Князь Юсуф Ногайский решил поддержать своего сына, хана Али, и собирал громадное войско для того, чтобы осенью 1553 года вступить в пределы России. К союзу казанцев и ногайцев примкнуло также Астраханское ханство, правительство которого обещало дать ногайцам суда для переправы чрез Волгу и выставить отряд в 500 человек. Этот поход против русских не осуществился, так как мурза Измаил, пользовавшийся большим влиянием в Ногайском княжестве, заявил о своем союзе с Россией и отказался выступить против русских, угрожая войной князю Юсуфу.
Русское правительство было вынуждено начать новую войну для действительного завоевания Казанского ханства. Летом 1553 года по берегам Волги, Камы и Вятки ходили оккупационные отряды под начальством Д. Ф. Адашева. На всех перевозах они убивали казанцев и инородцев, захватили в плен 240 человек и терроризовали страну. В сентябре 1553 года русское правительство двинуло против казанцев целую армию под начальством прежних воевод — князя С. И. Микулинского, И. В. Шереметева и др. Москва поняла, что со взятием столицы Казанское ханство еще не было покорено, и возобновила войну.
Район военных действий охватил всю территорию, населенную казанскими татарами, — на 250 верст вверх по Каме. Русские отряды беспощадно опустошали страну. Они шли от селения к селению, уничтожая все на пути, сжигая деревни, отбирая скот, уводя всех жителей в плен. Война приняла характер какой-то чудовищной бойни, в которой обе стороны были крайне ожесточены: казанцы упорно отстаивали свою независимость, и их поддерживали инородцы, соединившиеся против чужеземных завоевателей; русские шаг за шагом продвигались вперед, предавая все огню и мечу. Зимой 1553/54 года русские взяли и сожгли крепость на р. Меше. Они «страшно опустошили всю страну» и взяли в плен 6 тысяч мужчин и 15 тысяч женщин и детей[249]
. Обезумевшее от ужаса население принуждено было присягнуть русскому государю и заплатить подати русским.Летом 1554 года война возобновилась, причем к Мамыш-Берды примкнули черемисы луговой стороны. Русские пытались послать против них присягнувших жителей Казанского ханства, но этот план потерпел полную неудачу, так как они не пошли на братоубийственную войну и примкнули к сражавшимся против русских. Война вновь охватила всю территорию. Повстанцы убили всех, кто сочувствовал русским, убили русских рыбаков, промышлявших на Каме, напали на сторожевой полк русской армии и появились под самой Казанью. Против них русские отправили отряд под начальством князя И. Ф. Мстиславского. В течение короткого времени он страшно опустошил громадную территорию — 22 волости и уничтожил несколько десятков селений. Взятые в плен, в количестве нескольких тысяч, были все казнены. В Арском крае построен был ряд башен, острогов и укреплений, в которых были размещены вооруженные отряды русских солдат, но военные действия князя И. Ф. Мстиславского против Мамыш-Берды и хана Али были безрезультатны.
В 1555 году война не возобновлялась: население было подавлено обрушившимися на него страшными бедствиями, но весной 1556 года жители Казанского ханства подняли восстание против завоевателей. Мамыш-Берды с двухтысячным войском повел наступление, но в апреле русские под начальством П. В. Морозова открыли военные действия против города Чалыма. Неприступная крепость была взята, как и Казань, при помощи взрыва подкопов[250]
. После падения Чалыма перевес окончательно перешел на сторону русских, и борьба за независимость становилась уже безнадежною. Инородцы, в особенности чуваши, стали переходить на сторону русских. Хан Али был убит. Чуваши хитростью захватили Мамыш-Берды и выдали его русским. Вождь борьбы за независимость был отправлен в Москву и казнен.В мае 1556 года русские разбили повстанцев в Арской земле — П. В. Морозов снова «опустошил все Арские места, побил многих людей, пленных вывел бесчисленное множество», причем русские «брали в плен одних женщин и детей, мужчин всех побивали», то есть умерщвляли[251]
. В июне последовала вторая карательная экспедиция, и в результате Арская и Прикамская сторона «опустошены были вконец». После гибели Мамыш-Берды вождем повстанцев стал богатырь Ахмед. Он повел наступление на горную сторону, но потерпел поражение, был взят в плен и казнен. Силы казанцев были окончательно истощены. Народ, доведенный до отчаяния, отказался от продолжения бесплодной борьбы, ив 1557 году война уже не возобновилась. Край был присоединен к Русскому государству.