Со вступлением на престол Екатерины II иерархи-великорусы, готовые принять секуляризацию недвижимой церковной собственности, справедливо рассчитывали получить за свою готовность к этой реформе серьезную компенсацию из казенного бюджета на переустройство, в частности, и духовных школ. Рукой светских секуляризаторов в инструкцию Комиссии о церковных имениях 1762 г. вписана от имени Екатерины II беспощадная характеристика тогдашнего состояния духовных училищ: «Прошло 40 лет со времени появления их, но и по сие время архиерейские семинарии состоят в весьма малом числе достойных и надежных учеников, в худом учреждении для наук и в бедном содержании. Семинаристы нынешние обыкновенно в некоторых местах обучаются латинскому и греческому языкам от неискусных учителей, не знают иных учений, как только самые первые и школьные основания латинского языка: не обучаются ни наук философских и нравоучительных, не знают истории церковной, ни гражданской, ниже положение круга земного и мест, на которых в рассуждении других народов живут. Набираются они в семинарии от отцов и матерей большей частью неволею и содержатся без разбора».
Эта мрачная характеристика служила предисловием к последовавшему затем поручению особой комиссии при св. Синоде составить план преобразования духовных школ. Комиссию составили люди новой иерархической смены, из великороссов: Тверской епископ Гавриил (Петров), Псковский Иннокентий (Нечаев) и иеромонах Платон (Левшин). Комиссия, по-видимому, настроена была «великодержавно». Московскую Академию предположено освободить от сред нешкольных классов, свести только к высшему курсу дисциплин богословских и назвать Духовным Университетом. Киевскую оставить в прежнем виде. А средние школы-семинарии разделить на два разряда, на старшие семинарии — в СПБ, Новгороде, Ярославле и Казани, и на младшие семинарии во всех других епархиях. Последние и мыслились, как заурядные школы для приготовления заурядного приходского иерейства. Но так как и младшие семинарии посвящались дисциплинам церковным и общеобразовательным средне школьного уровня, то для прохождения начальной грамотности и в этом случае уже не только детьми Духовного сословия, но и всех других, предположено в каждой епархии, при 3-х 4-х монастырях, завести школы низшие, начальные с претенциозным названием «гимназий». Эти младшие школы уже мыслились не замкнуто сословными, а открытыми для всех и обслуживающими общегосударственные задачи народного просвещения вообще. Эта идея обслуживания просвещения народа вообще проводится в проекте и еще глубже, до конца. Ради систематического и всеохватывающего, просветительного влияния церкви на народную душу, в этот проект внесен тот замысел, который в конце ХIХ и начале ХХ вв. дал основание для политической борьбы против школ церковно-приходских и за монополию школ земских. Здесь наши екатерининские иерархи-великороссы проявили чуткость и прозорливость, опасаясь невыгодных последствий для христианизации души народной и петровского и екатерининского знамени «просвещенства». Они осознали, что низшая общенародная школа не должна уйти совсем в светские руки. Поэтому наши иерархи-великороссы спроектировали — приблизить начальную школу к деревенским низам народа, но материальные затраты на это, помимо труда учительства, целиком взять на средства церковные. Устроить эти народные школы предположили при благочиниях под ближайшим надзором благочинных. А высший надзор за всем школьным делом поручить одному из членов Синода. В изложенном проекте екатерининское правительство (в отличие от новой эпохи Александра III и Николая II) не усмотрело ничего себе враждебного, даже обрадовалось этому усердию духовенства — жертвенно посодействовать народному просвещению и поручило заново пересмотреть этот проект специально низших церковно-приходских школ.