И. Мюллер читал лекции по самым разнообразным дисциплинам: — энциклопедия и методология медицины, общая и сравнительная анатомия, патологическая анатомия, физиология, глазные болезни, гельминтология. Но в первой половине его жизни преобладал все же интерес к физиологии, и именно в этой области он работал с особым увлечением. Изучая физиологию глаза, Мюллер не ограничился только человеком; он исследовал и сложные фасеточные глаза насекомых, развил теорию мозаичного зрения, и его работа «К сравнительной физиологии зрения» была всеобъемлющей, действительно «сравнительной физиологией». Одновременно ему удалось установить специфичность восприятия раздражений, т. е. свойство каждого органа отвечать на разного рода раздражения только одним присущим ему ощущением: при любом раздражении в глазу возникают только световые ощущения, те же раздражения вызовут в ухе ощущения слуховые и т. д.
Во второй половине своей жизни И. Мюллер увлекся сравнительной анатомией. Физиолог, он был и анатомом, сравнительным анатомом, зоологом, эмбриологом; совершил 19 поездок на различные европейские моря, собирая материал для своих работ, и в его активе около 200 научных трудов. Тут и сравнительная анатомия миксин, эмбриология и метаморфоз иглокожих, систематика рыб, амфибий, птиц, иглокожих (ср. стр. 233
), радиолярий, исследование по симпатической нервной системе беспозвоночных; тут и работы по ископаемым иглокожим и рыбам, монография об анализе крови и лимфы, двухтомный учебник физиологии человека и многое другое. Прожив всего 57 лет, И. Мюллер сделал столько, что этого с избытком хватило бы на куда более долгую жизнь десятка рядовых ученых.Среди простейших И. Мюллер установил группу радиолярий (отнеся к ней, правда, и солнечников), ввел ряд уточнений в систематике простейших вообще. Своими детальными исследованиями по анатомии он оказал огромное влияние на развитие морфологии, и многие считают его вместе с Оуэном основателями современной сравнительной анатомии. Рефлекторные движения, механика ощущений, голос и слух были разработаны им с новых точек зрения.
Рудольфи уберег И. Мюллера от натурфилософии, но уберечь его от витализма он не смог. И. Мюллер — виталист и сторонник старого виталистического эпигенеза, с его учением о силах, создающих организм из бесструктурной органической материи, в чем он мало отличается от Каспара Вольфа. И он — последний крупный представитель этого «старого эпигенеза». Свои взгляды виталиста и эпигенетика-виталиста Мюллер развил в учебнике физиологии человека. Как физиолог он, понятно, уделял в процессах формообразования главное внимание органическому целому особи, следуя в этом Канту и утверждая, что «организмы представляют из себя органическое единство, сложенное из неодинаковых органов, имеющих в целом основание своего существования». Бластема — вот что служит исходным материалом для создания организма. Она мягка и студениста, однообразна и отчасти состоит из зернышек, превращающихся позже в клетки и ядра клеток. Из нее, благодаря целесообразно действующей при развитии, «творческой силе», и создается вся сложность готового организма. «В этом многообразии творений, в этой закономерности естественных классов, семейств и порядков и видов обнаруживается общая, обусловливающая жизнь на всей земле творческая сила».
Взгляды И. Мюллера не могли не отразиться и на части его учеников. А учеников у него было много: слава Мюллера гремела по Европе, и в его лабораторию стремились попасть все, серьезно интересовавшиеся работой в области физиологии, морфологии, анатомии и даже описательной зоологии. В числе его учеников значатся Вирхов, Шванн, Кёллликер, Дюбуа-Реймон и даже сам Гельмгольц, не говоря уже про Геккеля, влюбленного в «учителя» до конца своих (не его) дней.
С Дарвином
«Единый план» отживал свое время, «теория типов» хотя и держалась, но претерпела такие изменения (хотя бы в форме удвоения числа типов), что по существу уцелело только название. Клеточная теория явилась новым объединяющим моментом, но не дала систематикам надлежащей опоры. Никто не мог понять, что изучение животного и растительного мира, взятых отдельно от жизни Земли в целом, не может вывести науку из тупика. Сколько бы фактов ни накопилось, они не объяснят того, как произошли животные и растения, как они развивались. Не зная этого, нельзя дать естественную систему, система же — главнейшее обобщение описательной зоологии.
История Земли объяснялась теорией катастроф Кювье. И пока эта теория существовала, зоологическая и ботаническая системы не могли быть иными, чем какими они были. В середине XIX в. предлагалось немало систем и классификаций, и все они примерно одинаковы, все неудачны, и перечислять их нет смысла. Удачи не могло быть: основы для построения системы не было.