4. Но более всего фанариоты нуждались в поддержке Церкви для воплощения в жизнь своих политических целей. Они мотивировались в первую очередь так называемой "
Цена, заплаченная Константинопольским патриархатом за свое подчинение фанариотам, оказалась высокой. Прежде всего это значило, что Церковь все больше и больше служила интересам греческого народа, а не всего Православия. Договор, заключенный между Мехмедом-Завоевателем и патриархом Геннадием, поместил всех православных в Оттоманской империи под власть патриархата, который, естественно, являлся греческим. Но первые века после завоевания патриархи помнили о своих вселенских обязанностях. Автокефалии патриархатов Сербии и Болгарии были отменены, когда оба царства завоевали турки, но обе Церкви продолжали сохранять определенную автономию под митрополитами (временами – номинальными патриархами) в Пече и Охриде. Они сохранили славянское богослужение, местное священство и епископат. Это более не устраивало фанариотов.
С церквами Валахии и Молдавии разобраться было довольно легко, так как все ключевые позиции в них уже давно занимали греки, да и в самих церквах было сильное неприятие средневековой гегемонии Сербии. Фанариотские правители не подавляли румынского богослужения и даже, наоборот, поощряли переход на румынский со славянского. Высшая иерархия Румынской Церкви была достаточно эллинизирована, и это фанариоты считали достаточным.
Однако болгары и сербы далеко не были так послушны. Они совершенно не стремились к эллинизации, и протестовали как могли против назначения греческих митрополитов. Им удалось добиться восстановления Сербского патриархата в Пече, который просуществовал с 1557 по 1755 г. Фанариоты, стремившиеся к более тесному контролю над балканскими церковными структурами, начали закручивать гайки. В 1766 г. была отменена автономная Печская митрополия, а в 1767-м – митрополия Охридская. Сербская и Болгарская Церкви были помещены под начало назначаемых патриархом экзархов, которые, в свою очередь, правдами и неправдами ставили греческих иерархов на все балканские кафедры.
Негодование сербов и болгар росло. Сербы получили религиозную автономию в начале XIX в. вместе с обретением политической автономии от турок. Болгары смогли освободиться от греческого церковного правления лишь в 1870 г. Своей политикой фанариоты добились лишь обратных результатов: греков стали ненавидеть все населявшие Балканы народы, и когда греки восстали против турок с требованием независимости, их не поддержали ни сербы, ни болгары; даже румыны предпочли остаться в стороне. Никто из балканских народов не желал сменить турецкое политическое иго на греческое, тем более что все они уже испытали на себе, что значит религиозное правление греков.
Лишь Черногорская Церковь смогла сохранить свою независимость. Туркам не удалось покорить это небольшое горное княжество. Оно управлялось наследственной династией воинственных князей-епископов, в которой племянники наследовали дядям. В 1799 г. султан Селим III признал князя-епископа Петра I Петровича Негоша независимым правителем; с тех пор Фанар даровал Черногории полную религиозную автономию.