Но искренний и прямодушный Баженов поверил в государственную необходимость и реальную осуществимость замысла. Он построил замечательную деревянную модель дворца (которая хранилась в Музее архитектуры, в бывшем Донском монастыре, а теперь выставлена в Кремле) и уже приступил к разборке кремлевской стены со стороны Москвы-реки. Заключались договоры с подрядчиками, шли подготовительные работы.
А в 1775 году Екатерина приказала прекратить их вовсе, сославшись на то, что пороховые взрывы привели к трещинам в стенах Архангельского собора. Если начало строительства было демонстрацией финансового могущества императрицы, то и приказ о прекращении постройки имел демонстрационное значение: Екатерина как бы подчеркивала, что не хочет «идти против воли народной». А для самого Баженова это был один из тяжелейших ударов в жизни — он-то верил, что дело начато всерьез!
По новому заказу Екатерины он начал строить для нее подмосковную резиденцию в Царицыне. С присущей Баженову широтой замысла был спроектирован и этот ансамбль, включавший два дворца — один для самой Екатерины, другой — для цесаревича Павла, различные службы, павильоны в парке, мосты, подъезды, парковые пруды.
Строительные работы близились к концу, необычайный ансамбль уже воплотился в камне, вызывал восторг знатоков, но смущал царедворцев своей новизной. Было решено показать будущую резиденцию самой императрице. Баженов встречал ее на строительной площадке в радостной уверенности, что его оригинальный замысел будет оценен по достоинству. Последовало новое тяжкое разочарование — императрица выразила полнейшее неудовольствие и приказала сломать дворцовые постройки, почти законченные.
Существует несколько предположений о причинах этого царского каприза: императрица нашла «непочтительным» размещение павловского дворца рядом и как бы «наравне» с ее собственным, не понравились ей подъездные пути, и весь ансамбль показался ей сумрачным, будто бы нарочно задуманным как место домашнего ареста для нее по проискам сторонников Павла, престолонаследника.
Сыграла свою роль в судьбе царицынского ансамбля и дружба Василия Баженова с известным русским просветителем Иваном Новиковым, одним из крупнейших деятелей передовой журналистики XVIII века. Екатерина питала к нему острую неприязнь, видела в нем врага крепостнического строя и давно готовилась к беспощадной расправе с опасным противником (в 1792 году он был приговорен к пятнадцатилетнему заключению в Шлиссельбургской крепости). Узнав, что Баженов близок к новиковскому кругу, императрица наказала своей немилостью и зодчего и его творение в Царицыне.
На месте сломанного дворца ученик Баженова Матвей Казаков построил новое здание, но и оно не было доведено до конца. Сохранились в Царицыне, рядом с казаковской руиной, лишь недостроенные баженовские сооружения — Оперный дом, Фигурные ворота, мост над дорогой. Исполнены эти постройки в необычном, своеобразном стиле, где традиции древнерусского зодчества сочетаются с мрачноватой готикой.
Эти руины из красного кирпича с белокаменным орнаментом, уцелевшие среди царицынского парка, невдалеке от живописных прудов, лишь «отдаленно свидетельствуют потомкам о несвершенных замыслах больших русских зодчих» — так выразился о царицынских памятниках их знаток и исследователь, советский архитектор А. В. Щусев.
Павел I, отослав Баженова снова в Петербург, поручил ему проектирование Михайловского замка. Исполнение постройки было потом передано архитектору Бренна, и тот достроил дворец, но современные исследователи установили, что проектное решение целиком принадлежит Баженову.
Назначенный в конце жизни вице-президентом Академии художеств, Баженов приступил к сбору чертежей и проектов всех выдающихся зданий в России. Однако и эта работа не была осуществлена: помешала болезнь, а потом и преждевременная смерть мастера.
…Никто так и не откликнулся на призыв Баженова, один Матвей Казаков, его московский соратник, поспешил послать ему проектные материалы некоторых своих построек.
Обоих зодчих соединяла давняя дружба. Еще во время работы над проектом Большого Кремлевского дворца Баженов сделал своим ближайшим помощником Казакова, не имевшего тогда ни диплома, ни звания — такое доверие внушал молодой талантливый зодчий-москвич, обучавшийся только в команде-школе архитектора Ухтомского. Попал Казаков в эту школу тринадцатилетним мальчиком.
Впоследствии самый блестящий период московского классицизма, на рубеже XVIII–XIX столетий, часто именовали казаковским.
Одно из ранних, но и самых выдающихся сооружений Казакова — здание для ведомств Сената в Московском Кремле. Ныне в этом здании оберегается музей-квартира Ленина и размещены правительственные учреждения Верховного Совета и Совета Министров СССР.