Кабаков был выведен из состава ЦК и исключен из партии резолюцией Центрального комитета ВКП(б) от 17–19 мая 1937 года, которая принята «опросом», а затем подтверждена июньским (1937) Пленумом ЦК партии. Все это предполагает связь с Тухачевским и расследовавшимся в те дни делом о военном заговоре или с более широким заговором правых, т.к. в те же самые дни начались интенсивные допросы Ягоды.
В показаниях бывшего первого секретаря ЦК КП Казахстана Л. И. Мирзояна Кабаков назван среди руководителей правотроцкистского подполья. Его имя фигурирует и в докладе Ежова, который был посвящен анализу природы широко разветвленного заговора на июньском (1937) Пленуме ЦК.
П. Т. Зубарев, один из подсудимых на московском («бухаринском») показательном процессе, состоявшемся в марте 1938 года, показал, что Кабаков был известен ему еще с 1929 года как участник заговора правых на Урале. Как подтвердил Зубарев, с указанного времени он работал с Кабаковым в тесной заговорщической связи. Рыков, один из главных обвиняемых на том же процессе наряду с Бухариным, указал на Кабакова как на важного участника заговора правых. Нет никаких свидетельств, что Рыков или другие упомянутые здесь подсудимые на процессе 1938 года подверглись пыткам.
В записке, адресованной Политбюро и подписанной первым секретарем Свердловского обкома А. Я. Столяром, Кабаков назван главой контрреволюционной организации на Урале. Начальник УНКВД по Свердловской области Д. М. Дмитриев, сам осужденный впоследствии как заговорщик, указал на Столяра как на соучастника заговора. Но среди прочего Дмитриев говорит о «ликвидации кабаковщины» на Урале: просто Кабаков стал первым, кому пришлось уйти, а другие, включая Дмитриева и Столяра, еще оставались. Сталинские пометки на записке Столяра свидетельствуют о том, что он только изучал подобные сообщения, но не «организовывал» их.
Объявляя во всеуслышание о «реабилитации» Кабакова, Хрущев породил мощный импульс недоверия к материалам московского показательного процесса 1938 года, а хрущевские заявления о будто бы слишком жестоком наказании Зиновьева и Каменева сыграли точно такую же роль в отношении процесса 1936 года. Но сказанное им в «закрытом докладе» не было правдой.
Хрущёв: «В результате этой чудовищной фальсификации подобных «дел», в результате того, что верили различным клеветническим «показаниям» и вынужденным оговорам себя и других, погибли многие тысячи честных, ни в чем не повинных коммунистов. Таким же образом были сфабрикованы «дела» на видных партийных и государственных деятелей Косиора, Чубаря, Постышева, Косарева и других».
Косиор, Чубарь, Постышев и Косарев — точно в таком порядке эти лица перечислены в направленной Сталину записке председателя Военной коллегии Верховного Суда СССР В.В. Ульриха, где подчеркивается, что все они «на судебных заседаниях Военной коллегии полностью признали себя виновными».
Однако, как отмечает Ульрих, в ходе судебных слушаний «некоторые подсудимые» все-таки отказались от своих показаний, несмотря на то, что были «полностью изобличены другими материалами дела». Таким образом, в отличие от этих «некоторых», Косиор, Чубарь, Постышев и Косарев
В показаниях от 26 апреля 1939 года Ежов говорит о Косиоре и Чубаре как о двух высокопоставленных советских чиновниках, которые передавали информацию немецкой разведке, т.е., попросту говоря, обвиняет их в шпионаже в пользу Германии. Ежов подчеркивает, что немецкий агент Норден находился в контакте со «многими руководящими работниками из СССР».
Как явствует из подготовленных для Хрущева реабилитационных материалов, Косиор сначала выступил с обвинениями Постышева, после чего от этих показаний отказался, а затем вновь их подтвердил. В признаниях Постышева говорится о его преступной связи с Косиором, а также Якиром, Чубарем и другими. Чубарь обвинялся в принадлежности к правотроцкистскому заговору вместе с Антиповым, Косиором, Прамнэком, Сухомлиным, Постышевым, Болдыревым и др.
Будучи глубоким стариком, Л. М. Каганович в беседах с Феликсом Чуевым вспоминал, как поначалу он пытался защитить Косиора и Чубаря, но затем оставил все попытки такого рода, как только ему представили для ознакомления объемистые собственноручные признания Чубаря. Молотов рассказывал Чуеву о своих впечатлениях от очной ставки, во время которой Антипов, считавшийся другом Чубаря, выступил против него с резкими обвинениями. Чубарь все категорически отрицал и очень сердился на Антипова. Молотов хорошо знал обоих по работе в СНК.
Как указывается в докладе Поспелова, Косиор был арестован 3 мая 1938 года еще при Ежове, а затем подвергнут пыткам (подробности не сообщаются) и мучительным допросам по 14 часов без перерыва. Из 54 допросов в деле сохранилось только 4 протокола. И, как кажется, здесь налицо все признаки ежовских фальсификаций.