В отличии от других масонских систем, ВВНР заявлял, что строит масонские ложи в двух степенях: ученика и мастера. Каждая ложа должна состоять из 7 — 14 членов, которые избирают сроком на один год офицеров ложи из мастеров: Венерабля (Достойного мастера), 1-го и 2-го Наблюдателей, Оратора, Казначея, Секретаря. Ложа, состав которой превышал 13 членов, могла выделить из своего состава 7 членов, образующих новую ложу. Новых членов положено было принимать с большой осторожностью, обсуждая новых кандидатов в ложах и анализируя сведения об их биографии. При допуске в ложи соблюдались имущественный и образовательный цензы. Масонские "работы" проводились без записей, записи членов не велись. "Братья" знали лишь членов своей ложи, а венерабль — секретаря Верховного Совета.
В 1914 году в Киеве был создан Областной Совет масонских организаций (для украинских территорий). В России (без украинских губерний) к 17-му году, насчитывалось около 45 масонских лож, в Украине около 25 лож. Масон Николай Виссарионович Некрасов вспоминает: "…за численностью организации не гнались, подбирали людей морально и политически чистых, а кроме того и больше всего — пользующихся политическим влиянием и властью".
Контроль над деятельностью лож Юго-Западных губерний империи в 1913–1916 годах осуществлял "куратор" Александр Федорович Керенский. Он многократно посещал Киев, Одессу, Харьков, Екатеринослав, открывал новые ложи, знакомился с положением дел на местах и с особенностями местной политической жизни. Понимая важность и сложность "украинского вопроса", Керенский допускал, в эти годы, автономное устройство для Украины. Группа украинских масонов, которую возглавил профессор — историк Михаил Грушевский видела возможность существования демократической России только как "равноправной федерации всех народов входящих в Российскую империю", отводя при этом Украине права конфедеративного государства.
Грушевский обладал авторитетом в кругах украинской интеллигенции, был главой масонской ложи, и его мнение невозможно было полностью проигнорировать. "Группа Грушевского" (часть масонов киевских лож, масоны екатеринославской, черниговской и полтавской лож) вызывала раздражение "великорусских масонов". В 1912 году на масонском Конвенте 3 депутата от Украины (группа Грушевского) выступили против утверждения предложенного названия для общероссийской масонской организации — "Великий Восток России". По их требованию было решено сменить название главной масонской структуры с "Великого Востока России" на "Великий Восток Народов России".
Общее число членов "Великого Востока Народов России" к 1917 году доходило до 500 человек, которые были объединены более чем в 40 ложах. Если же добавить к этой цифре ложи шотландского масонства, таинственные украинские ложи и ложи оккультного характера (розенкрейцеры, мартинисты, филалеты, тамплиеры), а также подданных Российской империи — членов зарубежных лож, то, по оценкам специалистов, получается, что в предреволюционные годы в России действовало до 1,5 тысяч масонов.
Тактика российского масонства 1906–1917 годов была тактикой "обволакивания власти людьми, сочувствующими масонству", тактикой "просачивания" во все общественные структуры, которые использовались, как проводники масонского влияния. Один Максим Максимович Ковалевский "возглавлял массу всяких десятистепенных организаций". "Всероссийский земский союз" возглавил масон князь Г. Е. Львов, "Центральный военно-промышленный комитет" — масон А. И. Гучков, "Религиозно — философское общество" — масон А. В. Карташев, "Лига прав человека" — масон Я. Л. Рубинштейн, "Общество сближения между Россией и Америкой" — масон Н. А. Бородин, московский "Военно-промышленный комитет" и либеральную газету "Утро России" — масон и фабрикант П. П. Рябушинский, "Союза городов" — масон М. С. Маргулиес, масон М. Винавер возглавлял "Еврейское историко-этнографическое общество" и "Еврейское общество поощрения художеств" (1915–1919).