XIII столетие оказывается временем интеллектуальной реакции. Аристотель был осужден церковью уже в начале столетия. В 1210 году церковь запретила в Париже его «Философию природы» и в 1214 году еще естественнонаучные и метафизические тексты. Первые уставы, которые издавались в 1215 году формирующейся парижской Alma mater, были однозначные: «Мы предписываем, что ни секретно, ни публично книги и комментарии «Философии природы» Аристотеля должны не читаться, а извлекаться под угрозой наказания». (R. Mueller, Geschichte des Universitaet («История университета»), S. 32). Часть магистров (преподавателей) и студентов вскоре фактически были отчислены. Также это приводило к открытым волнениям и беспорядкам, при которых в 1229 году несколько студентов погибло. Затем университет закрылся на шесть лет. Официально при этом называлась увеличение стоимости вина.
В 1231 году папа Григорий IX назначил комиссию для того, чтобы сделать ревизию некоторых текстов Аристотеля. И уже в 1255 году пересмотренные тексты стали экзаменационными заданиями в университете. Тогда в 1260 году В.Ф.Мербек (W.v.Moerbeke) якобы сделал перевод непосредственно из греческого языка.
Альберт Магнус считается первым большим интеллектуалом христианского запада. Он (Альберт Магнус) учился в Падуе и в Кельне основал доминиканскую школу. У него учился Фома Аквинский[158]
[158], который обосновывает западно-католическую теологию. Он (Фома Аквинский) работает над трудами таким образом, что он разбирается с Авиценой, Аль-Газзали, Аверием (Averroes), Маймонидом и другими арабскими авторами. Особенно в высокой чести держит он Моисея Маймонида и следует в аргументации боле всего за ним. Он идет в 1252 году в Париж, чтобы там руководить доминиканской инквизицией, а затем возвращается назад в Италию, чтобы реорганизовывать университет Неаполя.Но он полностью прекращает внезапно свои писания и не заканчивает даже «Summa theologica» («Итог (сумма) теологии»). Другу он пишет: «Я не могу дальше, стало для меня вещью очевидной, что все, что я написал, мне позволяет казаться презрительной соломой». (Wicksteed, P.H. Dante and Aquinas. («Данте и Аквинский») Лондон, в 1913; согласно Durand Bd. 7, S. 136). Вероятно, он относится (имеет отношение) к спору Зигера и Брабанта. Зигер преподавал в парижском университет в 1266-1276. Он должен был иметь большую свиту(последователей), так как он в 1271 претендовал на должность ректора. Зигер целиком стоял на основании рациональный иудо-арабской науки и читал Маймонида, Аверия (Averroes), Авицену и многих другой иудо-арабских авторов. Он не верил ни в провидение (предостережение, Vorsehung), ни в воскресение и утверждал, что теология основывается на сказках. В 1277 году Зигер был осужден инквизицией к тюремному заключению и в конце концов был убит; якобы полусумасшедшим. (Не являются все убийцы полусумасшедшими?)
Самый важным западноевропейским ученым этого времени был Роджер Бэкон. Он учился в Оксфорде, в 1240 году уехал в Париж, затем за границу и ознакомился позже всего там с иудо-арабскими авторами. В 1251 году он вернулся в Оксфорд и присоединился к проповедникам (доминиканцам) и только в 1253 году к ордену францисканцев. В 1267 году он писал, что он израсходовал в течение последних 20 лет более чем 2000 фунтов на закупку тайных книг и пособий и для обучения молодых людей в языках и математике. (Bacon Opus maius («Большое произведение Бэкона») Bd. I , XI книга). Известно, что он занимался с иудеями, которые наставляли своего ученика в гебрейском и помогали ему переводить гебрейские тексты. Он заступился перед папой по отношению к изучению гебрейского, и подтверждал, что Вульгата плохо переведена. В споре в области схоластики между номинализмом и реализмом он коротко повел себя так: вселенная (универсальность) должна быть ничем иным, кроме как идентичность (одновидность) различных индивидуалов. В работе Compendium Philosophiae («Философское собрание»), написанной в 1271 году, Бэкон сделал резкий переход относительно своего времени и критиковал папу, духовенство и схоластиков. В 1277 Роджер Бэкон был осужден на тюремное заключение, так как его теории содержали некоторые «подозрительные новшества». Мы узнаем об этом, во всяком случае, из францисканской хроники XIV столетия. В 1292 году Бэкон наконец был освобожден и через год на свободе умер. На свое время Бэкон не оказал никакого влияния. И только в XVI столетии он был открыт заново.