После дискуссии 1950 г. в советском языкознании на первых порах в качестве основного метода лингвистического исследования был принят сравнительно-исторический метод, подвергавшийся ранее, в 30—40-е годы, гонениям со стороны марристов. Обращение вновь к этому методу, однако, не было результатом всестороннего обсуждения его научных достоинств (также сопоставительно с другими методами), но обычно подкреплялось простой ссылкой на соответствующее высказывание Сталина в работе «Марксизм и вопросы языкознания»: «Н. Я. Марр крикливо шельмует сравнительно-исторический метод как «идеалистический». А между тем нужно сказать, что сравнительно-исторический метод, несмотря на его серьезные недостатки, все же лучше, чем действительно идеалистический четырехэлементный анализ Н. Я. Марра, ибо первый толкает к работе, к изучению языков, а второй толкает лишь к тому, чтобы лежать на печке и гадать на кофейной гуще вокруг пресловутых четырех элементов». В соответствии с этой цитатой главным критерием, на основании которого устанавливается метод для советского материалистического языкознания, является его характеристика как лучшего, чем четырехэлементный анализ Н. Я. Марра, и то, что он «толкает к работе, к изучению языков». Легко увидеть, что под эти критерии может подойти очень широкий круг методов, например ареальный или структуральный. Ведь они, конечно, тоже толкают к работе, к изучению языков. Но можно ли только на основе этого довода решать, что именно они являются теми исследовательскими методами, на которые полностью должно опираться советское языкознание?
Если же оценивать сравнительно-исторический метод по существу, то также неизбежно возникает ряд весьма существенных сомнений. Помимо тех объективных его недостатков, которые обычно приводятся, сопровождаясь оговорками о необходимости его совершенствования у него наличествует много и других. Нельзя, например, не признать вескости упреков, которые в последнее время делаются в его адрес зарубежными лингвистами. Так, представитель неолингвистического направления Дж. Бонфанте заявляет, что младограмматическое языкознание, основывающееся на классическом сравнительно-историческом методе, — это языкознание в пустоте, совершенно абстрактное, вне всякой связи с реальной историей народа, это языкознание упрощенных и «закономерных» (регулярных) схем, рассматривающее всякое исключение из этих схем как еще не объясненную регулярность, языкознание, исследующее языковые факты и явления в изоляции от системы языка и допускающее сравнение изолированных явлений в разных языках без учета географических и хронологических факторов и т. д.[96].
Следует при этом отметить, что формулирование таким образом недостатков сравнительно-исторического метода отнюдь не является производным от идеалистической позиции Бонфанте. В своем полемическом выступлении он лишь суммирует высказывания многих языковедов разных направлений, и эти критические высказывания вновь повторяются в наши дни (в том числе и в советской лингвистике) при противопоставлении «традиционных» и новейших (структуральных, математических) методов.
Не случайно и то обстоятельство, что сравнительно-исторический метод применяется главным образом в фонетике и морфологии, а в синтаксисе и лексикологии, где, в частности, особенно отчетливо проявляются связи языка с историей, его применение встречается с такими трудностями, которые до настоящего времени остаются непреодолимыми. В этих последних областях с помощью тех приемов, которыми восстанавливаются утраченные языковые факты в истории языков, не удается достичь сколько-нибудь реальных результатов, и только обращение к структуральным методам исследования языка обеспечивает известные успехи в этом направлении.