Но особенно быстрый рост территории Московского государства за счет земель, целиком или в основном заселенных народностями и племенами финно-угорского происхождения, происходил во времена княжения Ивана III. Вместе с Новгородом Иван III присоединил землю карел, Тре, или Терский берег, заселенный «лопью»-саамами (та же «лопь» обитала и южнее, на территории современной Карелии), и Заволочье, Двинскую землю, заселенную русскими и «чудью заволочской» — коми-зырянами. На Вычегде и Печоре Иван присоединил земли новгородских данников — также коми-зырян, у берегов Ледовитого океана, в тундре — «самоядь» (ненцев). Москва устанавливала в этих землях далекого севера и северо-востока порядки, значительно отличавшиеся от старых, новгородских. Москва садилась править прочно, по-хозяйски, посылала своих воевод, ратных людей, дьяков только что родившихся приказов, ставила острожки и монастыри, облагала регулярной данью. Правда, берега Северной Двины очистились от вотчин новгородских бояр, густо усеявших Двинскую землю, и установившиеся здесь порядки способствовали превращению Заволочья в край «черных земель» и «черносошных крестьян», в край вольнолюбивых и мужественных поморов, но зато в других землях под властью Господина Великого Новгорода жилось если не легче, то во всяком случае свободней. Новгородский гость да «удалой молодец» — ушкуйник с давних пор хаживали и в Карелу, и на Тре, и в Югру, и за далекий Камень. Если было возможно и сходило безнаказанно — грабил, обирал, в лучшем случае «имал дань»; если не выходило — вел торг, но засиживаться он не собирался и порядки свои не вводил. Ему было решительно безразлично, поклоняется ли его «смерд» из Югры своему «Юмале» (богу) или молится Христу, говорит на своем или русском языке, придерживается «обычаев отець своих» или заимствует русские. Ему, пришедшему из бойкого торгового Новгорода, нужны были меха да «рыбий зуб», а как и кем они будут добыты и в какой ипостаси выступает перед ним тот, кто поставляет ему в виде дани драгоценного соболя, ему, новгородцу, было совершенно безразлично.
Московские «государевы люди» «садились» на землю прочно, ставили городки и долгой зимней ночью в далеком Пустозерске плели нити, долженствующие навсегда привязать далекий северный край, край суровый, но богатый, к белокаменной Москве. И вслед за ними, а порой и обгоняя их, шла «поземщина» — промысловые люди, «промышлёны», и духовенство, обращая в веру Христову, насаждая обрывки знаний, распространяя письменность, а с ними вместе и свои монастырские земли и угодья. Приходил конец местным порядкам, туземным властям.
В 1472 г. в Пермь ходил воевода Ивана III Федор Пестрый, каравший коми-пермяков за их «неисправление».
Он взял городки Искор, Урос, Чердынь и Почку, разбил пермяков и взял в плен их воеводу Качаима.
Князем пермским был в то время крещеный коми-пермяк Михаил. У реки Колвы Федор Пестрый поставил городок и стал править от имени великого князя Ивана Васильевича и собирать ясак. Все население Перми было обложено ясаком, но управлялось первое время не только московскими воеводами, но и пермскими князьями из числа коми-пермяков. Проходит несколько лет. Московский великий князь начинает «осваивать» Пермь. Пленный пермский князь Михаил был отправлен в Москву. В скором времени (в 1505 г.) был «сведен» в Москву последний князь из пермяков Матвей Михайлович, а в Пермь поехал первый московский наместник Василий Ковер.
Московские воеводы проникают и в древнюю Югру. Обилие мелких «княжеств», по сути дела родов, облегчало московским воеводам покорение земель хантов (остяков) и манси (вогулов).
В 1465 г. устюжанин Сряба «повоевал» Югорскую землю, обложил ее данью и отправил пленных «князцов» в Москву, откуда Иван отпустил их обратно. Прошло два года и снова, на этот раз вятчане, «воюют» вогулов и берут в плен их «князца» Асыку. В ответ в 1481 г. ханты напали на Пермь. Через два года большая московская рать князя Федора Курбского разбила в устье Пелыма хантов, вторглась в Сибирь, откуда пошла Иртышом в Югорскую землю, причем взят был в плен «большой» кодский князь Молдан. Побежденные ханты обязались не нападать на Пермь.
В 1499–1500 гг. был предпринят новый поход. Во главе пятитысячной русской рати шел князь Семен Курбский. На Печоре Курбский построил крепость и двинулся дальше на восток, за Уральские горы. Он «повоевал» 40 городков и взял в плен 58 князьков. Западная Югра была подчинена, и хотя и у хантов, и у манси оставались еще долгое время самостоятельные «князьки», но отныне все население древней Югры должно было платить ясак и не нападать на подданных московского князя.
Огромную роль в подчинении Югры играл пермский владыка — епископ Филофей. Он сносился с князьками хантов и манси, выступал посредником между ними и Иваном III, ходатайствовал за них, убеждал присягнуть московскому князю и постепенно распространял влияние церкви и «государя всея Руси» на всю Югру.