B 1563 г. Сигизмунд Август отменил, по ходатайству протестантов, старое Городельское запрещение — занимать высшие должности не католикам. И в сенате (Раде) у протестантов получилось большинство. Но на сейме все-таки большинство оставалось за католиками. По смерти Сигизмунда Августа в 1572 г., при бездетности его, пришлось бороться за нового, удобного для протестантов короля. На конвокационном съезде в Варшаве (1573 г.) по вопросу, где и когда избирать короля, протестанты заявили, что они не будут избирать, пока не будет обеспечена свобода совести. Они вынудили внести это условие в текст присяги будущего короля. Между прочим, а числе кандидатов на польский престол на этот раз фигурировало и имя Ивана IV Грозного Московского. За него была значительная православная партия. Но эта кандидатура, при неизменности вероисповедания, была, конечно, на деле только выборным приемом для внесения в конституцию формулы свободы совести. Победила кандидатура брата французского короля. Это был Генрих Анжуйский, яркий католик и участник Варфоломеевской ночи. И все-таки и он должен был присягнуть (1574 г.) началу свободы совести. Акт этой присяги в дальнейших столетиях все время цитировался как опорный пункт всеми диссидентами Польши, при защите их религиозной свободы и их гражданского равенства.
Генрих через несколько месяцев покинул Польшу. Умер его брат, король Франции, и Генрих занял его место с именем Генриха III. На новых выборах выдвинулся в польские короли венгерский румын, воевода трансильванский Стефан Баторий (1574-1586 гг.). Выборные слухи представляли его протестантом. На самом деле он был католик, хотя и толерантного настроения. Как поклонник просвещения, он дорожил просветительной активностью иезуитов. Преуспевая в победоносном расширении границ Польши, Стефан Баторий высоко ценил школьную силу иезуитов ради полонизации вновь завоеванных областей По отнятии в 1579 г. Полоцка от русских и в 1582 г. Риги от немцев, Стефан немедленно открыл там иезуитские коллегии, как он говорил, для смягчения грубых нравов в этих местах. Виленскую коллегию в 1573 г. Стефан преобразовал в Академию (Университет), даровав ей право на раздачу ученых степеней бакалавров, магистров и докторов «свободных наук» (artium libеralium), философии и богословия. B следующем же 1579 г. он сравнял Виленскую Академию с Краковской. Коллегии размножались и по другим городам Литвы и Руси, даже в Холмщине и Галичине. B школах учились наряду с католиками и протестанты и русские православные, ибо школа была бесплатной (!). Науки преподавались светские. Вероисповедание не задевалось. Поэтому резкого протеста против этих школ и не могло раздаваться со стороны православных. Когда появился на Литве из Москвы князь Андрей Курбский, он должен был ради интересов просвещения отнестись к этому весьма терпимо. Княгиня Чарторыйская письменно сообщала Курбскому, что ее сын, воспитываемый в страхе Божием и в «правоверии праотеческом» и имеющий интерес к свешенному писанию, просится для продолжения своего образования в Вильну к иезуитам. Курбский отвечает: «намерение твое похвально. Но не хочу от тебя утаить, что многие родители, как княжеских родов, так и шляхетских и честных граждан, отдали было туда своих детей для обучения свободным наукам. A иезуиты, еще не науча их, едва не всех, в их неразумном возрасте, своими хитрыми внушениями отлучили от правоверия и перекрестили в свое полуверие. Например, сыновей князя Крошинского и других. Потому многие отцы опять отобрали от них своих детей. Иезуиты ненавистники и великие противники нашему правоверию. И называют четырех патриархов восточной церкви схизматиками, т. е. раскольниками, между тем как сами-то они и суть настоящие схизматики с их папой и со всеми кардиналами».
Тип иезуитских школ для нас интересен еще и в том отношении, что после некоторого православного сопротивления их типу и традициям, как раз на их родине в Литве, в XVII в. в Киеве и через Киев на Москве их тип стал прототипом всего строя русской духовной школы, которая почти до третьей четверти XIX в. продолжала с запозданием их копировать.
Образование было схоластическое, т. е. формальное: язык и логика. Это — длительная пропедевтика к богословской науке, которая для подавляющего большинства так и оставалась недостигнутой. Без конца изучалась латинская грамматика и стилистика, называвшаяся риторикой. Научались читать, говорить и писать по-латыни прозой и даже стихами, скверными конечно. Математики было мало. Истории не было совсем. Но изучалась так наз. «еruditiо», т. е. хрестоматия литературной всякой всячины для уснащения ораторских речей и проповедей.