Затем несколько сотен военнослужащих начали штурм. Боевики бежали под натиском противника на крышу, где принялись сжигать архивные документы и судебные бумаги. Военным удалось вывести из захваченного террористами здания 138 человек, но операция затянулась. Боевики оказывали ожесточенное сопротивление. Только спустя 28 часов после нападения террористов горящее здание было освобождено. Всего с момента захвата дворца погибли 11 солдат, 2 гвардейца охраны (по другим данным – всего 48 солдат и гвардейцев), 13 судей, 58 гражданских лиц и все 35 боевиков М-19 во главе с их командиром Андресом Альмаралесом. Само здание превратилось в руины, а почти все дела, связанные с экстрадицией наркобаронов в США, оказались уничтожены.
Когда впоследствии журналисты позднее интересовались у Луиса Отеро, лидера М-19, почему захватившие здание боевики сожгли все судебные дела наркомафии, он отверг любые обвинения о своих связях с Медельинским картелем: «Мы не сжигали никаких документов… и не имели никакого интереса к их уничтожению». Отеро настаивал, что документы погибли во время пожара. Однако существуют многочисленные свидетельства, что террористы во время штурма сжигали документы на крыше дворца. Министр юстиции Колумбии Энрике Парехо прямо утверждал, что за атакой на Дворец правосудия стоит сам глава Медельинского картеля Пабло Эскобар.
Американский журналист Марк Боуден в своей книге «Убийство Пабло» настаивал, что глава Медельинского картеля заплатил партизанам более миллиона долларов за осуществление этой операции, во время которой было уничтожено более 6 тысяч томов различных уголовных дел. В возникшем пожаре, температура которого превышала 3 тысячи градусов, плавились даже железные сейфы архива. Движение 19 апреля всегда отрицало версию, согласно которой повстанцы являлись лишь марионетками в руках наркокартеля, но близость движения к Эскобару была общеизвестна, так что этим оправданиям никто в Колумбии не верил. Показательным был и факт гибели четырех судей Верховного суда, являвшихся авторами Уголовного кодекса 1980 года, разрешившим экстрадицию членов международных наркокартелей в США. После атаки на Дворец правосудия соответствующие параграфы были изъяты из кодекса. Однако год спустя новый состав Верховного суда объявил отмену следствием процессуальной ошибки и вновь ввел статут о выдаче членов наркокартеля Соединенным Штатам. Одним из первых жертв этой поправки как раз и стал Карлос Ледер.
Повстанцы прекрасно понимали, что будут атакованы армией, но верили, что достаточно будет лишь короткого сопротивления, после которого правительственные войска разбегутся в панике или даже перейдут на их сторону. Члены М-19 помнили, как захватили посольство Доминиканской республики в 1980 году во время торжественного приема и взяли в заложники 65 человек, включая 15 послов, в том числе американского. Тогда повстанцы потребовали 50 млн долларов выкупа, обнародования их политической декларации и освобождения 311 политических заключенных. Тогда штурмовать захваченное здание посольства никто не стал. С террористами вступили в переговоры и убедили их снизить требования до 10 млн долларов и 70 политзаключенных. В итоге же власти ограничились уплатой 2,5 млн долларов и беспрепятственно отпустили террористов на Кубу, под крыло Фиделя Кастро, причем по дороге в аэропорт их тепло приветствовало население. Поэтому руководители и бойцы М-19 рассчитывали, что и в случае захвата Дворца правосудия все закончится миром и капитуляцией властей. Однако на этот раз президент Колумбии отдал приказ на уничтожение повстанцев, не считаясь с вероятными жертвами среди заложников.
Командование вооруженных сил, не питавшее никаких симпатий к повстанцам, получило карт-бланш на их ликвидацию. Из Дворца правосудия удалось спасти только 215 человек. Председатель Верховного суда Альфонсо Рейес Эчандиа умолял через посредников: «Дайте мне поговорить с президентом. Если вы продолжите стрелять, нас убьют». Ответом ему были лишь автоматные очереди. Эчандиа погиб во время штурма.
Партизаны отказались вести какие-либо переговоры и принялись палить во все стороны, не выдвинув каких-либо конкретных требований. Очевидно, они рассчитывали выдвинуть их во время переговоров. Но переговоров не было.
Через год после бойни во Дворце правосудия, в 1986 году, Верховный суд отменил соглашение об экстрадиции наркоторговцев в США. Однако уже через несколько дней после вступления в должность новый президент Колумбии, либерал Верхилио Барко, наложил вето на решение Верховного суда и возобновил действие этого соглашения. В феврале 1987 года в США был экстрадирован ближайший помощник Эскобара Карлос Ледер.
Ранее, 15 ноября 1984 года, старший из братьев Очоа – Хорхе был арестован полицией Испании в Мадриде, и встал вопрос о его выдаче в США через Колумбию. Его семья заявила, что убьет десять колумбийских судей в случае такого шага правительства. Реально же во время захвата Дворца правосудия погибло 11 судей.