Новое вторжение началось в 1231 г. В Хэнани захватчики натолкнулись на упорное сопротивление. До последней возможности держался Кайфын, куда чжурчжэни перенесли свою столицу после потери Пекина. Осада затянулась. Монгольское командование обратилось за помощью к южносунскому правительству, пообещав ему передать территорию Хэнани. Китайский император принял предложение, рассчитывая с помощью монголов разгромить своих давних врагов — чжурчжэней, откупиться от монголов и вернуть захваченные чжурчжэнями земли. Началось совместное наступление сунских и монгольских войск на чжурчжэней. Кайфын был вскоре взят монголами, вслед за ним пали и другие подвластные Цзиням города. В 1234 г. чжурчжэни лишились последних владений на территории Китая. Империя Цзинь прекратила существование. Конечно, монгольский хан и не думал выполнять свое обещание о передаче Южным Сунам провинции Хэнань.
В 1235 г. монгольский хан организовал первое наступление на владения Южно-Сунского государства. Отныне монголам пришлось столкнуться непосредственно с китайскими войсками и населением. Война затянулась надолго и носила исключительно ожесточенный характер.
Особенно значительный размах военные действия монголов против Южных Сунов приняли с 1251 г. В этом году хан Хубилай во главе большой армии направился на юг с целью окончательного покорения Китая. Китайская армия и население повсюду давали отпор монгольской рати. Южный Китай был окружен монголами с трех сторон: севера, запада и юга. Императорский двор оказался не в состоянии обеспечить оборону страны и организовать силы на отпор врагу. Но китайский народ самоотверженно защищал родину. Воинские гарнизоны, горожане и крестьянские ополчения во многих городах, крепостях и сельских населенных пунктах героически отбивали атаки противника. В течение трех лет защищалась крепость Сянъян на р. Ханыпуй, многократно переходил из рук в руки гор. Цзян-лин (в Хубэе), в продолжение 30 лет удерживали гор. Дяоюй (в Сычуани) его жители и солдаты. Как славный пример отваги и упорства вошла в историю героическая оборона Янчжоу и других южнокитайских городов. Ожесточенные бои с захватчиками вели патриоты в Гуанси, Хунани, Фуцзяни и других провинциях. Значительный вклад в антимонгольскую борьбу внесли некитайские племена и народности на юге Китая и в Тибете (яо, мяо, ицзу, ли и т. д.)
Многие передовые представители китайской интеллигенции решительно отказывались от сотрудничества с врагами. Среди них был и знаменитый китайский историк Ма Дуань-линь.
Замечательную страницу в историю освободительного антимонгольского движения вписали крестьянские вооруженные отряды «красных курток», действовавшие до 1264 г. на территории провинций Хэбэй и Шаньдун.
Тем не менее Хубилаю удалось до 1259 г. значительно потеснить армию Южно-Сунского государства. Но затем в течение нескольких лет вследствие тяжелых внутренних потрясений, которые пережила монгольская держава, войны не велись.
В 1271 г. хан Хубилай перенес столицу из Каракорума в Пекин. В этом же году он дал своей династии китайское название Юань. Это название распространялось на всю Монгольскую империю.
С этого времени все свое внимание Хубилай направил на окончательное подчинение Южного Китая. Междоусобица, раздиравшая в этот период Южно-Сунскую империю, значительно облегчала осуществление замыслов монгольского хана.
Постепенно завоеватели подходили к юго-восточным морским границам Китая. При приближении монголов к Ханчжоу — южносунской столице — китайское правительство начало переговоры о сдаче города, и в 1276 г. Ханчжоу пал.
Однако на этом борьба не закончилась. Несмотря на капитуляцию верховных правителей Южно-Сунской империи, население, организованное в патриотические дружины, а также остатки китайских войск во главе с преданными родине военачальниками продолжали сопротивление. В Цзянси ими командовал южно-сунский сановник Вэнь Тянь-сян (1236–1282) — национальный герой китайского народа. Однако перевес был на стороне завоевателей, они подавили сопротивление китайцев. Вэнь Тянь-сян был схвачен. Монголы упорно уговаривали его поступить на службу к Хубилаю, но генерал патриот предпочел смерть измене.
Некоторое время упорную борьбу на море продолжали последние остатки китайских войск, отплывшие на судах на прибрежные острова. Но в 1280 г. и они были разгромлены.
В междуречье Янцзы и Чжуцзян борьба не утихала ни на один год. Только в 1283 г. в этом районе более чем в 200 местах действовали патриотические отряды; некоторые из них имели до 10 тысяч человек. Но все эти разрозненные выступления теопели поражение.
Так завершилась продолжавшаяся в течение многих десятилетий война монголов за покорение Китая.
Монгольское завоевание сопровождалось дальнейшим закрепощением китайского крестьянства. Крестьяне утратили даже те остатки личной свободы, которые они сохраняли в прежние периоды.