Война Ливонская и лишение Балтийского моря не могли оставаться без вредных последствий для торгового значения Новгорода, которое и без того страдало от английской конкуренции. Наружное спокойствие под правлением Бориса, покровительствовавшего мирной торговле, было вскоре нарушено смутами эпохи самозванцев. Новгород подпал под чужую власть. После присоединения его к России правительство хотело оживить торговое значение не только Новгорода, но и целого края, прилежащего к нему: поэтому дозволено всем приезжающим из внутренних областей России и иностранцам торговать в Новгороде во всякое время невозбранно, а иноземцам позволено даже ездить с товарами по новгородским пригородам, в Псков и по псковским пригородам. В XVII веке, особливо когда шведы завели здесь главную контору, Новгород сделался центром металлической торговли, которая в нем была тогда значительнее, чем в XVI: свинец, медь, железо, получаемые из-за границы, шли через Новгород. Важным предметом вывоза, между прочим, был хлеб, так что русская хлебная торговля преимущественно направлялась в эту сторону. При Федоре Алексеевиче новгородцы привозили в Москву иностранные товары; это показывает, что торговля Новгорода тогда поднялась, ибо вместо немцев, привозивших в Москву иностранное питье, начали его производить новгородцы. Конец XVII века, поднимая старый балтийский торговый путь, как бы приготовлял реформу Петра Великого, которая убила Архангельск и перенесла к берегам Балтийского моря средоточие торговли и администрации.
Пути сообщения Новгорода с заграничными краями шли: первый на сто шестьдесят пять верст до Нарвы, другой до Ниена. В XVII веке в зимнее время брали до Нарвы от двух с половиною до трех копеек с пуда, в летнее от четырех до шести копеек; до Ниена зимою от трех до четырех с половиною копеек, летом от четырех до пяти копеек. Кроме сухопутной дороги из Новгорода в Нарву, был туда же путь водяной по Луге и Мшаге, впадающей в Шелонь, которая вливается в Ильмень. Пространство между Лугой и Мшагой в семь верст переезжали волоком. Третий путь шел на Псков, а оттуда в Ригу двести верст через Нейгаузен, Говен, Венден и Нейшлот в Литву.
Тогда как англичане дали русской торговле преобладающее направление к Белому морю, Псков образовался отдельным пунктом торгового сношения России с Ливониею и через нее с Германиею. В царствование Иоанна IV военные обстоятельства Ливонии на продолжительное время задерживали торговую деятельность этого города. После того смутные времена России отражались неблагоприятно и на нем, как на других западных городах России. Когда спокойствие восстановилось, Псков опять сделался важным местом закупа русских товаров и отправки их в Германию; товары эти были: лен – главное произведение псковского края, пенька, кожи, сало и красная юфть, которую выделывали в самом Пскове. Эти товары составляли исключительный предмет вывозной торговли в Пскове и обозначались общим именем русских товаров. Они отправлялись в Ригу, Ревель и Дерпт; немцы были главными их закупщиками, но при Михаиле Федоровиче и англичане успели проникнуть во Псков; пользуясь своими правами, они делали там значительный закуп льна, вероятно, для отправки в Архангельск. Таким образом, в 1619 году один английский гость получил право покупать сам и через своих агентов лен в Пскове, и воеводы обязаны были давать ему двор в городе. Гостиный двор для приезда иноземных купцов был не в самом городе, но под городом. Туда привозили на оптовую продажу разные материи, сукна, металлические изделия, жемчуг. При Михаиле Федоровиче казна брала с купцов лучшие вещи вместо пошлин, а также покупала их.