После Полтавской победы он сказал в Киевском Софийском соборе панегирик Петру, а позже сумел угодить и всесильному Меншикову, сказав и ему похвальное слово.
В 1711 году Феофан во время Турецкого похода, по указанию Петра, находился в русском лагере.
Затем, по возвращении в Россию, он по воле царя определен был игуменом Киевобратского монастыря, ректором академии и профессором богословия. Как профессор он пользовался громкою славою. Он оставил схоластическую методу и ввел новую, церковно-историческую.
Как хозяин Феофан привел в порядок денежную часть академии, запущенную в такой мере, что учащиеся постоянно голодали. А при нем пошло такое изобилие, что, по его же, Феофановым, словам: «Слух в народе носился, что в братском монастыре клад найден».
В 1715 году Феофан вызван был в Петербург. Год провел Феофан там в деятельности проповедника, причем являлся скорее публицистом, чем пастырем-учителем. Он преимущественно с точки зрения правительства обсуждал в своих проповедях политические дела.
Меншиков был очень добр к нему, в чем находили залоги его возвышения. Старорусская партия видели дурное предзнаменование в возвышении Феофана на весьма тогда значительную кафедру архиепископа Псковского.
Между тем двое ученых Московской академии – Гедеон Вишневский и Феофилакт Лопатинский – ко времени еще вызова Феофана в Петербург составили протест, обвиняя Феофана в неправославных взглядах. Знаменитые ученые братья Лихуды согласились с протестом и отозвались не в пользу Феофана.
Когда стало известно о предстоящей хиротонии Феофана, протест пошел в Петербург в виде письма от Стефана Яворского к епископам, которые должны были посвящать Феофана, с требованием посвящать его не иначе, как если он отречется от мнений, выставленных в протесте. Но дело кончилось для Феофана благополучно: примирением со Стефаном.
Интересны письма Феофана к малороссийскому его знакомому Марковичу. Будучи архиепископом, он хвалит свой петербургский дом, «который отделал, кажется, чисто и прилично». Пишет о благоволении Петра, который в 1720 году подарил ему село и два судна: одно весельное, другое парусное. Говорит о своих письменных трудах: в это время, кроме более мелких трудов, он занят был составлением Духовного регламента, трактата о патриаршестве, трактата о лицемерии и трактата о мученичестве. Этот последний составлен для увещания лиц, выказывающих «неразумную ревность» из-за перемены одежд, ношения париков, бритья бород и «тому подобных мелочей», как пишет Феофан. При этом Феофан приводит следующее «смешное приключение»: «Чей-то служка, начитавшись жития мучеников, и сам воспламенился ревностию к мученичеству и не зная, как этого достигнуть, придумал вот такую штуку: куплю, говорит, старинное русское седло, которые употреблять запрещено, и средь белого дня проедусь на нем по Москве вопреки царскому указанию: авось, быть может, попаду на казнь. Вот, – заключает Феофан, – какой образ мыслей у этих несчастных; это-то зло мы и хотим уврачевать нашим сочинением».
При учреждении Духовной коллегии (Синода) Феофан был назначен вице-президентом ее, наравне с новгородским архиепископом Феодосием Яновским, которого он потом и погубил.
Положение Феофана было тогда чрезвычайно благоприятно. Ум его, вполне подходивший к целям Государя и не раз им испытанный, приобрел ему полное доверие Петра. Часто видясь с ним и у себя, и у Феофана, которого он навещал, Государь любил толковать с ним о преобразованиях в Церкви и государстве. И всегда Феофан готов был стать усердным и понятливым орудием Петра. Все реформы Государя были объяснены с церковной кафедры Феофаном. Все почти, что он писал, он писал по заказу Петра. И случалось, что он, угождая произволу Петра, жертвовал иногда правдою.
Например, Петр задумал, вопреки всем преданиям русским, вопреки обычаям всех решительно монархических государств, присвоить себе власть назначать себе наследника по собственному избранию, не стесняясь нисколько не только первородством, но и родством. И Феофан в оправдание такого произвола пишет
Известный историк князь Щербатов в следующих типических выражениях выражает свое мнение об отношении Феофана к Петру.