В 1961 г. Н. И. опубликовал программную статью «К вопросу о древнеславянском языке как общем литературном языке южных и восточных славян», где была намечена осуществленная в последующих работах программа изучения отношения церковнославянского языка к старославянскому (кирилло-мефодиевскому), локальных вариантов церковнославянского языка, его периодизации, функций. Позже он опубликовал большую серию фундаментальных статей, заложивших основу для целой дисциплины – истории и типологии славянских литературных языков. Эти работы публиковались на протяжении всей жизни Н. И., а последняя статья этой серии «Slavia Orthodoxa и Slavia Latina – общее и различное в литературно-языковой ситуации» увидела свет уже после смерти автора, в 1997 г. Основные работы этого цикла, посвященные ранней славянской письменности, типологии славянских литературных языков, их исторической взаимосвязи, культурно-языковой ситуации у южных славян и формированию отдельных южнославянских литературных языков (сербскохорватского, болгарского и словенского), собраны в книге Н. И. «История и структура славянских литературных языков» [Толстой 1988] и во 2-м томе трехтомного издания его «Избранных трудов», озаглавленном «Славянская литературно-языковая ситуация» [Толстой 1998].
Новизна этих работ И. И. состояла в преодолении собственно лингвистических границ в изучении памятников письменности (их грамматических, лексических, орфографических особенностей) и в обращении к функциональной стороне языка и текста, его культурной роли, к его связи с этническим и национальным самосознанием, к «внешней» истории языка, к усилиям культурных просветителей и литераторов славянских стран, сознательно «строивших» литературный язык и его стилистическую систему в соответствии с культурными и историческими запросами и условиями своего времени. Вслед за И. С. Трубецким и В. В. Виноградовым И. И. Толстой утверждал, что «пути становления славянских национальных литературных языков определялись характером этнического самосознания и самопознания славянских народов в эпоху их национального возрождения, а история древнеславянского литературного языка была сопряжена с кирилло-мефодиевской культурно-религиозной традицией, с идеей славянской взаимности и единства» [Толстой 1988: 3]. В то время, когда И. И. публиковал свои первые работы на эту тему, многие вообще не считали эту проблематику предметом языкознания, и даже его университетский учитель проф. С. Б. Бернштейн усиленно отговаривал И. И. заниматься историей славянских литературных языков, утверждая, что это не лингвистика, а история.
Вторым новаторским положением этого цикла работ было понимание истории славянских литературных языков как единого общеславянского процесса усвоения и адаптации общего церковнославянского (древнеславянского, книжного) языка. Предложенный Н. И. Толстым термин «древнеславянский язык», подчеркивавший его общеславянский характер, в условиях того атеистического времени, когда нельзя было заниматься церковнославянским языком, оказался удачным изобретением и был подхвачен многими исследователями, подобно тому как библейские тексты оказалось возможным изучать лишь под эвфемистическим названием «тексты традиционного содержания», придуманным Л. П. Жуковской.
Начало 60-х годов оказалось для Н. И. Толстого чрезвычайно продуктивным в научном отношении. В сущности, к этому времени восходят и другие главные его замыслы, породившие со временем целые научные направления и крупные предприятия и продолжавшие оставаться в сфере внимания ученого до конца жизни. Занятия проблематикой литературных языков не вытеснили других его интересов – к диалектологии, географии славянской лексики, к лексической типологии. Богатый опыт диалектологических экспедиций в Бессарабии, Приазовье и Болгарии, постоянное внимание к диалектным словарям (всю жизнь Никита Ильич любил их читать подряд) и исследованиям всех славянских стран, к истории славянских языков, хорошая начитанность в этнографической литературе, к которой Н. И. проявлял особый интерес с молодых лет, обеспечивали ему широкий славистический кругозор и позволяли учитывать в диалектологических разысканиях общеславянскую пространственную и историческую перспективу. В 1963 г. Н. И. публикует первую статью «Из опытов типологического исследования славянского словарного состава» [Толстой 1963], в которой он предлагает свой метод сравнения лексических систем путем реконструкции семантических микрополей на основе амплитуды колебания опорного слова. Он берет группу праславянских слов, известных всем славянским языкам и диалектам, –