Эпштейн и М. А. Алексинский, крупные методисты, ученые и организаторы народного образования А. П. Пинкевич, С. М. Каменев, А. П. Шохин, М. М. Пистрак, С. А. Гайсинович, М. В. Крупенина.
В 1937–1938 годах были разгромлены наркомпросы во всех почти союзных и автономных республиках. Арестовывали не только работников наркоматов, но и десятки тысяч рядовых учителей.
Был арестован и погиб Алексей Капитонович Гастев — профессиональный революционер, поэт, ученый. После революции он занялся организацией новой в России отрасли знаний — педагогики профессионального образования и научной организации труда. После ареста Гастева и его ближайших помощников созданный им Институт труда (ЦИТ) был закрыт и сколько-нибудь серьезная научная работа в этой области приостановлена.
Большие потери понесли лингвистика и филология. Погиб директор Лингвистического института в Киеве Н. М. Сияк, за которого в 1919 году при вступлении его в партию поручился В. И. Ленин. Арестованы выдающийся ученые Е. Д. Поливанов и крупный лингвист и востоковед Н. А. Невский, расшифровавший тунгусские иероглифы. (Его монография, посвященная этой теме, была издана посмертно в 1960 году и удостоена Ленинской премии.)