Этим же законом, а также Указом Президента РФ «Об утверждении Положения о Совете Безопасности Российской Федерации» определены его основные задачи и задачи комиссий, входящих в него.
Их реализация применительно к сфере борьбы с терроризмом осуществляется в рамках различных комиссий, а также управлений аппарата СБ (в числе которых прежде всего управления государственной и общественной безопасности, проблем информационной, международной, военной безопасности, а также безопасности в Северо-Кавказском регионе). Функции комиссий сводятся большей частью к аналитическим, прогностическим и консультативным, а также к формулированию на основании полученной информации общих предложений стратегического характера. Комиссии также оценивают эффективность программ по обеспечению безопасности, вырабатывают рекомендации по совершенствованию функционирования системы обеспечения безопасности Российской Федерации, а также осуществляют общий контроль исполнения решений СБ.
Специализированной комиссии по противодействию терроризму не предусмотрено. Соответствующими проблемами в рамках своей компетенции занимаются межведомственные комиссии СБ по общественной безопасности, борьбе с преступностью и коррупцией, а также по конституционной безопасности. Исходя из их функций можно определить, что вопросы противодействия терроризму и экстремизму СБ относит к различным областям правового регулирования. Такое разделение во многом определяется спецификой этих социально-политических явлений. Поскольку конечным адресатом деятельности комиссий является СБ, который синтезирует в своих решениях результаты работы различных комиссий и комитетов по данной тематике, рассматриваемая специализация выглядит логичной и оправданной.
Второе направление координации борьбы с терроризмом — деятельность Федеральной антитеррористической комиссии, которая призвана обеспечить взаимодействие субъектов, осуществляющих борьбу с терроризмом, то есть субъектов, указанных в ФЗ «О борьбе с терроризмом». Как видно из названия комиссии, функции ее более адресные и связаны непосредственно с противодействием террористическим угрозам. Одновременно по сравнению с межведомственными комиссиями СБ круг ее участников более широк. Но при этом и деятельность ее осуществляется на более регулярной основе, в соответствии с утвержденным планом.
Однако по своим задачам Федеральная антитеррористическая комиссия и СБ частично дублируют друг друга. Если учесть их структурную независимость и то, что в Положении о Федеральной антитеррористической комиссии нет каких-либо ссылок на ее организационное и функциональное взаимоотношение с СБ, то налицо пробел в разграничении и уточнении компетенции в сфере борьбы с терроризмом.
Более последовательно решен вопрос соотношения в сфере противодействия экстремизму функций Межведомственной комиссии СБ по конституционной безопасности и Комиссии по противодействию политическому экстремизму при Президенте РФ.
Последняя — консультативный орган по аналогичным вопросам, что отражается, прежде всего, на ее составе и компетенции, характере принимаемых решений.
Третье направление — общая тактическая (в отличие от политической и стратегической) координация деятельности по борьбе с терроризмом, осуществляемая в соответствии с Законом о прокуратуре.
Такая координация осуществляется как в процессе расследования конкретных уголовных дел террористической направленности, так и в рамках надзорных функций прокуратуры — за исполнением правоохранительными органами уголовного и уголовно-процессуального законодательства в ходе предупреждения, выявления и пресечения террористической деятельности, а также за исполнением всеми исполнительными органами субъектов Федерации и органами местного самоуправления требований Федерального закона «О борьбе с терроризмом» и иных нормативных актов, регулирующих этот вопрос.
В ходе осуществления этих функций органами прокуратуры неоднократно указывалось на взаимосвязь между низкой раскрываемостью преступлений террористического характера и недостатком необходимой оперативной информации и обмена ею между заинтересованными ведомствами. Во многом по причине отсутствия единого статистического учета преступлений террористического характера затруднено ведение аналитической работы, изучение существующих проблем, отслеживание развивающихся процессов, а следовательно, и подготовка предложений по их блокированию.
И наконец, еще один уровень координации — разграничение полномочий и координация деятельности на уровне самих субъектов контртеррористической деятельности. Так, МВД и ФСБ России разработан приказ о разграничении компетенции органов Федеральной службы безопасности и органов внутренних дел Российской Федерации в сфере борьбы с терроризмом, которым определены объекты ответственности при проведении контртеррористических операций.
Как правило, многоаспектная система координации деятельности различных органов власти, участвующих в борьбе с терроризмом, повторяется и на региональном уровне.