На тот период времени, когда элементы СКО всплывают в сознании и преобладают в поле переживания, эта система выполняет управляющие функции и определяет природу и содержание ЛСД-сеансов. Восприятие себя и окружения искажается и трансформируется в сторону главного мотива и специфических компонентов всплывающей СКО. Иллюзорные трансформации лиц, присутствующих на сеансе, часто указывают на прототипы оживляемых переживаний, а специфические изменения помещения, где проводится терапия, или физического окружения, указывают на обстановку, в которой произошел инцидент. Они могут представлять символические вариации на общую тему личности и последовательность имевших место событий. Однако руководящая функция не ограничивается только изменениями в восприятии. Общая эмоциональная атмосфера и особые оттенки настроения, характер и содержание мыслительных процессов, реакция на окружение и особенности поведения подвергаются характерному воздействию. То, что функция активизированной СКО является определяющей для содержания ЛСД-сеанса, можно продемонстрировать на примере ранее обсуждавшегося материала.
Когда Петр прорабатывал самые поверхностные слои описанной СКО, он видел терапевта, последовательно трансформировавшегося в его прошлых партнеров-садистов или же в фигуры, символизирующие агрессию, — палача, убийцы, средневекового экзекутора, инквизитора или же ковбоя с лассо. Он воспринимал автоматическую ручку терапевта как кинжал и ожидал нападения. Заметив на столе нож с рукоятью из оленьего рога, он немедленно «увидел», как терапевт превратился в свирепого разбойника. В нескольких случаях он хотел пострадать «за доктора», воздерживаясь от уринации. В этот период комната и вид из окон иллюзорно трансформировались в разные виды обстановки, где имели место действия, совершавшиеся когда-то с его партнерами-садистами. Когда дело дошло до более глубоких слоев СКО, связанных со второй мировой войной, терапевт начал принимать облик Гитлера и других нацистских вождей, охранников концентрационного лагеря, эсэсовцев и гестаповских офицеров. Вместо обычных шумов Петр слышал тяжелую поступь солдат в коридоре, фашистские марши и национальный гимн нацистской Германии. Комната, где проводилось лечение, последовательно трансформировалась в зал рейхстага с орлом и свастикой, в барак концентрационного лагеря, в тюрьму с тяжелыми решетками на окнах и даже в камеру смертников. Когда в этих сеансах начинало проступать ядро переживаний из детства, терапевт воспринимался уже в виде наказующих родителей. Петр пытался разыгрывать с ним различные поведенческие стереотипы, характерные для его давнишних отношений с отцом и матерью. Терапевтический кабинет превращался в различные части дома его детства, главным образом в темный подвал, куда его часто запирала мать.