Предприятия остальных наркоматов до конца войны продолжали выпускать вооружение и боеприпасы. В плановых заданиях многих из них военное производство занимало большую часть выпускаемой продукции. Так, например, на заводе № 863 Наркомата лесной промышленности г. Красноярска оно составляло 90 %232
. Химический завод № 97 г. Иркутска работал исключительно для нужд фронт, производя каустическую соду, жидкий хлор и изделие Р-9. Многие из этих неспециализированных предприятий получали задание перейти на производство новых видов вооружения. Так, с мая 1944 г. Лисихинскому кирпичному заводу Иркутской области было приказано начать выпуск новых противотанковых мин ТМД-6 при обеспеченности спецпроизводства всего на 56,5 %233, а заводу № 863 – выпуск цельноштампованных корпусов 122-миллиметровых снарядов. С этим предприятия успешно справились. В мае 1945 г. все эти заводы прекратили выпуск военных изделий и полностью переориентировались на гражданскую продукцию.Таким образом, в 1943−1945 гг. изменилась структура оборонной промышленности. Если в 1943 г. она еще пополнялась новыми предприятиями (в г. Красноярске их число возросло с 11 до 13), то уже в конце 1944 − начале 1945 г. общее количество предприятий, относившихся к оборонному сектору промышленности Восточной Сибири, сократилось. Связано это было, во-первых, с общим снижением запросов на военную продукцию и ее определенные виды, а во-вторых, с переходом ряда предприятий на гражданский профиль производства. Удельный вес оборонной продукции в общем валовом выпуске с 1944 г. начал неуклонно снижаться. Так, если в 1942 г. она составляла 80 % от общего объема выпуска промышленной продукции Красноярского края, то в 1944 г. этот показатель снизился до 65,3 %234
.Наиболее продуктивным годом в развитии оборонной промышленности являлся 1944 г., но уже в первой половине 1945 г. наблюдался спад. Так, предприятиями Иркутской области общее выполнение плана в 1945 г. составило 99,2 %, однако и эта цифра была достигнута исключительно за счет предприятий не оборонного значения235
. Несмотря на, казалось бы, более благоприятные условия для развития, чем в военное время, 1945 г. для военных заводов стал чуть ли не столь же тяжелым, как 1941 г. Основная причина − конверсия всего военного производства, которая проходила очень сложно для большинства заводов. Исключение составили лишь Иркутский авиазавод №39 и Красноярский радиозавод № 327. Еще в годы войны оборонные предприятия начали производить гражданскую продукцию широкого потребления, прежде всего, на свободных мощностях и в качестве сырья использовали отходы основных производств. После завершения войны многие заводы полностью переключились на гражданскую продукцию.На втором этапе развития военной экономики Восточной Сибири продолжалась борьба за производительность труда и повышение качества продукции. Особое место здесь занимало внедрение поточной системы производства и изобретательство. За 1943−1945 гг. на фронт было отправлено множество видов новой усовершенствованной техники, некоторые образцы, правда, были поставлены на серийное производство только после войны, например гидросамолет ЛЛ-143.
Однако в этот период в развитии оборонной промышленности Восточной Сибири не все было гладко. Большие потери несли военные предприятия из-за неудовлетворительной деятельности ЦЭС, некоторые из них простаивали половину своего рабочего времени. Еще одним негативным фактором была работа смежных предприятий, которые задерживали поставку комплектующих изделий и оборудования.
Таким образом, в 1943–1945 гг. оборонное производство достигло своего максимального подъема. По нашим подсчетам, доля Восточной Сибири в общесоюзном производстве минометов составила 0,6 % (это было связано с сокращением выпуска устаревших моделей и являлось общесоюзной тенденцией), боевых самолетов – 2 %, артиллерийских установок и танков – 6,8 %. Несмотря на незначительное увеличение процентных показателей, а кое-где даже их уменьшение, объемы производимой оборонной продукции с начала войны увеличились в 3–4 раза, за счет интенсификации производства, т.е. внедрения поточного метода, поощрения рационализаторства и изобретательства. Однако одновременно с освобождением захваченных западных районов некоторые предприятия, прежде всего машиностроительной отрасли, были переведены на выпуск гражданской продукции, необходимой для восстановления страны.
С завершением войны началось постепенное сокращение военного производства и переориентирование военных заводов на выпуск мирной продукции. С 1 июня 1945 г. часть заводов полностью прекратила производство военной продукции. В оборонном секторе Восточной Сибири остались три завода Красноярского края (Красмаш, пороховой завод № 580 и радиотехнический № 327), позднее сюда был включен еще и судоремонтный завод № 477, а также четыре предприятия Иркутской области (авиазавод № 39, аккумуляторные №394, № 389 и химический завод № 97).