Будучи еще студентом 3аболотный положил начало разработке метода иммунизации per os против холеры и некоторых других инфекционных болезней. Более четверти века он посвятил изучению чумы и борьбе с этой инфекцией. Начиная с 1897 г. занимался всесторонним изучением чумы в Индии, Монголии, Китае и других странах. С этой же целью выезжал в Поволжье, калмыцкие степи, Казахстан и Забайкалье. В 1898 г. Заболотный заболел чумой, но выздоровел после применения противочумной сыворотки. В 1899 г. высказал предположение о роли различных грызунов в сохранении чумной инфекции в природе. В 1910—1911 гг. руководил русской экспедицией по изучению легочной чумы в Маньчжурии. В 1911 г. на международной конференции в Мукдене Заболотный отстаивал связь эпидемий чумы в Забайкалье с тарбаганами. В 1922 г., опираясь на собственные данные и исследования И.А. Де-минского и Н.Н. Клодницкого, 3аболотный сформулировал основные положения о природной очаговости чумы, являющиеся основой современных научных представлений об эпидемиологии этой болезни. За 2 года до открытия бледной спирохеты 3аболотный обнаружил ее. Только осторожность помешали ему опубликовать результаты своих наблюдений. В 1898 г. он организовал первую в России кафедру бактериологии в Женском медицинском институте, которой и руководил до 1928 г. В 1920 г. 3аболотный основал первую в мире самостоятельную кафедру эпидемиологии в Одессе, в 1923 г. — кафедру микробиологии и эпидемиологии с курсом дезинфекции в Военно-медицинской академии. В 1927 г. 3аболотный издал первый на русском языке оригинальный учебник «Основы эпидемиологии».
Другой запрос носил осведомительный характер: «Каково положение чумной эпидемии в различных местностях Российской империи, где наблюдались установленные или подозрительные по чуме случаи, и какие меры по предотвращению в России опасности распространения чумной и холерной эпидемий принимаются правительством и общественными управлениями угрожаемых местностей?»
Третий запрос касался чумы в Харбине. С объяснениями выступил министр финансов, изложивший опубликованные накануне в «Правительственном Вестнике» сообщения и указавший на трудность вмешательства России в мероприятия, принимаемые на своей территории Китаем. Выступивший после министра граф Уваров признал недостаточность данных объяснений, так как все внимание сосредоточилось на Дальнем Востоке, и осталось неизвестным, какие меры принимаются в России общественными и правительственными учреждениями против чумы и холеры.
Депутат от Амурской области Чиликин указал на отсутствие сведений о каких-либо конкретных мерах, которые предполагается принять для охранения от чумы Приамурья.
Депутат от Забайкальской области Войлошников, дав общую характеристику тех условий, при которых в России обычно ведется борьба с эпидемиями, указал на крайне неудовлетворительные санитарные условия и недостаточное обеспечение населения медицинской помощью в Забайкальской области, где чума бывает ежегодно. На врача приходится от 25 до 35 тысяч душ обоего пола с радиусом участка от 200 до 300 верст. На фельдшера приходится от 4000 до 5000 душ обоего пола с радиусом от 40 до 50 верст. Только самодеятельность местных обществ, только широкое местное самоуправление могло бы хоть сколько-нибудь сносно обеспечить медицинской помощью местное население, а между тем правительство считает, что местное самоуправление, введение земства в Сибири преждевременно. Далее депутат обратил внимание на хищнический характер, который получил в настоящее время тарбаганий промысел, когда из-за алчности не обращают внимания на то, зачумленный ли труп тарбагана или нет. Затем депутат указал на необходимость остановить переселенческую волну и отправлять переселенцев в Сибирь только до Байкала.
Командированный правлением КВЖД для обследования чумной эпидемии профессор Д.К. Заболотный признал, что единственная мера для защиты от чумы — это планомерная санитария в городах или в тех местах, которые так или иначе могут быть поражены чумой. Что касается спешных мер или экстренных, то в данном случае вообще и наука, и санитария никогда не являлись сторонницами спешных внезапных мер, но всегда были на стороне мер постоянных и более основательных. Эти меры сводятся к улучшению общих санитарных условий путем организации постоянных больниц и постоянных санитарных учреждений.
Депутат Приморской области Шило указал на необходимость сделать категорическое представление китайскому правительству, что, если оно не примет мер против распространения чумы, то русское правительство само эти меры примет.
Депутат Дзюбинский высказал пожелание, чтобы вместе с практическими мероприятиями по борьбе с чумой, возможно шире было поставлено и научное изучение вопроса о чумной эпидемии, путем ли посылки научных экспедиций, или принятием каких-нибудь других мер.