Великий князь киевский, Всеволод Ольгович, вернувшись из похода, умер (1146), и все дела на юге изменились. Великокняжеский стол достался Изяславу Мстиславичу, брату новгородского Святополка. Юрий Суздальский вступил в союз против него со Святославом Ольговичем Северским; началась продолжительная война, среди которой доставалось всем союзным и враждебным властям.
В 1147 году пришел Юрий воевать Новгородскую волость, взял Новый Торг и всю Мсту. В ответ ему ходил Святополк со всей областью Новгородской на Юрия. Новогородцы вернулись с Нового торга из-за распутицы.
В следующем году архиепископ Нифонт ходил к Юрию в Суздаль, договариваться о мире; Юрий принял его с честью, но мира не дал, и удерживал за собой новгородские дани, хотя и выпустил всех новоторжцев и захваченных гостей, целых и невредимых.
В 1148 году Святополк был изгнан «злобы его ради». Изяслав прислал сына Ярослава, а брату дал Владимир; вскоре и сам великий князь пришел, приглашенный новгородцами.
Новгородцы вышли к нему навстречу за три дня пути от города. В воскресенье встретил его сын Ярослав с боярами новгородскими, и поехали вместе к обедне к Святой Софии. Посланы были подвойские и бирючи кликать по улицам и звать к князю всех на обед, от мала до велика. «И тако обедавше, веселишася радостью великою, и с честью разъидошася в свои домы». Поутру послал Изяслав на Ярославов двор звонить вече. Новгородцы и плесковичи собрались на вече. Изяслав сказал: «Братцы, сын мой и вы прислали мне жаловаться, что вас обижает стрый мой Юрий. Вот я и пришел к вам, оставя Русскую землю для вас и для ваших обид. Гадайте же, братцы, что нам делать, как идти, чтобы покончить с ним либо миром, либо ратью». Новгородцы в один голос воскликнули: «Ты наш князь, ты наш Владимир, ты наш Мстислав. Рады идти с тобою за наши обиды». Еще собрались новгородцы и решили всем идти на войну, всякой душе: хоть кто и дьяк будет, и гуменцо у кого пострижено, но не поставлен, пусть и тот идет, а поставлен – пусть Богу молится.
Новгородцы, плесковичи, корела пошли всеми силами на Юрия к Ростову. Подойдя к устью Медведицы, Изяслав остановился в ожидании брата Ростислава, который через четыре дня пришел с полками русскими и смоленскими. Ольговичи же не приходили к ним на помощь, по уговору, выжидая в вятичах, чем кончится дело. Братья спустились вниз по Волге. От Юрия не было никакой вести. Он не отпускал их посла, отправленного к нему еще, ни слал к ним своего, – и они начали опустошения по обоим берегам реки до Углича поля и до устья Мологи, взяли и сожгли шесть городов. Остановившись, они отправили новгородцев и русь воевать дальше, и те с огнем и мечом дошли почти вплоть до Ярославля. Они захватили много добычи и привели семь тысяч человек. На Вербной неделе наступило тепло и братья решили вернуться, видя, что реки вскрываются.
Юрий не оставался в долгу. Лето ходили новгородские данники в малом числе; услышав это, Юрий выслал на них Берладника. Они сразились между собою, и с обеих сторон было много убито.
Но главный удар был устремлен на Юг, где великий князь Изяслав дорого поплатился за свое посещение Поволожья с новгородцами и другими воинами. Летом, соединившись со своими союзниками, Юрий подступил к Киеву, заставил Изяслава отказаться от него и бежать во Владимир.
А потом не оставил его в покое и там, и только в уважение ходатайства старшего брата Вячеслава примирился с ним. Изяслав, при заключении условий, всеми силами старался выговорить у Юрия захваченные им новгородские дани, на что Юрий наконец и согласился.
Епископ Нифонт возвратился (1151), отпущенный Юрием, к радости новгородцев: он ходил в Киев, позванный митрополитом Климом, избрание которого отрицал, и посажен был в Печерский монастырь, где и сидел, пока пришел Юрий.
По возвращении епископ обил свинцом святую Софию и кругом обмазал известью.
В 1184 году, 28 марта, новгородцы изгнали Ярослава Изяславича и призвали Ростислава Мстиславича из Смоленска, который, однако же, вскоре после смерти брата великого князя Изяслава, ушел в Киев, оставив им сына Давыда. Рассердившиеся новгородцы, что тот не дал им мир, а еще пуще все расстроил, выгнали сына и послали епископа Нифонта с лучшими мужами к Юрию, просить у него опять сына Мстислава, который пришел 30 января 1155 года.
В следующем году (1156) архиепископ Нифонт преставился в Киеве, выйдя навстречу митрополиту. Злые языки говорили: «Облупив Св. Софию, пошел к Царюграду». «Это несправедливо, – замечает летописец, – кто из нас не знает, как украсил Нифонт Св. Софию, исписал притворы, сотворил кивот, устроил снаружи, а в Плескове создал каменную церковь Св. Спаса, в Ладоге – Св. Климента. Бог за грехи наши не дал нам видеть у себя его гроб».