Очутившись под пятой у Феофана, как лицо зависимое и гонимое, Болтин незаметно, как бы по долгу своей контрольной роли, спутался с партийно враждебной Феофану интригой Феодосия (Яновского). Тот затеял против Феофана задиристое дело о недочете сумм по Псковскому архиерейскому дому. Болтин назойливо не раз напоминал об этом деле в заседаниях Синода. Когда, наконец, Феофан добился у Екатерины ареста Феодосия по виновности политической, то и Болтин, как не исполнивший своего дозорного долга, посажен был в крепость. Вместе с указом 1725 г. о ссылке Феодосия подписан указ и о ссылке Болтина в Сибирь, пока с правом получения там какой-нибудь службы. Но Феофан доконал его. Приказал докопаться в архиве до разных формальных «упущений» Болтина, и тот вдогонку был лишен и этого права. Лишь через два года Болтин был прощен и сделан вице-губернатором в Сибири.
После Болтина об. прокурором был назначен лейб-гвардии капитан А. П. Баскаков. Контрольное положение его могло бы быть сильнее его предшественника. Специальная инструкция возложила на него регулярные доклады верховной власти о делах Синода. Но, увы, инстанцию верховной власти в этот момент заменял уже В. Т. С. И по-прежнему, довольно абсурдно Баскаков принужден был через Синод плакаться о неуплате ему жалованья. Синод по-прежнему пренебрегал протестами об. прокурора и даже направлял к нему свои «указы», напр., о возврате вещей, отобранных у арестованного Феодосия Яновского. Это почти анекдотично, что чиновники Синода отказывались вести деловой об. прокурорский журнал. Баскаков просил Синод дать экзекутору соответствующую инструкцию. Синод обсудил дело, составил справу и отослал ее об. прокурору «при указе», что экзекутор не нуждается в новой инструкции и что об. прокурорский журнал вообще «излишен». Нельзя было не оскорбиться таким положением и в 1726 г. Баскаков перепросился во второй Апартамент Синода чиновником по экономическим делам, а в Синод был назначен уже просто прокурор (ибо произошла общая перестройка Структуры власти) Раевский, служивший в Московском монастырском приказе. Характерна реакция Синода на эту перемену. Синод не обрадовался избавлению от контролера с высоким титулом, а обиделся. Конечно, за понижение в сравнении с Сенатом, где об. прокурор оставлен. Синод, выслушав указ, положил его в папку «нерешенных» дел, в надежде выхлопотать изменение закона. Баскаков, поэтому, уже сидя во втором Апартаменте, еще долго числился и об. прокурором Синода. Сидя в экономическом Апартаменте, он допекал Синод за различные, по его мнению, «излишние» сборы. Синод не сдавался, и Феофан (Прокопович) в царст. Анны добился смещения Баскакова, припутав его к делу митр-тов Георгия (Дашкова) и Игнатия (Смолы) с обидной мотивировкой в указе (2.ΧΙI.1730 г.): «Алексея Баскакова за оплошку против должности об. прокурорской вычесть у него из жалованья за четверть года и от об. прокуроров отставить». Так об. прокуроры летели как пух от одного дуновения Феофана.
Нового назначения на место Баскакова не было. Аннинский Сенат 1730 г. отменил самый орган ген. прокурорского надзора. Правительство перешло на Кабинетскую систему. Лишь по кончине Анны в 1740 г. Сенат вновь получил ген. прокурора в лице кн. Трубецкого. Трубецкой задумал не возвращать контролеру Синода звания об. прокурора, а дать только прокурора и даже испросил у Бирона назначения таковым ген. провиантмейстера, Н. С. Кречетникова. Не успел последний приехать из Москвы, как совершился переворот. Бирон свергнут. Наступило регентство Анны Леопольдовны. Все назначенцы Бирона уволены. Новому Кабинету Министров Сенат докладывал, что прокурорские обязанности можно было бы поручать старейшим членам Коллегий, в частности, в Синоде — «одной из первых духовных персон». Полная утрата первоначального смысла и роли Петровской обер-прокуратуры!
Синод просто начал жить без всякой об. прокуратуры. Это был лишь краткий миг. Воцарилась Елизавета.
«Бироновщина» в церкви