В приписке халкисского синаксаря отмечено под 1223 г., первое пришествие татар. Потом в 1239 г. новое нашествие. Через 10 лет, под 1249 г., записано: "В тот же день очищено от татар все". В 1299 г., однако, татары опять присылают зачем-то войско в Сурож, плативший им дань. В год первого нашествия татар Судак принадлежал еще к империи "великих Комнинов", вместе с Южным берегом. В 1249 г. он уже находился под властью трапезундских императоров. Наконец в 1322 г. татары совершенно покоряют Сурож. Это горестное событие в синаксаре отмечено так: "пришел Толактемир и апокрисиарий Узбеков, имя ему Карабулат, и взял Сугдею без войны; сняли колокола все и сломали иконы и кресты, и затворили ворота, и была скорбь, какова не была никогда". Потом, под 1323 г.: "Закрыли безбожные агаряне божественную и священную икону Спаса нашего Иисуса Христа в царских вратах богоспасаемого города Сугдеи"; и, наконец, под 1327 г.: "разорил крепость, св. Софию Сугдаи, и св. Стефана, и св. Варвару некто именем Агач-пасли, сквернавец древоголовый". Вероятно, после этого погрома жители Судака раз¬бежались, и город опустел, потому что около этого времени папа Иоанн XXII просил Узбека о позволении возвратиться христианам в Судак и об обращении церкви судакской из-под мечети опять в христианский храм. Вообще последнее татарское нашествие потрясло окончательно могущество Судака. С тех пор этот многолюдный, богатый и вольный город, имевший более 100 церквей, привлекший в свои стены своею веротерпимостью промышленных людей всевозможных племен и толков, почти стирается со страниц истории как самостоятельный центр жизни. Судьба его, со второй половины XIV столетия, делается нераздельною с судьбою генуэзских колоний Крыма, с судьбою Кафы, которая унаследовала славу и богатство Судака. Кафяне овладели Судаком в 1363 или 1365 г. Старожилы Судака рассказывали в XVI столетии Броневскому, что кафяне воспользовались междоусобиями каких-то сварливых греческих князьков, управлявших тогда Судаком, и присоединили к себе в 1365 город и 18 селений, ему принадлежавших. Это сказание не только не противоречит, а почти подтверждает существующую в Крыму легенду о царице Феодоре, у которой генуэзцы будто бы отняли Судак, Алустон, Кастель и прочие береговые владения. Ссоре Феодоры с братом легенда приписывает победу генуэзцев. В 1380 г. 28 ноября генуэзский консул Джаноне дель-Боско заключил договор "при трех колодцах" с ханом Тохтамышем, по которому генуэзцы получают в свое владение весь берег Таврии от Балаклавы до Судака, включая и принадлежащие к нему 18 селений. Очевидно, это было только печальное освящение уже прежде совершившегося захвата со стороны но¬минального обладателя Судака, то есть со стороны татар, получавших с него дань. Вместе с торговою жизнью угасла, по-видимому, в Судаке и та широко развитая религиозная жизнь, о которой осталось столько свидетельств. Многочисленные святыни Судака опустели или разрушились. Судак перестал быть с 1386 г. метрополиею епархии. Генуэзцы придавили греческую церковь в пользу своей латинской. В XIV столетии упоминаются в Судаке только латинские епископы, а судакские греки причислены уже к соседней готской епархии, между тем как до того времени греки самой Кафы, Ялты и других мест подчинялись митрополиту Сугдаи. Вероятно, главною причиною этого было обезлюденье Судака. Все заставляет думать, что после погромов татарских и генуэзского пленения даже древние укрепления Судака были большею частью разрушены. Из сохранившихся на башнях Судака надписей на каменных плитах оказывается, что в 1385 г. генуэзцы стали строить вокруг Судака укрепления, которые были окончены только в 1414 г., следовательно, постройка их продолжалась около 30 лет. Таким образом, мы вправе считать большинство уцелевших теперь башен и стен Судака за памятники генуэзского, а не греческого владычества.
С половины XIV столетия начинается вторая, генуэзская эпоха жизни Судака. Задавленный разраставшимся могуществом Кафы, своей ближайшей соседки и своей обладательницы, Судак делается одним из укрепленных пунктов генуэзской колонии и попутною стоянкою генуэзских кораблей; но уже торговое значение его более не существует.
Можно сделать краткий очерк устройства и внутренней жизни Судака в этот период времени, руководствуясь чрезвычайно интересным уставом генуэзских колоний, сохранившимся в рукописи в архивах банка св. Георгия, в Генуе. Князь М.С.Воронцов, посетив Геную, видел эту латинскую рукопись, и поручил сделать с нее точный список, который теперь хранится в библиотеке князя в Алупке и недавно только издан в свет.