Организация работ должна была происходить в Якутске, и заняться этим делом решил сам Дмитрий Александрович Клеменц. Он уехал в Якутск, а правителем дел стал Обручев.
Работы прибавилось, но Владимир Афанасьевич ею не тяготился. Он любил Восточно-Сибирский отдел, любил музей и уже отдал им немало времени и сил. И помощники были хорошие. Он очень сошелся с лушниковским зятем — редактором иркутской газеты Иваном Ивановичем Поповым, с Шостаковичем, Герасимовым. Приятный человек был и Вознесенский — директор обсерватории. У него в доме почти каждое воскресенье собирались знакомые. Елизавете Исаакиевне нравилось там бывать.
Это все зимой. А летом опять Селенгинская Даурия. Повторный осмотр всей трассы. Сделано уже много скальных выемок, значит появился новый материал для исследований. Изучение месторождений угля, цементной глины, медной и железной руды... На восточном берегу Гусиного озера оказались богатые залежи угля, а на реке Курбе — притоке Уды — железная руда.
По Селенге Владимир Афанасьевич путешествовал в лодке: Иосиф — на веслах, Елизавета Исаакиевна в качестве пассажирки. Она решила ненадолго оставить детей с няней и принять участие в поездке. На Селенге было чем полюбоваться. Живописные скалы, красивые леса, веселые лужайки. Но Владимир Афанасьевич пережил и неприятные минуты. В месте впадения Чикоя в Селенгу, где очень сильное течение, лодку стало так швырять, что Обручев испугался за жену и даже велел ей надеть спасательный пояс. Но Иосиф не подвел и вывел лодку из опасного водоворота. Елизавета Исаакиевна вела себя очень мужественно, побледнела, правда, но казалась спокойной. Поездкой она осталась очень довольна и, возвращаясь к детям, благодарила мужа и Иосифа.
На правом берегу Чикоя Владимир Афанасьевич увидел большую площадь пустынных барханов и вспомнил Каракумы. И в других местах попадались барханные, пески. Обручев, вернувшись в Иркутск, написал статью о сыпучих песках Селенгинской Даурии. Нужно было немедленно обратить внимание на эту опасность и посадить здесь деревья. Река близко, растительность должна хорошо прижиться и в самом начале пресечь расползание песков.
На перевале через Яблоновый хребет, где прокладывалась новая дорога, обнаружились слоистые наносы. Обручев решил, что они оставлены озерами, когда-то занимавшими долины Селенгинской Даурии. Эти озера могли сообщаться через Яблоновый хребет с озерами долины Амура. Такие неожиданности радовали Владимира Афанасьевича, подтверждали сложившееся у него мнение о строении Забайкалья.
Работы партии шли к концу. Полную обработку материалов и подробный общий отчет он решил делать в Петербурге. Елизавета Исаакиевна покинула Иркутск весной 1898 года. Ей хотелось провести лето с родными и к приезду Владимира Афанасьевича найти квартиру.
Уезжала она с сыновьями на пароходе по Ангаре. Затем нужно было проехать на лошадях до станции, от которой шли уже регулярные поезда.
А Владимир Афанасьевич провел последнее лето в Селенгинской Даурии и вернулся ненадолго в Иркутск, чтобы ликвидировать квартиру, закончить неотложные работы, написать письма...
С 1891 года он был в оживленной переписке со знаменитым ученым Эдуардом Зюссом. Академик Зюсс жил в Вене, был уже стар, но еще много работал. Владимир Афанасьевич преклонялся перед его эрудицией, талантом прозорливых и остроумных обобщений. Еще не законченный труд Зюсса «Лик Земли» он считал настольной книгой каждого мыслящего геолога.
Обручев, конечно, писал Зюссу на образцовом немецком языке и высказывал в письмах соображения, которые не могли остаться чуждыми для ученого. Но не только этим были вызваны любезные и содержательные ответы Зюсса. Он прекрасно знал Обручева по его работам, переведенным на немецкий язык, и считал своего русского корреспондента выдающимся исследователем.
Зюсс очень хорошо понимал логику рассуждений Владимира Афанасьевича, и Обручев ценил возможность делиться с ученым своими взглядами, писать ему о своих сомнениях и о радости бесспорных открытий.
Сообщал он Зюссу и о выводах, к которым пришел за четыре года работы в Селенгинской Даурии.
Прежде об этой обширной области знали очень немного. Исследован был только Нерчинский округ, где давно уже велись горные работы. Единственно Черский интересно описал долины Селенги и Джиды, а частично — Чикоя и Хилка. Он считал, что Селенгинская Даурия — область очень древняя, что морских отложений в ней нет. Упоминал о том, что уровень воды в Байкале был когда-то очень высок и все впадины вокруг озера-моря были наполнены водой. Эти наблюдения не были убедительно разработаны Черским, но Обручев знал, что Зюссу Иван Дементьевич свои мысли сообщал.