О Приказе тайных дел, этом дальнем предшественнике российских спецслужб — разведывательной, контрразведывательной, охраны «августейших особ», шифровальной, мы можем судить и по сохранившейся довольно значительной части секретного архива, и по сведениям, полученным в то время от перебежчика. При Алексее Михайловиче бежал за границу один из сотрудников дипломатической службы царя — Посольского приказа. Судя по всему, он имел некоторое негласное отношение и к делам Тайного приказа, был хорошо осведомлен о дворцовых секретах. Кроме того, он выполнял тайные поручения царя.
Как и положено перебежчику, он кормился за рубежом за счет продажи своих сенсационных «откровений». О Приказе тайных дел, в частности, он сообщал: в нем «сидит дьяк да подьячих с десять человек и ведают они и делают дела всякие царские, тайные и явные, а в тот приказ бояре и думные люди не ходят и дел не ведают, кроме самого царя, а посылаются того приказу подьячие с послами в государства и на посольские съезды и в войну с воеводами… И те подьячие над послы и над воеводы подсматривают и царю приехав сказывают. А устроен тот приказ при нынешнем царе для того, чтобы его царская мысль и дела исполнялись все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали». Подлинные документы Тайного приказа, найденные через полтораста лет после откровений перебежчика, в общем подтвердили данную им характеристику этого «загадочного» учреждения.
Приказ непосредственно подчинялся самому царю и осуществлял контроль за деятельностью всех государственных учреждений, послов, городовых и воевод, вел следствия по важным политическим делам, занимался разведкой, в понятие которой входили тогда не только политические вопросы, но и, к примеру, поиск полезных ископаемых. С 1663 года к нему перешла часть функций Приказа Большого дворца по управлению царским хозяйством, охране и обслуживанию царской семьи.
За все время существования приказа должность дьяка, то есть руководителя, в нем занимали четыре человека: Томила Перфильев, Дементий Башмаков, Федор Михайлов и Иван (он же Данило) Полянский. Все они были незнатного происхождения, но по чину приглашались за царский стол наравне с самыми родовитыми боярами. Дьяк Тайного приказа должен был всегда находиться поблизости от царя на случай, если понадобится для какого-либо спешного, секретного поручения. В его обязанности входило организовать тайную охрану, сопровождать царя во время походов и выездов на охоту и богомолье. Дьяк одним из первых встречал иностранных послов при посещении ими Кремлевского дворца и одним из последних провожал их.
Во многих грамотах он именовался дьяком «в государевом имени», так как имел право подписывать указы, исходившие «из его, великого государя, царских палат за его, государскими, тремя красными печатями».
Для работы в Приказе тайных дел отбирались наиболее проверенные и способные, хорошо знающие грамоту, сообразительные подьячие из других приказов. Они проходили специальную школу обучения, созданную при Спасском монастыре. В ней учился, например, Семен Медведев, постригшийся впоследствии в монахи под именем Сильвестра и прославившийся своими литературными сочинениями.
Выполнявшие сложные и щекотливые поручения подьячие Приказа тайных дел получали гораздо большее жалованье, чем служащие других государственных учреждений. Они кормились во дворце и получали значительные суммы на дорожные и всякие иные расходы, связанные с выполнением государевых поручений. На пошив парадной одежды им выдавалось вдвое больше денег, чем, например, подьячим Приказа Большого дворца. По праздникам они щедро награждались.
Работа в этом «спецучреждении» и усердие при выполнении личных поручений царя способствовали успешному продвижению по служебной лестнице. Подьячие Тайного приказа назначались дьяками в другие приказы, а дьяки становились думными дьяками, но и тогда они продолжали оставаться особо доверенными царскими чиновниками и привлекались к выполнению все тех же секретных заданий.
Учитывая деликатность тайных поручений, царь Алексей Михайлович да и дьяк в «государевом имени» предпочитали отдавать их в устной форме. Но если указ отдавался письменно, то его имел право читать только тот, кому он был непосредственно адресован. Прочитав секретное распоряжение, адресат тут же должен был вернуть его посланцу. А если посланец по каким-либо причинам не мог вручить его адресату, то должен был вернуть царю или своему высшему должностному лицу в нераспечатанном виде. «Прочетчи, пришли назад с тем же, запечатав сей лист», — писал царь в одном из своих указаний.
Выполнив секретное поручение, подьячие Тайного приказа были обязаны немедленно докладывать об этом лично царю. Если же доклад облекался в письменную форму, то излагать на бумаге суть поручения запрещалось. Писали так: «Что по твоему, великого государя, указу задано мне, холопу твоему, учинить, и то, государь, учинено ж».