«Из-за великих льдов» и усиливающегося мороза по решению консилиума (совета) судно повернуло к югу. Командир был смертельно болен, и «Якутск» вел штурман
Стоянку для судна выбрали в заливчике между устьями pp. Блудной и Понигая. Во время зимовки X. Лаптев ввел питание мороженой рыбой (строганиной) — ив его отряде никто не болел цингой. Зимнее время он решил использовать для изучения внутренних районов Таймыра. Зимой боцман В. Медведев дважды пересек Таймыр: 21 октября 1739 г. он двинулся на собаках на запад до открытой им р. Дудыпты и по ней и р. Пясине спустился к морю. Он смог осмотреть чуть более 40 км побережья к востоку от ее устья — помешали сильные морозы — ив конце апреля 1740 г. тем же путем вернулся к отряду. Длина его санного маршрута в оба конца составила около 2,3 тыс. км.
Весной 1740 г. геодезист Н. Чекин на собачьих упряжках пересек п-ов Таймыр с востока на запад. 23 марта он двинулся от нижней Хатанги к озеру Таймыр — самому крупному северному водоему Земли, а далее по р. Таймыре к ее устью, окончательно доказав, что она впадает в Карское море, т. е. значительно западнее, чем полагал В. Прончищев. Затем он осмотрел морской берег к западу от устья Таймыры на протяжении более 100 км. Оттуда он прошел на север, приняв прибрежные острова (архипелаг Норденшельда, включая о. Русский) за выступ материка. Обойдя его с севера, Н. Чекин, потерявший почти всех собак, 17 мая вернулся на базу. Его поход утвердил X. Лаптева в мысли, что надежнее всего (при условии обеспеченности продуктами и кормом для собак) производить опись берегов п-ова Таймыр зимой сухим путем, но решил сделать еще одну попытку прорваться через льды морем в устье Енисея.
В конце лета 1740 г., как только позволила ледовая обстановка, X. Лаптев двинулся на «Якутске» на север вдоль берега Таймыра. По выходе из Хатангского залива (начало августа) он убедился, что земля, принятая им в прошлом году за полуостров, расположенный севернее бухты Нордвик, отделена от материка проливом (о. Большой Бегичев). «Якутск» прошел до 75°26' с.ш., попал в дрейфующие льды и был раздавлен. Вечером 15 августа команда покинула судно, выгрузила все запасы на льдину, а затем перебралась на берег. Около полумесяца ушло на переброску провианта и имущества, но все спасти не удалось — льдину отнесло от побережья. И X. Лаптев принял верное решение — идти к месту прежней зимовки. 15 октября он вернулся на Хатангу, а через девять дней туда же прибыла группа С. Челюскина, вышедшая позже.