Тем временем КПльский патриарх Феолипт был свергнут султаном, и на патриаршество был возвращен из ссылки, попавший туда по интригам Феолипта, прежний патриарх Иеремия II (Транос). Феолипт был человек недостойный, материалист и интриган. Когда Иеремия II вернулся, то патриархия была в разорении. По-видимому, за долги Феолипта Порта отобрала кафедральный патриарший храм Всеблаженной (Паммакаристы) для мечети и все патриаршие дома. Иеремии пришлось найти приют в доме валашских господарей. Там была устроена и патриаршая церковка. Иеремии пришлось думать, как восстановить разрушенный патриарший центр. Ему было не до русских дел. Да возможно, что при катастрофе разгрома патриархии и преемство дел ускользнуло от Иеремии, и в его руках не было никаких письменных документов из Москвы. Мог он слышать лишь на словах о делах, затеянных при Феолипте. Иеремия в несчастьи решил смирить свою КПльскую гордость и поехать с протянутой рукой в сказочную Москву, столь богатую и столь наивно чтившую восточных патриархов. И он первый из КПльских патриархов решается ехать в Русь. Но ничуть не смущается, что в Москве ждут срочного ответа на вопрос о патриаршестве. Он едет, так сказать, с «пустыми руками». Этого Москва никак не могла даже предположить, особенно после «обмана» Николая.
Поэтому, когда с дозволения султана Иеремия прибыл в Россию, проехал через Львов и Вильну и появился 24.VI. 1588 г. в Смоленске с большой свитой в 27 человек, в Москве были изумлены. Почему Иеремия, а не Феолипт, о котором знали? Москве известны были внезапные перемены на патриархии и могли думать, что мог явиться претендент на патриаршество сам по себе незаконный. Через Смоленского воеводу Иеремия шлет царю письмо с просьбой приехать в Москву за милостыней, а о патриаршестве ни слова! Для Москвы это было загадкой. Не ответить на ходатайство, (а ответ был обещан через грека Николая), и вдруг просить милостыню?
Воеводам и Смоленскому епископу Сильвестру дан был наказ: встретить патриарха со всем почетом, «как своего митрополита» (!) и в церкви чтобы было «чинно и людно». А почетному приставу, посылаемому сопровождать патриарха до Москвы, Семену Пушечникову, дается «память», чтобы тайно разузнал «у старцев и слуг»: действительный ли он патриарх и нет ли другого на его месте в КПле, и есть ли у него какие полномочия и от других патриархов? «Каким он обычаем едет к государю и о чем идет, и из Царя-города он ко государю со всех ли приговору патриархов поехал, и ото всех с ним патриархов ко государю есть какой приказ; и как он поехал из Царягорода, и хто во Царегороде ныне патриарх после его, на его место стал, и Феолиптос, которой преж тово был патриарх, куды ныне пошол, и вперед ему ли Иеремею быти в патриархех, как он назад приедет во Царьгород, или Феолиптосу»?
По-видимому, результат разведки вполне удовлетворил Москву, ибо дальше прием Иеремии шел со щедрой церемониальностью и пышностью.
В Смоленске патриарха и свиту чествовали очень торжественно и до Москвы довезли с обычными тремя почетными встречами на трех остановках. Старейшими членами свиты патриарха были: митр. Иерофей Монемвасийский и архиеп. Арсений Элассонский, оба оставившие нам мемуары. Арсений был учителем греческого языка во Львовской братской школе и пристал к Иеремии со Львова. Русская жизнь ему понравилась, и он решил здесь остаться.