С восточного берега Днепра восстание перекинулось в центральную Украину, к Киеву, а затем и в западную Украину, на Волынь и Подолию. Боясь оставаться в деревнях и местечках, евреи убегали в укрепленные города и попадали там в ловушку. В городе Баре, в Подолии, было шестьсот еврейских семей, и туда же из окрестных мест сбежались еще многие. Несмотря на отчаянное совместное сопротивление поляков и евреев, казаки сделали подкоп, взяли город, и атаман Кривонос "со всех жидов живьем шкуры посдирал". А в южнорусской летописи об этом сказано более конкретно: "Кривонос, Хмельницкого советник, у Батурина (то есть в Баре) ляхов да жидов больше пятнадцати тысяч выколол".
В городе Полонном, на Волыни, около двенадцати тысяч евреев укрылись за стенами города и вместе с поляками защищались двое суток. Но из-за измены панских слуг, украинских гайдуков, казаки ворвались в город и истребили там около десяти тысяч евреев: кровь лилась потоками через окна домов. Известный кабалист рабби Шимшон и с ним еще триста евреев вошли в синагогу, надели на себя саваны и с молитвой встретили смерть. Спасшихся от резни татары увели в плен.
В Остроге, городе на Волыни, казаки убили в первый свой набег шестьсот евреев. На следующий год, когда евреи вернулись в город и начали заново отстраивать свои жилища, казаки напали еще раз и убили оставшихся - триста человек. Спаслись только трое. Колодцы были наполнены убитыми младенцами. Большую синагогу превратили в конюшню. Еврейские дома разрушили до основания: казаки искали сокровища, будто бы закопанные в подвалах. Еще в начале двадцатого века возвышались на окраине города четыре холма: по преданию - места общего захоронения евреев тех времен.
В Заславле, городе на Волыни, осталось около двухсот евреев, больных и стариков, которые не смогли убежать. Они попросили, чтобы их убили на еврейском кладбище, что казаки и сделали. Всех загнали в кладбищенский дом, убили, дом затем сожгли, а синагогу разгромили и превратили в конюшню. В Погребище, местечке Киевского воеводства, вырезали "всех евреев, стариков, молодых, женщин и детей, всех, находившихся в нашем старом храме Божьем, в тот момент, когда происходило венчание молодой пары".
В Немирове, городе на Подолии, шесть тысяч евреев спрятались за крепостными стенами. 20 июня 1648 года казаки во главе с атаманом Ганей подступили к городу с польским флагом, чтобы обмануть защитников. Перед ними открыли ворота, казаки ворвались в город, и резня там была одной из самых ужасных в страшные дни хмельнитчины. Женщин насиловали, детей живьем кидали в колодцы, пытавшихся переплыть реку и спастись убивали в воде, которая на большом протяжении окрасилась кровью. Немировского раввина Иехиэля-Михеля нашли на кладбище и убили дубиной: сначала раввина, а затем и его старуху-мать. Казаки отбирали себе молодых евреек, крестили их насильно и брали в жены. Одна девушка попросила устроить венчание в церкви за рекой, и когда свадебная процессия двигалась по мосту, она бросилась в воду и утонула. Другая девушка уверила казака-жениха, что она умеет заговаривать пули, и уговорила выстрелить в нее, чтобы убедиться, что пуля не причинит ей вреда; таким образом она избавилась от крещения и от насильственной женитьбы.
В городе Тульчине Брацлавского воеводства шестьсот польских солдат и полторы тысячи евреев заперлись в укрепленной крепости. Поляки и евреи дали друг другу клятву отстоять город и не вступать в переговоры с казаками. Вместе с солдатами евреи стреляли с городской стены и даже бросались в атаку, преследуя врага. И тогда казаки, убедившись, что они не могут взять город, обещали полякам пощадить их, если те выдадут им деньги и имущество евреев. Евреи, узнав о предательстве, хотели перебить поляков, но глава местной иешивы рабби Аарон удержал их от этого, чтобы не навлечь на евреев ненависть всего польского народа. "Лучше погибнем, - говорил он, - как погибли наши немировские братья, но не подвергнем опасности наших братьев во всех местах их рассеяния". Войдя в город, казаки сначала забрали имущество евреев, а затем загнали их в сад, поставили знамя и объявили: "Кто хочет принять крещение, пусть станет под это знамя и останется жив!" Никто не согласился на измену, и казаки перерезали полторы тысячи человек, оставив в живых только десять раввинов - для выкупа. После этого они заявили полякам: "Как вы поступили с евреями, так и мы с вами поступим". И перерезали всех. С этого момента, говорит еврейский летописец, поляки уже держались союза с евреями, временными братьями по страданию, и не изменяли им.