10 марта 1885 года новопостриженный инок был рукоположен в иеромонахи, а 4 декабря 1886 года он назначается в далекую Сибирь, инспектором Томской духовной семинарии; 14 декабря он возведен в сан игумена. Молодой монах оправдывает свое новое имя, отличаясь своей исключительной любовью к детям. «Вы, дети, — трогательно говорил он впоследствии, будучи уже архиепископом Ярославским, при посещении одной из школ, — наша радость, наше счастье и наша печаль. Вы наше будущее. Мы сходим со сцены и передаем нажитое нами вам. Оглядываясь назад, мы видим свои ошибки. Дай вам Бог избежать их». (См.: Ярославские епархиальные ведомости, 1914, № 7.) 20 января 1888 года он назначается ректором Иркутской духовной семинарии, а 15 июля 1889 года появляется указ о бытии ему епископом Киренским, викарием Иркутской епархии. 10 сентября 1889 года происходит епископская хиротония. Вопреки обыкновению, эта хиротония происходит не в Петербурге, а здесь же, в Сибири, в монастыре под Иркутском. Хиротония совершена епископом Томским Макарием и местным иркутским владыкой. Вскоре епископ Агафангел назначается в Тобольск. Он остается в Сибири до 1903 года, когда переводится в Ригу. Здесь в 1906 году епископ зарекомендовал себя как либеральный и гуманный архипастырь: благодаря его стараниям была спасена большая группа молодых людей, приговоренных военно-полевым судом к смертной казни. После краткого пребывания затем на Виленской кафедре архиепископ Агафангел указом от 2 января 1914 года переводится в Ярославль на место архиепископа Тихона. «Вы любили его, прошу вас и меня принять в любовь свою», — такими словами начал свою деятельность в Ярославле новый владыка». (Ярославские епархиальные ведомости, 1914, № 3, с.139.) Владыка Агафангел действительно пользовался любовью духовенства и мирян Ярославской епархии, которой он правил в течение долгих лет, сначала в сане архиепископа, а с 1918 года в сане митрополита.
Получив известие о назначении его заместителем патриарха, митрополит Агафангел занял (на первый взгляд) странную позицию: не приезжая в Москву и оставаясь в Ярославле, он в течение целого месяца не подавал о себе никаких вестей. Когда в первые дни раскола в Ярославль
приехал В.Д.Красницкий, владыка дал ему уклончивый, ни к чему не обязывающий ответ. Так же уклончиво отвечал он и другим живоцерковникам, которые к нему обращались. В этом отношении интересен разговор, который имел с ним ярославский протоиерей П.Н.Красотин, также примкнувший к «Живой Церкви» (впоследствии крупный обновленческий деятель), в присутствии епископа Ростовского Иосифа (Петровых).
«— Правда ли, что вы назначены местоблюстителем патриаршего престола? — спросил я митрополита Агафангела.
— Да, — и показал патриарший указ.
— Каким образом вы станете управлять церковью, когда в Москве учреждено ВЦУ?
Агафангел стал уверять, что там собрались неведомые ему лица, которые через месяц отбудут на свои места, и он с честью займет их место.
— Ваше Высокопреосвященство! Вы как будто живете́на другой планете: ужели вы не знаете, как страдает Церковь, и откладываете свой отъезд на месяц?
— Я поеду в Москву через неделю, когда устрою здешние дела.
— Какие дела? Ведь у вас на этот счет есть викарии, могущие управлять в ваше отсутствие.
— Вы, о. Красотин, очень горячи, через месяц я торжественно приеду туда.
— А если случится что-нибудь недоброе?
— Ничего не случится.
— Не следует ли передать управление церковью старейшему епископу, раз вы не можете управлять ею?
— На это патриарх не уполномочил меня, и я не знаю, кто — старейший.
— Оставьте себе на всякий случай преемника.
— Вы беспокоитесь за церковь больше меня, а учить вам меня не следует. Вы предатель церкви».
(Вестник Священного Синода, 1925, 25 января, № 1, с. 1–2.)
Поведение митрополита Агафангела действительно является совершенно необъяснимым, если не знать одной детали: в течение месяца велись секретные переговоры между Е.А.Тучковым и митрополитом Агафангелом. Е.А.Тучков, которого ВЦУ считало своей главной опорой, в переговорах с митрополитом выражал желание как можно скорее отделаться от этого несолидного учреждения и поддержать Агафангела. Однако и от Агафангела ожидался ряд уступок; он должен был заявить об отходе от политической линии патриарха Тихона. После месячных переговоров, видя, что дело не сходит с мертвой точки, митрополит Агафангел неожиданно обратился к русской церкви с воззванием, отпечатанным в какой-то подпольной типографии и очень быстро разошедшимся по Москве и по другим городам.
«ПОСЛАНИЕ
Заместителя Святейшего Патриарха Московского и всея Руси,
Митрополита Ярославского Агафангела
к архипастырям и всем чадам Православной Русской Церкви.
Благодать Вам и мир от Бога и Отца нашего и Господа Иисуса Христа.