После этого было проведено специальное расследование. 3 ноября 1986 года президент Рейган выступил на телевидении с речью, в которой он опровергал факты продажи оружия Ирану. Неделю спустя он выступил с новым заявлением, в котором признал факт передачи американского оружия Ирану. Рейган сообщил, что продажа этого оружия была частью процесса обмена заложниками. К тому же он утверждал, что это была единственная поставка оружия в Иран. 13 ноября в послании к нации Рейган заявил: «Мы не торговали, повторяю, не торговали оружием или чем-либо другим в обмен на освобождение заложников. И не будем торговать». Президент, как кажется, не врал. Он, похоже, действительно не был в курсе продажи оружия Тегерану.
Рейган объяснил, что администрация стремилась лишь к тому, чтобы наладить отношения с Ираном, добиться от него осуждения международного терроризма и освобождения заложников, удерживаемых в Ливане. Но он категорически отрицал, что США меняли оружие на заложников.
Однако уже спустя несколько дней Рейган вынужден был отдать распоряжение генеральному прокурору США Эдвину Мизу начать расследование по данному вопросу. 25 ноября 1986 года тот объявил о том, что вырученные в результате сделки с Ираном средства действительно были направлены в помощь никарагуанским контрас. Рейган заявил, что ничего не знал об этом.
В тот же день, 25 ноября, Рейган отправил в отставку своего советника по национальной безопасности Джона Пойндекстера, а вместе с ним и его заместителя Оливера Норта. Президент признал, что «на иранском направлении нашей внешней политики были допущены некоторые просчеты. Меня не полностью информировали о некоторых аспектах секретных поставок в Иран». Он также объявил о создании специальной комиссии по проверке деятельности Совета по национальной безопасности, в состав которой вошли сенатор-республиканец Джон Тауэр, бывший госсекретарь Эдмунд Маски и Брент Скоукрофт, бывший советником Джимми Картера по национальной безопасности. Более того, генеральный прокурор Эдвин Миз получил поручение и пообещал всесторонне расследовать деятельность Оливера Норта.
Тогда же Миз обнародовал предварительные оценки объемов финансовых махинаций в рамках «Иран-контрас». Получалось, что за один только 1986 год Израилю в рамках компенсации поставок в Иран было поставлено оружия на 12 млн долларов. Израильтяне на продаже его Ирану выручили до 40 млн, из которых 12 млн поступили на счета Пентагона, а остальные пошли на финансирование контрас.
Генеральный прокурор заявил, что Пойндекстер знал о происходящем лишь в общих чертах и потому не придавал этому большого значения. Таким образом, Норта делали «козлом отпущения».
В дальнейшем выяснилось, что в последние три дня своей работы в Совете по национальной безопасности Пойндекстер и Норт уничтожили множество документов, связанных с операцией «Иран-контрас». Норт позже заявил, что это было сделано для того, чтобы не подвергать опасности жизни тех людей, чьи имена упоминались в документах.
Противники Рейгана возражали ему: «Великая держава не может проводить свою политику на основе неправды и не утратить при этом доверия… На Ближнем Востоке взаимное доверие между нами и некоторыми из наших друзей пошатнулось и даже разрушилось. Политика продажи оружия в обмен на заложников есть четкий сигнал странам Персидского залива, сигнал о том, что Соединенные Штаты Америки помогают Ирану вести войну и идут на компромисс с иранской революцией и что соседям Ирана следует сделать то же самое. Эта политика предоставила Советскому Союзу возможность, за которую он и ухватился и с которой мы сейчас пытаемся разобраться. Эта политика не достигла ни одной из задуманных целей. Аятолла Хомейни получил свое оружие, а в заложниках сегодня остаются еще больше американцев, чем до начала осуществления этих мер, Иран же продолжает подрывать интересы США в регионе. Умеренные силы в Иране, если таковые вообще там существуют, пока что не набрали силу».
Дальнейшее следствие по делу «Иран-контрас» вели, с одной стороны, совместная комиссия обеих палат Конгресса США, а с другой стороны, комиссия под председательством сенатора Джона Тауэра, созданная президентом. Комиссия Конгресса рассмотрела более 300 тысяч документов и опросила более 500 свидетелей. Тем не менее полную картину происходившего установить так и не удалось.