В начале 1992 г. им был создан знаменитый Гянджинский батальон, командиром которого стал он. Гянджинский батальон под командованием старшего лейтенанта Мехмана Алекперова принял участие в марте – апреле 1992 г. в боевых действиях в Тертерском районе, в частности в боях у села Маргушеван. В этот период Мехманом Алекперовым была разработана и проведена операция по захвату Торпаг-тяпя, а также у Гызыл-Гаи, в ходе которой был окружен и уничтожен отряд противника под командованием Абрамяна. За личное мужество и героизм, проявленные в ходе этих боев, Мехман Алекперов был представлен к званию «Национальный герой Азербайджана», но это звание ему так и не было присвоено. За удачные операции Мехман Алекперов был назначен комендантом Тертера с присвоением звания капитана.
В мае 1992 г. во время боев за село Садарак в Нахичевани он отправил 20 своих бойцов в Нахичевань для участия в обороне села Садарак. Этот отряд отличился в боях за Садарак. За стойкость и мужество при обороне Садарака Гейдар Алиев объявил благодарность бойцам этого отряда, а одному из бойцов подарил свои наручные часы.
В начале июня 1992 г. Гянджинский батальон под командованием Мехмана Алекперова вступил в состав 123-го полка как отдельный мотострелковый батальон (далее ОМСБ). В июне 1992 г. батальон под командованием Мехмана Алекперова принимал участие в наступлении в Агдеринском районе. Совместно с другими подразделениями им были освобождены села Юхары Чайлы, Ашагы Чайлы, Левонарх и Гасанкая.
28–29 июня 1992 г. у села Гасанкая бойцами отдельного мотострелкового батальона 123-го полка под командованием Мехмана Алекперова была проведена одна из самых известных операций, когда был уничтожен крупный отряд армянских войск, в состав которого входили и бойцы отряда «Арабо».
28 июня в районе с. Гасанкая группа армянских солдат численностью примерно 76 бойцов, состоявшая из бойцов «Арабо» (21 чел.), «Зейтун» (семь чел.), «Октемберянская» рота (29 чел.) и Мардакертской роты (19 чел.), вклинилась в рубежи перехода в наступление 4-го мотострелкового батальона 123-го полка с целью контратаки и залегла в овраге в ожидании ночи. Данным армянским отрядом командовали Алик Петросян и Артюша Арутюнян, бывшие командирами «Октемберянской» роты. 28 июня 1992 г. разведгруппой ОМСБ (Гянджинского батальона) под командованием Вагифа Гамидова около села Гасанкая был обнаружена данная группа армянских войск. Вагиф Гамидов по радиосвязи сообщил об этом командиру батальона Мехману Алекперову. Командиром батальона Мехманом Алекперовым было принято решение провести операцию по окружению и уничтожению этого отряда. В ночь с 28 на 29 июня 1992 г. силами батальона под командованием Мехмана Алекперова была закончена операция по окружению противника. Под утро 29 июня 1992 г. началась операция по уничтожению попавших в окружение сил противника. В ходе беспощадного боя данная группа армянских солдат была почти полностью уничтожена. Уничтожение бойцов отрядов «Арабо» и «Зейтун» ОМСБ 123-го полка под командованием Мехмана Алекперова стало справедливым возмездием за зверства этих отрядов в отношении мирного азербайджанского населения.
В августе 1992 г. батальон под командованием Мехмана Алекперова принимал участие в освобождении сел Касапет, Дрмбон и Атерк Агдеринского района, после чего занимал оборону на направлении села Ванк.
Надо отметить, что Мехман Алекперов лично принимал участие в боях, неоднократно лично вел свой батальон в бой и за время боевых действий весной – летом 1992 г. получил 28 пулевых и осколочных ранений. За мужество и героизм при боях в Агдеринском районе Мехман Алекперов был во второй раз представлен к званию «Национальный герой Азербайджана», но вновь не получил это звание.
В конце сентября 1992 г. ОМСБ 123-го полка под командованием Мехмана Алекперова был выведен на полигон «Сейфаллы» для доукомплектования и боевой подготовки. Сам Мехман Алекперов обратился с рапортом на имя командира корпуса Сурета Гусейнова с просьбой освободить его временно от обязанностей командира для прохождения лечения. Во время лечения Мехман Алекперов активно помогал семьям шахидов и раненым. На время его лечения командиром батальона стал Бахадур Зейналов. Но, несмотря на свое лечение, Мехман продолжал принимать активное участие в жизни своего батальона, помощи семьям шахидов и раненых и подготовке новобранцев.
Его батальон принимал участие в боях в Агдеринском районе в январе – феврале 1993 г. 27 марта 1993 г. 123-й полк был расформирован. Однако через несколько дней, в начале апреля, после оккупации армянами Кельбаджара правительство НФА вновь обратилось к Сурету Гусейнову с просьбой о помощи. Сурет Гусейнов обратился с призывом к бывшим бойцам 123-го полка и всем патриотам вновь встать на защиту родины. Мехман Алекперов одним из первых откликнулся на этот призыв и вместе с бойцами бывшего Гянджинского батальона вступил во вновь созданную 709-ю бригаду. Под командованием Мехмана Алекперова было создан 4-й МСБ 709-й бригады, которая принимала участие в боях за Муровдагский хребет.