Была пора, когда церковь наполнял своим высоким религиозным авторитетом почивавший здесь в раке святой, который принимал живое участие в судьбах государства и на которого возлагали свои надежды и упования местные жители. В высшей степени важно было бы выяснить вопрос о том, где стояла рака с мощами св. Евгения. Так как точных указаний в этом отношении нет, то должно ограничиться догадками. В ряде чудес, совершенных св. Евгением, есть чудо о серебряной цепи [30], в левом приделе, где находится изображение Иоанна Предтечи. При большом стечении богомольцев по случаю праздника некто похитил цепь и хотел бежать, но при выходе из церкви потерял способность к движению. Итак, можно думать, что цепь служила для сдерживаний толпы, стремившейся приблизиться к раке, что она отделяла колонны или столб, на котором было изображение Иоанна Крестителя, и южную стену, где была рака в непосредственной близости к малой южной апсиде. Действительно, на переднем столбе в храме к южной апсиде и теперь наблюдается место для большого изображения. Следовательно, можно бы считать вероятным, что рака находилась на правой стороне церкви у самой малой южной апсиды. Это обстоятельство было принято в соображение при снятии деревянного настила и изучении древнего каменного пола, который находится под деревянным. То обстоятельство, что главная святыня храма была на южной стороне около малой апсиды, не служит ли объяснением тех обширных переделок и подновлений, которые сделаны были турками при обращении церкви в мечеть? На южном крыле произведены капитальные переделки: малая апсида изменена, в ней проделано широкое окно вместо узких продолговатых византийских окон, такое же новое окно сделано в южной стене по направлению к михрабу и, наконец, далее на запад, между тем как западная и северная часть сохранились без изменений; такова старая форма окон, за исключением большого окна, которое заменило бывшие здесь двери. Очень обращает на себя внимание помост из мраморной настилки от апсиды на южной стене вплоть до михраба. Он составляет ненужное с точки зрения мусульманского архитектурного плана возвышение, не менее аршина вышины над деревянной настилкой, и может служить показателем погребения здесь в христианскую эпоху. Во многих подробностях наблюдаются признаки восточного сельджукского или турецкого влияния (арабески в нижних частях арок).
Состязание в нравственном влиянии и в церковном авторитете между двумя трапезундскими церквами отразилось на внутреннем устройстве храма и на архитектурном типе. Оно заметно и на внешних украшениях. Стоит всмотреться в мраморные вставки, украшающие внешние стены главной апсиды, на которой в обилии сохранились фрагменты рельефов и орнаменты, чтобы вспомнить о наблюдениях, сделанных относительно храма Богородицы Златоглавой. И здесь в стене вделаны, по-видимому, остатки надгробных памятников, которыми св. Евгений не уступал Богородице Златоглавой, и здесь видим христианские эмблемы креста, растительный орнамент, кисти винограда и, кроме того, одноглавого орла, входившего в герб империи. Храм св. Евгения еще больше, чем Златоглавая, окружен частными зданиями, возникшими в непосредственной к нему близости и заполнявшими обширный монастырский двор, кладбище и монашеские помещения. Выяснение многих подробностей истории его стоит в связи с производством как в нем самом, так и в его ближайшем соседстве больших работ. Внутри храма мной предприняты были некоторые предварительные разведки. Прежде всего необходимо было снять деревянный пол, настилкой которого мусульмане налагали свою печать на христианский храм, носивший рисунки и эмблемы, недопускаемые для чувства правоверных, даже на полу. В алтаре и прилегающих к нему отделениях с северной и южной сторон деревянная настилка лежала прямо на земле, в церкви же покрывала частью мраморный пол с орнаментом, а в западной части настилка лежала на деревянных брусьях, положенных на земле. Почва в алтаре, по снятии верхнего рыхлого слоя, оказалась скалистым материком, очень неровным, залитым цементом. Найдено несколько больших глыб хорошо цементированного состава, упавшего, как можно догадываться, со сводов. Следы огня с остатками угля в глыбах глины и цемента указывают на пожар, разрушивший эту часть храма. В мягкой почве по направлению к северной стороне, в небольшом помещении из камня, сложенного насухо, оказались кости, положенные в беспорядке, как можно догадываться, два костяка, при них два черепа, один хорошо сохранившийся, другой разбитый. Кости собраны, положены в ящик, и все вместе снова зарыто землей. При раскопке обнаружено несколько мраморных плиток различной величины и цвета, что указывает на остатки облицовки стен в алтаре и мозаичную работу. Сохранились ли по стенам апсиды и в сводах росписи, об этом нельзя сказать ничего определенного, так как для систематических работ в этом отношении потребовалось бы возведение деревянных построек и продолжительные работы.