Заранее можно было сказать, что такой «героический» налог не сможет реализоваться, и программная высота школьных дисциплин не будет скоро достигнута, кроме редких исключений. Так оно и вышло. Вот что начертал в Духовном Регламенте Феофан.
Школа Феофанова по нынешней мерке — школа средняя, и даже по киевскому примеру средне высшая. Элементарная грамотность молчаливо предполагается уже пройденной, в цифирных ли школах, или где угодно. Вот содержание ступеней — годов — классов у Феофана: год I-й — грамматика, география, история; II — арифметика и геометрия; III — логика и диалектика; IV — риторика и пиитика; V — физика и метафизика; VI — политика. Метафизика может переноситься и в этот класс; VII—VIII классы посвящаются богословию. Языки преподаются все время: церковно-славянский, латинский, греческий и еврейский. Для воспитательных целей вводится система общежития «образом монастыря», Москве совершенно неизвестная. Ректор, префект, надзиратели и ученики живут вместе. Ученики по возможности отделяются от вольной домашней обстановки и редко видятся с родными. «От такового воспитания и учения можно воистину надеяться великой пользы отечеству».
Согласно программе Регламента начали открываться новые школы: целых две в Петербурге. Митр. Феодосий (Яновский) открыл семинарию в столичном Александро-Невском монастыре. Бывший в то время Псковским архиепископом Феофан Прокопович, но состоявший Постоянным членом Синода и по желанию Петра выстроивший себе деревянный дом в Петербурге на р. Карповке, там же построил деревянные корпуса и для семинарии. Эти две столичные семинарии, да к ним еще присоединилась в Нижнем Новгороде, были открыты первыми по программе Дух. Регламента. Но они также, как и другие архиерейские школы и до и после этого года, не были еще полными. Они вырастали по мере нахождения учителей и учеников. В 1722 г. открыты духовные школы в Твери, в Белгороде. В 1723 г. — в Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне. В 1724 г. в Рязани, в Вологде. Синод наблюдал за ними через свою Контору школ и типографий. С момента открытия этих семинарий, духовенство обязывалось отдавать в них своих детей вместо прежнего обязательства зачислять их в цифирные школы. И эти последние, поскольку они содержались архиереями, закрывались и сливались с новыми духовными школами. Всеобщая «школьная повинность» для детей духовенства подтверждена указом Синода (1723 г.), со ссылкой на «волю Государя», что родители за уклонение лишаются должностей, а дети записываются в подушный оклад.
Несмотря на грозные законы, новое духовно-школьное дело не находило сочувствия в самом духовенстве Великороссии. Оно казалось «чужим» делом не потому только, что сдано было практически как бы в монополию малороссиянам, но еще и преподносилось в оболочке латинского еретического языка. Трудно было великороссу преодолеть это инстинктивное оттолкновение от латыни, к которой малороссы уже давно привыкли. Детей духовенства свозили для школьного смотра в епархиальный город, полу-экзаменовали, разбирали по способностям. Но собрать всех не удалось. Их скрывали и родня и чужие. Агенты Монастырского Приказа разыскивали беглецов и привозили как арестантов в кандалах. Иные прикидывались дурачками. Зная этот прием обмана, в свое время проделанный Давидом, чтобы не попасться в руки филистимлян, Духовный Регламент предписывал подвергать этих дезертиров науки годичному испытанию. Само духовенство и монастыри саботировали положенные на содержание духовных школ сборы хлеба. Да и власть, учреждавшая школы, была бессильна снабдить их достаточным количеством учителей. Сам Синод, чувствуя свое бессилие, дозволил, чтобы не провалилось все дело, довольствоваться в новых духовных школах грамматикой, арифметикой и коротеньким катехизисом. Не до латыни, не до греческого языка! При таком почти стихийном пассивном сопротивлении неудивительно, что по смерти Петра Великого целый ряд этих зачаточных семинарий просто захирел и закрылся. На фоне этого инстинктивного бытового саботажа богословской школы великорусским духовенством неудивительно, что в послепетровское безвременье особым школьно-богословским активизмом отличались одни только иерархи-малороссы. Еп. Гавриил (Бужинский) восстановил захиревшую семинарию в Рязани, еп. Гедеон (Вишневский) — в Смоленске. Иркутские епископы — Иннокентий (Кульчицкий — канонизованный) и Иннокентий (Нерунович) открыли школы у себя в далекой Сибири. В Пскове в 1725 г. открыл духовную школу еп. Рафаил (Заборовский). В Харькове еп. Епифаний Тихорский в 1726 г. открыл коллегиум, потом блестяще развившийся.