Вошедшему Арсению не дали сидячего места, как в свое время и патр. Никону на суде. Арсений выслушал приговор стоя, после чего синодский ризничий начал снимать с Арсения архиерейские одежды и знаки сана. При этом, как и Никон громил восточных патриархов, так и Арсений откровенно укорял своих собратий, предрекая прозорливо их судьбу. Предание говорит: «был неустрашим и отдавал архиереям клобук и прочее с выговором, весьма им досадительным, и всякому пророчески, как Сеченову так и другому Амвросию: «вот увидите как умрете». Еще накануне этого заседания Дмитрий (Сеченов) видел тяжелый сон. Ему явился иерарх, подобный Арсению, и на латинском языке произнес обвинительный приговор: «Как наши отцы, в числе которых есть и святые, жертвуя церкви разные земные стяжания, предавали проклятию похитителей этих стяжаний, так и я грешный и недостойный епископ церкви Христовой не моими устами, а устами моих отцов, тебе — похитителю церковных стяжаний возвещаю анафему и внезапную смерть». И когда разоблачали Арсения, он Дмитрию Сеченову действительно предсказал «ты задохнешься от своего собственного языка». Через четыре года (в 1767 г.) Дмитрий действительно скоропостижно скончался от апоплексического удара.
Гедеону (Криновскому) Псковскому Арсений сказал: «а ты не увидишь своей епархии». И молодой Гедеон (всего 36 лет) скоропостижно скончался по дороге, не доехав до Пскова. Земляка своего Амвросия (Зертис-Каменского), нередко гостившего у Арсения в Ростове, последний горько упрекнул: «ты же ядый хлеб со мной, возвеличил на мя запинание. И яко вол ножом зарезан будешь». Это и случилось в Москве при холерном бунте в 1771 г. Слабый и старый Тимофей (Щербацкий) Московский неудержимо плакал при этом.
Прямо из Крестовой палаты в монашеской одежде повезли Арсения в Ферапонтов монастырь — место заключения патр. Никона. Но вдогонку послан дополнительный указ везти еще севернее — в Карельский Никольский монастырь Архангельской округи, где скончался в ссылке и Феодосий Яновский.
Хозяйственному Арсению не запретили взять с собой келейника, повара и весь его московский скарб и посуду. Надзирателем над Арсением был назначен офицер Маврин. На пропитание Арсению назначено 50 коп. на день и дан приказ Екатериной — три дня в неделю водить его на черные работы. Маврин с удивлением рассказывал потом, как Арсений рубил дрова, таскал воду, подметал и мыл пол, «как святой», прибавлял он. Арсению позволено было ходить в церковь и по монастырю, но под караулом четырех солдат. Книги читать свои и монастырские — разрешено, но не дозволено иметь ни чернил, ни бумаги, ни писать, ни тем более вести корреспонденцию.
Екатерина, удовлетворенная своей «победой» над идейным врагом, не без торжества писала Вольтеру, кокетничая своим «демократизмом и антиклерикализмом»: «люди, подвластные церкви, страдая от жестоких нередко притеснений, к которым еще более способствовали частые перемещения их духовных особ, возмутились в конце царствования Елизаветы Петровны и, при моем вступлении на престол, их было более ста тысяч под ружьем. Вот почему я в 1762 году выполнила план совершенно изменить управление имениями духовенства и определить доходы лиц этого сословия. Арсений, епископ Ростовский, воспротивился тому, подстрекаемый некоторыми из своих собратий, которые заблагорассудили скрыть свои имена. Он отправил две записки, в которых старался провести нелепое начало двоевластия (разумеется, православная и византийская и древнерусская «симфония», сломанная Петром I). Он сделал уже эту попытку при императрице Елизавете. Тогда удовольствовались тем, что приказали ему молчать; но когда его дерзость еще усилилась, то он был судим митрополитом новгородским и всем синодом осужден, как фанатик, виновный в замысле противном, как православной вере, так и верховной власти, лишен сана и священства и предан в руки светского начальства. Я простила его и удовольствовалась тем, что перевела его в монашеское звание».