Августовские события 1991 года в СССР и его развал предопределили судьбу Афганистана, лично Наджибуллы и его режима. Он был оставлен один на один с превосходящими силами вооруженной оппозиции. Москва, занятая своими внутренними делами, устранилась от оказания ему помощи. Падение Наджибуллы стало вопросом времени. Как всегда в таких случаях, началось повальное бегство бывших его сторонников с тонущего корабля. Опоры режима рушились на глазах. Изменил свою позицию и командир 53-й пехотной дивизии генерал А.Р. Дустум, войска которого дислоцировались в столице и считались верными президенту. Дустум, узбек по национальности, понимал, что в случае захвата власти вооруженной оппозицией, где преобладали пуштуны, его участь будет незавидной, останься он верным Наджибулле. Он вступил в сговор с лидерами «Исламского общества Афганистана» Б. Раббани и А.Ш. Масудом, опиравшимися на северные провинции страны, где этническое большинство составляли таджики и узбеки, и 27 апреля 1992 года поднял мятеж в Кабуле и совершил государственный переворот, предал Наджибуллу и отстранил его от власти. Сопротивление Дустуму оказала только национальная гвардия МГБ, другие воинские части или бездействовали, или разбежались.
Наджибулла во время мятежа находился в бункере президентского дворца вместе с охраной. Понимая, что обречен, он с помощью преданных ему охранников отправил в аэропорт жену, дочерей и сестру, и им удалось вылететь в Индию. С ним остались брат Ахмадзай, начальник управления охраны МГБ, начальник секретариата Тухи и телохранитель Джафсар. Они сумели убедить его тоже покинуть Афганистан, чтобы сохранить себя как легитимного главу государства и политическую фигуру. Но было уже поздно. Автомобиль Наджи-буллы был остановлен у кабульского аэропорта, блокированного частями дустумовского генерала Омара Ака, его охрана разоружена, и он был вынужден вернуться в город. Попыток его ареста не было. С этого дня началось его восхождение на Голгофу.
26 апреля свергнутому президенту было предоставлено политическое убежище в миссии ООН в Кабуле. Утверждали, что Генсек ООН Бутрос Гали гарантировал ему личную безопасность. Наджибулла мог поддерживать телефонную связь с семьей, соратниками за пределами Афганистана. Он был в курсе событий в стране и за рубежом, знакомился с прессой. К России за помощью Наджибулла не обращался, а Москва в этом вопросе инициативы не проявляла.
Новое афганское правительство во главе с Б. Раббани оказалось не готовым к управлению страной. Экономика пришла в полный упадок, царили разруха и голод, с новой силой разгорелись межэтнические конфликты, успокоения в обществе не наступило, Кабул не контролировал положение в провинциях. Начались голодные демонстрации, манифестанты требовали вернуть Наджибуллу к власти, выкрикивали здравицы в его честь, а некоторые даже призывали к возвращению в Афганистан советских войск. Несмотря на все это, правительство Б. Раббани неоднократно требовало от ООН выдачи Наджибуллы, но получало твердый отказ. Бутрос Гали держал свое слово.
Между тем отряды талибов, захватив восточные районы страны и укрепившись в них, приближались к Кабулу и угрожали захватом власти. К 1996 году Б. Раббани фактически утратил контроль за развитием обстановки. 27 сентября того же года отряды талибов ворвались в столицу и овладели ею практически без боя. В считанные часы войска А.Ш. Масуда, Г. Хекматияра и хезарейские отряды оставили Кабул. Фактически это было беспорядочное бегство. Были сведения, что в последний момент А.Ш. Масуд предложил Наджибулле покинуть столицу вместе с его войсками, но тот отказался и решил остаться в Кабуле до конца. Впрочем, в миссии ООН его никто не удерживал, и в наступившей суматохе он мог легко затеряться в толпе отступавших и бегущих из столицы людей, но он этого не сделал. Он только настоял, чтобы бывшие с ним рядом все эти годы преданные ему Тухи и Джафсар ушли из миссии и постарались добраться до Индии, что они и сделали. С Наджибуллой остался только брат Ахмадзай. Кто знает, может быть, Наджибулла все еще надеялся на гарантии, данные ему Бутросом Гали, и на экстерриториальность миссии ООН, которую талибы не посмеют нарушить. Однако экстремисты-фанатики почти сразу же ворвались в миссию, схватили Наджибуллу и его брата, устроили в здании погром.