Наряду с памятниками истории Церкви и наследием святоотеческого богословия, А. В. Горский придавал особое значение усвоению русскими богословами живого литургического опыта Церкви. Он учил видеть в православном богослужении «цвет и плод древа жизни Церкви Христовой» [102] и советовал лучшим своим студентам писать диссертации «по догматике церковно-богослужебных книг» [103]. К западной богословской науке А. В. Горский относился с уважением, при обязательном условии самостоятельного и строго православного подхода к ее оценке. «Знакомство с современными мнениями немецких ученых, хотя часто совершенно ложными, представляется необходимым для академического преподавания», — писал он в одном из докладов митрополиту Филарету (Дроздову), имея в виду главным образом протестантские историко-экзегетические труды по Священному Писанию. Советуя студентам, будущим богословам, следовать апостольскому правилу «Вся искушающе добрая держите», — он пояснял: «искушающе, то есть обращаясь к первоначальным источникам».
Важно отметить, что древняя церковная история развивалась в МДА в духе завешанного А. В. Горским единства исторического и догматического материалов, непосредственно взаимодействуя с собственно историей догматов. Еще при жизни А. В. Горского архимандрит Иоанн (Митропольский) взялся за обработку истории Вселенских Соборов и дал научное представление первых трех из них. Его дело продолжил профессор А. П. Лебедев, посвятивший докторскую диссертацию «Истории Вселенских Соборов IV и V веков». А. П. Лебедев наиболее смело из русских историков брался за решение историко-догматических проблем, привлекая для этого все добытые наукой данные. По его мнению, «основы православия так ясны, что погрешить против них можно только сознательно, а не случайно, по небрежности или неосторожности. Православие не может считать себя солидарным со всеми церковными преданиями, со всеми суждениями об исторических лицах, какие встречаются в церковной практике, и со всеми сочинениями, которые часто без оснований приобрели вес в православном мире. Православие стоит выше фактической жизни Церкви, и потому оно ничего не теряет от того, что в этой фактической стороне не все оставалось в том виде, как это было раньше». Критерий православности, являясь интуитивно-ясным по своему догматическому содержанию, позволял А. П. Лебедеву использовать и данные из инославных научных источников, принимая все пригодное и здоровое и подвергая важнейшие пункты строго критическому анализу и документальной проверке. Иными словами, А. П. Лебедев сочетал «самостоятельное преобразование всего научного материала с творческим воссозданием исторической жизни Церкви в православном освещении» [95, с. 34].