Протестантизм и католицизм способны мобилизовать массовые движения. Войны становились неизбежными, когда католические и протестантские правители стремились насильственно обратить в свою веру инакомыслящих. Это провоцировало соседей на вмешательство для защиты своих единоверцев, что приводило к войнам за смену режимов. Так началась первая из четырех волн идеологической войны, которые Оуэн выделяет на протяжении последних пятисот лет. Основное внимание он уделяет насильственной смене режимов. В период с 1520 по 1678 гг. он обнаруживает семьдесят девять государств, ставших объектом таких интервенций, причем в тридцати одном случае им предшествовала гражданская война или междоусобица в стране-объекте. Луард перечисляет все восемьдесят девять войн, которые велись в период с 1559 по 1648 г. Половина войн велась на почве религии, половина - на почве светской. Луард снова обнаруживает, что шансы на победу заранее практически не просчитывались: "Излишний оптимизм искажал суждения: вера в национальную судьбу, в благосклонность Бога или в праведность дела приводила к упорству в войнах, которые в конце концов приводили страну к гибели"
Кульминацией вспышек XVI века стала Тридцатилетняя война 1618-1648 годов. Правители не выходили на поле боя, за исключением шведского короля Густава Адольфа, а генералы оставались вне пределов досягаемости пушек. Армии состояли из призывников и наемников и обычно превышали 100 тыс. человек, хотя на одно сражение можно было мобилизовать не более 30 тыс. человек. Хотя основными непосредственными мотивами была религиозная ненависть, именно характер войны приводил к наибольшим потерям. Пехота и большинство кавалерии были вооружены мушкетами, которые поддерживались артиллерийскими батареями. Поскольку в бою солдаты все еще стояли на ногах, потери росли. Но потери среди гражданского населения были еще хуже. Армии жили за счет земли, грабя огромные территории, чтобы выжить. По мере того как война затягивалась и в нее вступали новые армии, земля не могла обеспечить всех солдат и мирных жителей, поэтому мирные жители гибли. Голод и чума, а также разграбление деревень и городов приводили к массовой гибели мирного населения. Основным театром военных действий стала Германия. В ней погибло, возможно, 20% всего населения, а в провинциях, оказавшихся в зоне боевых действий, эта цифра достигла 60%. Общие потери составили около 8 млн. человек. Знаменитые эпизоды усугублялись религиозной ненавистью, например, резня, устроенная католической армией в Магдебурге в 1631 году и протестантами Кромвеля в Дрогеде в 1649 году. В более ранние периоды спорадические вспышки ереси приводили к отдельным ужасам, но в этот период наблюдалась постоянная жестокость, отчасти религиозная, отчасти направленная на выживание, отчасти продиктованная жадностью.
Второй причиной войны стал геополитический сдвиг внутри континента. В войну была вовлечена практически вся Европа. Война включала в себя геополитическое балансирование против другой предполагаемой попытки гегемонии со стороны императора Священной Римской империи, чья династия Габсбургов в тот момент также управляла католической Испанией, большей частью Италии и испанскими Нидерландами. Шейдель утверждает, что любая попытка гегемонии была обречена на провал, но другие государства воспринимали ее иначе. Габсбурги представляли особую угрозу для немецких князей федеративной империи. Сопротивление началось в Богемии, а затем перекинулось на протестантских князей северной и западной Германии, которым затем оказали помощь крупные протестантские государства - Голландия, Дания, Швеция и Англия. Этим государствам помогли два экономико-экологических сдвига. Сельскохозяйственные технологии теперь позволяли осваивать более тяжелые, орошаемые дождями почвы северо-запада, а морское судоходство открыло торговлю из Атлантики и Балтики, которая соперничала со средиземноморской. Протестантские правители и знатные клиенты также извлекали выгоду из захвата монастырских владений. По эколого-экономическим причинам геополитическая власть перемещалась из Средиземноморья на северо-запад Европы. Это оказалось устойчивой европейской тенденцией.
Имели значение также убеждения и династические проблемы правителей. В Англии Генрих VIII из-за своих браков и репродуктивных проблем не смог произвести на свет наследника мужского пола. Это вынудило его перейти в протестантизм, так как папа не хотел аннулировать его серийные браки. Генрих был колеблющимся протестантом, вызывавшим жжение как у ревностных католиков, так и у протестантов. Во время недолгого правления его сына, мальчика Эдуарда VI, католики были сожжены на короткое время. Его преемница Мария сжигала протестантов, а Елизавета покончила со всеми католиками, кроме тайных. Все это было приверженностью ценностной рациональности, которую сегодня сочли бы неразумной.