В 1495 году, эмигрировав снова в Россию, Мухаммед-Эмин стал продолжать прежнюю службу, управляя Коширой, Серпуховом и Хотунью. Он был обязан участвовать в русских походах, и в 1500 году во время Литовской войны он был назначен, в силу своего высокого титула, номинальным главнокомандующим всей русской армией. Когда хан в 1502 году возвратился в Казань, ему было 30 лет с небольшим.
Мухаммед-Эмин отлично помнил горький опыт того конца, которым завершилось его первое царствование.
Учитывая неблагоприятное впечатление, произведенное на казанцев иностранным вмешательством во время только что совершенного переворота, и опасаясь снова подвергнуться изгнанию из Казани, хан решил придерживаться новой политики. Он был искренним сторонником России и русских, но страх перед народным восстанием заставил его изменить поведение. В 1502 году все ожидали усиления русских влияний, но действительность показала, что оба правительства, как казанское, так и московское, ошибались и что на этот раз Мухаммед-Эмин обманул их ожидания. Хан в душе принял решение придерживаться антирусской ориентации, но его ум, хитрость и ловкость позволили ему долго скрывать свои замыслы и тщательно подготовить перемену режима. Ему удалось перехитрить такого умного человека, как князь Кель-Ахмед, и так незаметно приготовиться к войне против русских, что об этом русские, жившие в Казани, не подозревали: московское правительство оставалось в полном неведении.
Прежде всего Мухаммед-Эмин устранил Кель-Ахмеда, стоявшего во главе русской партии и руководившего казанским правительством. С ним у хана были давние личные счеты: князь был виновником его низложения в 1495 году, в 1502 году Кель-Ахмед постарался устранить с престола его брата, и теперь от него же можно было ожидать опять неприятностей. Мухаммед-Эмин сумел устранить Кель-Ахмеда от власти, и князь не смог уклониться от удара, направленного в него. Против него было возбуждено какое-то обвинение, он был арестован, осужден и казнен, а может быть, и просто убит по приказанию хана. Правительство Кель-Ахмеда, стоявшее у власти бессменно в течение восьми лет, пало.
Иван III, опасный сосед казанского хана, был уже стариком и заметно дряхлел. Об этом было известно везде за границей, и папа Юлий II даже позволил великому князю Литовскому Александру, женившемуся на дочери Ивана III, жить с иноверной женой лишь потому, что все ждали скорой смерти ее отца, который был очень стар, и в надежде на то, что она тогда перейдет в католичество. В 1503 году, со смертью супруги, Иван стал заметно слабеть, прихварывать, ездил по монастырям искать исцеления и написал завещание. В 1505 году он вступил в 44-й год своего правления; для всех было ясно, что он долго не проживет, и противники России заметно ободрились. От близкой перемены на московском престоле ожидалось ослабление русской политики, так как 25-летний наследник далеко не отличался такими выдающимися качествами, как его отец. Обстоятельства были чрезвычайно благоприятны для нарушения договоров и для освобождения Казанского ханства от русского протектората. Мухаммед-Эмин тщательно подготовил поворот политики в сторону, враждебную русской партии, и осторожно вел приготовления к близкой войне.
Весной 1505 года между Казанью и Москвой произошли дипломатические осложнения, но русское правительство и не подозревало намерения Мухаммед-Эмина. Война началась совершенно внезапно, и русское правительство было к ней совсем не готово. Восточная партия, призванная ханом к власти после падения правительства Кель-Ахмеда, составила план, который должен был дать полное удовлетворение всем ее насущным желаниям. Правительство должно было сбросить с себя унизительную зависимость от иностранного государства, разорвать союзные договоры и объявить русским войну. Целью этой войны было искусственно задерживавшееся в течение столь долгого времени стремление к приобретению русских невольников, и соответственно этому война должна была начаться внезапным захватом огромного количества пленных; положение дел подсказывало план внезапного нападения.