Вместо свергнутого Иова, по указанию Лжедимитрия, на патриарший трон возведен был собором Рязанский архиепископ грек Игнатий. Прежде без оговорок считали Игнатия архиепископом с о. Кипра, учившимся в Риме и принявшим там унию. Но записки Арсения Элассонского (хотя естественно снисходительного к земляку) заставляют быть осторожнее в отрицательной характеристике Игнатия. По Арсению, он был не с Кипра, а с горы Афонской, и был там епископом соседнего города Эриссо. Он приехал в Москву на коронацию царя Федора, как представитель Александрийского патриарха. Здесь он остался и добился в 1605 г. Рязанской кафедры. Значит, подозрительные к латинству москвичи ничего латинского в нем не заметили. Но естественно, при Смуте он, как чужак, легко плыл по течению и приспособился к взявшему верх курсу — за Самозванца. Дух авантюры и выслуги толкал его вперед. Игнатий первый из архиереев в июне 1605 г. выехал в Тулу навстречу Самозванцу, признал его, принес присягу и привел к присяге других. Конечно, через это он стал приближенным лицом к новому властителю. Он вместе с Самозванцем парадно вступил в Москву, и ему, как патриарху, предносили посох и крест. Уже через четыре дня по вступлении (24.VІ.), по указу Лжедимитрия, собор епископов возвел Игнатия в патриархи. Без сомнения обидно было русским архиереям переживать такой удар по их самолюбию. После первого же своего патриарха сразу отдавать эту честь в чужие руки! Но они заслужили это испытание своим обывательским малодушием и пассивным приятием всякой власти вслед за народной массой, когда стадо ведет пастырей. Самолюбие и честь требуют борьбы, мужества и даже героизма. Но раз приняли нового царя-Самозванца, обязаны были слушаться его воли. Игнатия не посвящали в патриархи по русскому чину и понятию. Как грек, он этого не требовал, по обычаю своих восточных собратьев. Таким образом, по формально-легальным признакам Игнатий был в числе наших русских (десяти) патриархов «законным» патриархом, возвышая их число до 11-ти. Стыдясь этого факта, прежние историки русской церкви пропускали Игнатия и насчитывали только 10 патриархов.
От 30-го июня послано Игнатием по всей России окружное послание о вступлении на престол «прирожденного царя Дмитрия Ивановича» и о своем возведении на трон первосвятителя «по его царскому изволению». Указывалось петь молебны за нового государя и его мать, инокиню Марфу, «чтобы Бог возвысил их царскую десницу над латинством и над бесерменством». Между тем 3-го декабря, как значится в издании Т. Неinеr «Нistоriса Russiае Моnumеntа» Т. II, № 60, кардинал Боргезе извещал из Рима нунция Ронгони в Польше, что Игнатий готов на унию. Значит, под сурдинку шли какие-то темные переговоры..
Во исполнение своих политических обязательств, Лжедимитрий начал внешние реформы в духе сближения с Польшей. По польскому образцу Боярская Дума преобразована в Раду (Сенат). Все епископы объявлены сенаторами, «панами радцами». Мнимые кровные родственники Лжедимитрия милостиво вызволены из всех ссылок, заточений, помилованы и возвышены. Из ненависти к своему гонителю, Б. Годунову, все они приняли эти почести. Ослепительный демагогический аргумент в пользу Самозванца. Вернулись из ссылок двоюродные братья царя Федора Ивановича. В числе их будущий патриарх Филарет — Федор Никитич Юрьин и отец его Никита Романович, брат жены Грозного, царицы Анастасии. Федор Никитич был пострижен насильно в монашество под именем Филарета и заключен в Сийском монастыре близ Архангельска, где стал архимандритом. Ради возвышения Филарета по церковной линии, Самозванец прогнал на покой с Ростовской кафедры митрополита Кирилла и назначил на нее своего мнимого родственника. Филарет из ненависти к Годунову принял это назначение и посвящение от руки Игнатия.