В зоне боевых действий в Нагорном Карабахе армейская авиация (вертолеты) также подчинялась командиру 2-го армейского корпуса Сурету Гусейнову. Штаб 2-го АК (в зоне ответственности которого был весь фронт в Карабахе) определял направления, на которых применялись вертолеты. Многие вопросы материально-технического обеспечения или снабжения боеприпасами вертолетов в зоне боевых действий также решались Суретом Гусейновым.
При уходе российских войск на аэродроме в Кюрдамире был брошен неисправный Су-24. При помощи перешедшего на службу в Азербайджанскую армию военного летчика подполковника Сергея Муртазалиева (ранее служил в 976-м авиаполке в Кюрдамире) были начаты работы по ремонту Су-24. Суретом Гусейновым была организована доставка с Тбилисского авиазавода запчастей, и после ремонта где-то с конца июля Су-24 начал боевые вылеты под управлением Сергея Муртазалиева. С середины июня 1992 г. Балахан Гахраманов и Константин Вирцев начали совершать боевые вылеты на МиГ-21. Боевые вылеты совершались с военного аэродрома в г. Кюрдамир.
Главным источником запчастей для самолетов стала каннибализация однотипных аппаратов. Поддерживать боеготовность помогала и сравнительная простота самолетов 1960–1970-х гг. Самостоятельное производство некоторых запчастей для них было освоено на некоторых предприятиях в Азербайджане. Базовый ремонт и обслуживание были освоены на Насосненском авиаремонтном заводе.
Так как полученные МиГ-25 были в основном модификаций ПДС или П и не были приспособлены для бомбардировок, были проведены работы по их небольшой переделке. За один вылет Миг-25 мог взять с собой шесть авиабомб общим весом до 3 т. Правда, при бомбометании выпускались сразу все шесть бомб. Боевые самолёты азербайджанских ВВС чаще всего применяли фугасные бомбы ФАБ-250 и осколочно-фугасные ОФАБ-250–270. Для ударов по крупным или укрепленным объектам использовались авиабомбы ФАБ-500. Периодически использовались объемно-детонирующие авиабомбы калибром 500 кг. Также армянской стороной заявлялось об использовании разовых бомбовых кассет с осколочными боевыми элементами калибром 250 и 500 кг (скорее всего речь идет об РБК-250 АО 2,5 СЧ и РБК-500 АО 2,5 РТМ). Массово использовались неуправляемые ракеты (НАР) типа С-5 или С-8 разных исполнений. Первое время летчики использовали пушечный огонь весьма часто. Так как со временем противодействие ПВО противника стало более ощутимым, пушка утратила значение – ее использование требовало малых высот.
Наиболее распространенным оружием вертолетчиков стали неуправляемые ракеты – их невысокая точность с лихвой компенсировалась количеством. Чаще всего применялись 80 мм ракеты С-8. Также использовались ПТУР «Штурм-В» (ракеты 9М-114), пушка калибра 30 мм. Для борьбы с ПВО противника боевые вертолеты Ми-24П были оснащены системой отстрела ловушек и станцией оптико-электронных помех «Липа».
Авиационные боеприпасы использовались со складов боеприпасов бывшей Советской армии, которые находились на территории Азербайджана и после вывода воинских частей летом 1992 г. были переданы Министерству обороны Азербайджана. Это позволило в целом решить вопрос с обеспечением боевых самолетов и вертолетов необходимыми боеприпасами.
Один МиГ-25РБ стали использовать в качестве разведчика. Он использовался для аэрофотосъемки территории Нагорного Карабаха. На нем летал Александр Плеша. После разведывательных полетов над территорией Карабаха сделанные фотографии проявлялись в специальной лаборатории на территории аэродрома в пос. Далляр. Затем данные фоторазведки использовались в определении целей для авиационных ударов.
Так как пилотов и боеготовых самолетов было мало, для обеспечения интенсивности авиационных ударов один пилот на одном самолете совершал до четырех – шести боевых вылетов в сутки. С июля 1992 г. по июнь 1993 г. первым командующим ВВС Азербайджана был полковник Кравцов Владимир Иванович.
Боевые вылеты осуществляли в основном самолеты Су-24МР и МиГ-25РБ (разведчик-бомбардировщик), в то время как МИГ-25ПДС вылетали в основном как отвлекающая группа. После приобретения МиГ-21 и Су-25 основные боевые вылеты совершали эти самолеты. Использовались как групповые вылеты, так и удары одиночными самолетами с использованием только неуправляемого оружия по заранее заданным целям. В основном самолёты и вертолеты работали парами.