В октябре 1962 года открылся II Ватиканский собор, который стал самым многолюдным собранием в истории Католической церкви — на нём присутствовали 2 тысячи священников и представители 18 некатолических церквей. Вступительная речь Иоанна XXIII была составлена Монтини, который контролировал и повестку дня, и ход Собора. Ещё накануне события Миланский университет опубликовал написанную Монтини книгу, в которой он описал судьбу Собора, подчеркнув, что миссия последнего заключается в исправлении веры
путём сокращения сверхъестественных элементов, чтобы сделать её более приемлемой для современного мира и современного человека[281]. Когда Монтини станет папой, он сформулирует следующие цели Собора: «реформа» в терминах самоисправления; постановка вопроса о единстве христиан; «наведение мостов» с современным миром. Уже в сентябре 1963 года Монтини обратился с просьбой о прощении к «разделённым братьям» и призвал к взаимной терпимости, начав фактически ревизию католицизма[282].Естественно, далеко не все были несведущими относительно разыгрываемой политической интриги и теологической диверсии. Так, уже осенью 1962 года вышла предупреждавшая об этом книга Мориса Пинэ
Важно отметить, что, объявив Собор «пастырским», то есть не догматическим, оба папы заведомо как бы снимали с себя ответственность за происходящее, предоставляя видимую свободу решений собравшимся. Между тем, на Соборе сразу возникла острая дискуссия между консерваторами и либералами, и, хотя либералы представляли меньшинство, им удалось занять ведущие позиции и добиться решающего влияния на ход событий. Почему и как это произошло, хорошо и подробно описано в книгах Ральфа М. Вильтхена
Рассказывая о механизмах манипулирования и «нейтрализации» участников Собора, применяемых обновленцами, Лефевр выделил три, как он пишет, «ключевых манёвра»: во-первых, установление полного контроля за соборными комиссиями; во-вторых, эффективную деятельность Института документации (ИДОС), готовившего либерально-модернистские материалы для участников заседаний, по сравнению с которой активность епископов-консерваторов ничего не значила; в-третьих, умелое составление соборных документов, противоречивость формулировок которых позволяла скрыть их истинный смысл.
Как пишет Лефевр, «документы написаны нудно и беспорядочно, поскольку сами либералы практиковали следующую систему: едва ли не каждые заблуждение, двусмысленность или опасная тенденция сопровождаются, перед ними или следом, обратным утверждением, призванным успокоить делегатов-консерваторов»[287].Благодаря использованию данных методов крайне активное либеральное меньшинство быстро превратилось в большинство, проведя в жизнь нужные им решения так, что мало кто из консервативно настроенных участников смог осознать, что речь идёт о реальном либеральном перевороте.
В декабре 1965 года Собор завершил свою работу, приняв 16 документов, наиболее важными из которых были Догматическая конституция о Церкви, Пастырская конституция о Церкви в современном мире, Декрет об экуменизме, декларации о религиозной свободе и об отношении Церкви к нехристианским религиям. Специальные документы были посвящены литургии, Библии, епископам, священникам, монашествующим, апостольству мирян, духовному образованию, воспитанию, восточным католическим церквям, миссионерству, средствам массовой коммуникации.
Содержание этих документов означало, что Собор явился разделительным рубежом в истории католичества. Продемонстрировав гибкую приспособляемость к миру сему, он изменил саму суть христианского учения, придав ему экуменическую направленность. При этом надо ещё раз подчеркнуть, что тексты были составлены таким образом, в таких двусмысленных выражениях, чтобы явные отступления не были слишком очевидны. Отсюда вольность толкований, которые позволили себе в постсоборные времена многие служители культа.