5 сентября в густом тумане суда надолго разлучились. Левашов один продолжал поиски земель к западу и юго-западу от Унимака: 16 сентября он пришел к Уналашке, с 1 по 5 октября плавал возле Унимака, снова вернулся к Уналашке и выбрал для зимовки бухту (порт Левашова) в глубине Капитанского залива, теперь Датч-Харбор. Выбор был исключительно удачен: этот залив — лучшая гавань на Алеутских о-вах.
На Уналашке Левашов нашел русских, которые захватили несколько десятков заложников — детей алеутских старейшин. 33 таких «аманатов» промышленники передали Левашову по его требованию, чтобы обеспечить безопасность его команды. Он наладил отношения с алеутами и через них весной 1769 г. связался с Креницыным.
Большая часть людей Левашова зимовала на судне, остальные — в юрте, построенной из плавника. Моряки страдали от сырости, недостатка пищи и топлива: «Пищу худую имеем и малую, а от стужи и дождя нигде не можно сыскать покою!» К лету умерло трое больных; двое пропали без вести. Во время зимовки Левашов делал наблюдения и подготовил материалы (собрав их у промышленников) для разностороннего, правдивого, точного и яркого описания алеутов — «О жителях того острова», т. е. Уналашки.
Зимовка Креницына на Унимаке протекала в гораздо худших условиях. До середины октября его люди строили юрты из выброшенного на побережье леса, затем вытащили судно на берег, чтобы оно не пострадало от зимних бурь. Глубокой осенью отряд штурмана
6 июня 1769 г. в гавань, где зимовал Креницын, пришел Левашов. 22 июня они двинулись на юг, обнаружили небольшой о. Санак, а затем повернули на запад; за три дня завершили открытие
и описание всех о-вов Креницына и снова разлучились. 30 июля Креницын вернулся в Нижнекамчатск. Левашов описал еще Четырехсопочные о-ва (западная группа Лисьих) и после долгого и тяжелого плавания прибыл туда же 28 августа 1769 г.
Зиму 1769/70 г. экспедиция провела в Нижнекамчатске. Зимовка была тяжелой: не хватало продовольствия, так как летом прошедшего (1769) года улов рыбы оказался очень бедным да и рыбаков почти совсем не осталось из-за эпидемии оспы, унесшей около 6 тыс. человек. Левашов и штурман
Географические результаты экспедиции были очень велики. Креницын и Левашов завершили в основном открытие всей гигантской Алеутской дуги, протягивающейся на севере Тихого океана на 1740 км, и особенно Унимака и других Лисьих о-вов. Они положили начало исследованию п-ова Аляска. В их работе позднее нашли ряд ошибок, так как метеорологические условия в то время в районе Алеутских о-вов оказались исключительно неблагоприятными для астрономических наблюдений: «Туманы бывали так часты, что посреди лета редко пять дней сряду продолжалась ясная и хорошая погода» (П.С. Паллас). И все же их материалы широко использовались крупными исследователями северной части Тихого океана — от Д. Кука (1779) до М.Д.