Да Кунья, узнав о плавании Пирейры, принял решение проверить слухи, пока часть судов его флотилии находилась в ремонте и пополнялась их команда. Он возглавил флотилию из семи кораблей и в сопровождении Л. Албукерки проследовал из Мозамбика на юго-восток. 8 декабря португальцы достигли мелководья близ западного побережья Мадагаскара (у 17° ю. ш.). Налетевший северный ветер отнес суда к югу примерно на 300 км, и здесь они вновь попали на мелководье. Двигаясь лишь днем, моряки проделали обратный путь на север, не теряя берега из вида. Страна была населена людьми, не понимавшими языка жителей восточного побережья, представителей которых да Кунья взял в качестве переводчиков. Он не обнаружил и следов специй, за исключением небольшого количества имбиря, и не смог выяснить, растет ли он во внутренних районах острова. Для обеспечения безопасности дальнейшего каботажного плавания он приказал захватить лодку с двумя туземцами, ставшими лоцманами поневоле. Суда осторожно продвигались на северо-восток и вошли в большой залив с островом, на котором располагалась крупная арабская фактория, — бухта Махадзамба. Близ 15° ю. ш. португальцы разграбили факторию, а пытавшихся спастись бегством топили — вода в заливе вскоре почернела от корпусов перевернутых лодок. По подсчетам Албукерки, погибло более 1 тыс. человек, многие попали в плен; трофеи же оказались жалкими — немного золота и серебра.
В конце декабря недалеко от северной оконечности Мадагаскара флотилия разделилась: четыре судна направились к Сокотре, а три других продолжили обследование острова. Вскоре, правда, один корабль затонул, второй вернулся в Мозамбик, и лишь судно
Когда лодка Абреу выбралась из песчаной ловушки, корабль уже ушел. Потерявшие надежду португальцы некоторое время жили в прибрежной деревушке, где после болезни скончалось 12 человек, в том числе и Абреу. 13 здоровых моряков, оставив троих выздоравливающих, нарастили борта лодки и, ведомые величайшим оптимизмом, отправились в тяжелейший морской поход. Они прошли вдоль южного и части юго-западного берега острова, обследовав таким образом более 3 тыс. км побережья Мадагаскара, и взяли курс на северо-запад; пресную воду им удалось добыть только на маленьком островке Европа (у 22°30' ю. ш. и 40°30' в. д.) после стычки с туземцами, причем несколько моряков погибло. Одиссея благополучно завершилась близ о-вов Ангоши (у 40° в. д.): их подобрало португальское судно и доставило в Мозамбик.